В ходе допроса Норфолк отрицал, что знает Ридольфи, однако впоследствии сознался, что знаком с ним; затем герцог заявил, что флорентийский банкир завел разговор об измене, но он отказался даже слушать его. Один за другим обманы герцога Норфолка раскрылись. Графов Саутгемптона и Арундела арестовали вместе с лордами Кобэмом и Ламли и их вассалами. Берли очистил двор от католиков.

16 января 1572 года начался судебный процесс над герцогом Норфолком. Его обвинили в «умышлении на жизнь королевы». Он отверг обвинение, однако в XVI веке возможность дать отпор обвинению короны практически равнялась нулю. Норфолку отказали в праве на адвоката и отобрали все книги и бумаги. Из тюремной камеры в Тауэре он писал, что раздавлен «как мертвая муха» или «бродячая мертвая собака».

Норфолку вынесли обвинительный приговор, однако королева мешкала и не решалась привести его в исполнение. Дважды она подписывала приказ о казни, однако в последний момент передумывала. Не стоит забывать, что Норфолк был знатнейшим сановником Англии и к тому же близким родственником самой королевы. Она призналась Берли, что «задняя часть» ее мозга не доверяет «передней»; ее чувства, другими словами, заглушали голос разума. Терзания рассудка причинили ей такую боль, что она упала в обморок. Берли и Лестер ухаживали за больной королевой три ночи. Та же самая нерешительность и душевные смятения стали причиной фиаско переговоров о ее браке с герцогом Анжуйским.

В конечном итоге в начале лета она подписала третий приказ и после настойчивых убеждений своих советников решила не отзывать документ. Норфолк отправился на эшафот. Это было первое обезглавливание дворянина за все время правления Елизаветы. На месте заброшенного эшафота на Тауэр-Хилл, стоявшего долгие годы без дела, построили новый. Мария Стюарт, узнав о казни Норфолка, горько разрыдалась; говорили, что она была безутешна несколько дней. Однако королева Шотландии по-прежнему плела интриги, вынашивала заговор. Берли теперь решил сосредоточить внимание на пленной королеве. По его мнению, зло следовало уничтожить на корню.

Весь заговор был настолько неуклюже сработан, что некоторые историки решили, будто Ридольфи сам являлся двойным агентом, нанятым Берли для разоблачения Марии, Норфолка и других заговорщиков-католиков. Подобный сценарий представляется маловероятным, но в сущности правдоподобным. Ридольфи бежал из страны в Париж после ареста своего посыльного в Дувре и больше никогда не возвращался в Англию. Он умер в своем родном городе более чем сорок лет спустя.

В мае 1572 года, сразу после разоблачения заговора Ридольфи, собрался новый парламент. Палата общин возмущенно осуждала возможную причастность к нему Марии. Один из парламентариев предложил «отрубить ей голову и не раздувать более шумихи вокруг ее персоны»; с этим мнением согласилось большинство собравшихся. Другой член парламента, Томас Диггес, призывал «остерегаться того сладкого яда, что кроется под личиной сердечного сострадания». Берегитесь сострадания. Речь шла не о ее «частном деле», а о безопасности всего государства. Во время заседания объединенной комиссии с членами палаты лордов было решено, что Марию следует предать суду за измену. Конвокация высшего духовенства вынесла аналогичный вердикт, постановив, что «бывшая шотландская королева объединила все грехи распутных сыновей Давида — прелюбодейство, убийства, заговоры, измены и богохульство». Несмотря на это, Елизавете в своей речи — оставшейся незапротоколированной — удалось усмирить их кровожадный гнев.

Затем палата лордов и палата общин представили на рассмотрение законопроект, в котором лишали Марию права на трон и приравнивали к государственной измене любую пропаганду этих притязаний. Королева отказалась одобрить документ, огласив старую фразу La royne s’advisera — королева поразмыслит над вопросом, королева подумает над ним, королева обсудит его. Это означало, что королева вряд ли предпримет какие-либо действия. Возможно, в ее сердце еще теплилось сочувствие к своей родственнице: Елизавета сама однажды была в заточении. По этой причине она передала дело на обсуждение, и все растворилось в тумане слов.

В 1572 году, перед самым перерывом в работе парламента, появился памфлет, адресованный его членам. В нем подвергались сомнению фундаментальные уставы церкви. В «Наставлении парламенту» заявлялось, что «мы в Англии настолько далеки от истинной Реформации, сообразной предписаниям Слова Божьего, что даже видимость ее создать не способны». Авторы труда Джон Филд и Томас Уилкокс хотели, чтобы все церковное учение и организация основывались на Священном Писании. Книга общих молитв признавалась «несовершенной, выуженной из папской навозной кучи, католическим требником всех кощунств мира». Не нужны никакие архиепископы и епископы, церковью должны руководить «равноправные» священнослужители с «законными и благочестивыми сеньорами» в каждой общине. Филда и Уилкокса немедленно приговорили к году заключения за нарушение Акта о единообразии, однако их слова смогли достичь и более внимательных слушателей; в начале 1570-х годов мы можем увидеть зачатки пресвитерианского движения.

По мере того как парламент проводил все более и более радикальную политику, учитывая полное отсутствие католиков среди членов палаты общин, тот же курс избирали и другие лица, облеченные властью. Двумя годами ранее в Кембридже профессор богословия леди Маргарет прочел курс лекций, в которых выступал в поддержку тех же мер, которые были изложены в «Наставлении»; теолога лишили кафедры и сослали в Женеву, однако в университетах по-прежнему оставались его последователи. «Я не священник! — воскликнул один из выпускников Кембриджа после своего рукоположения. — Нет, я не викарий! Мне ненавистны эти антихристианские имена. Я пастор (наставник) этой конгрегации». Пуританское духовенство Англии в своем значительном большинстве выросло в этих университетах.

В Лондоне и других областях отдельные конгрегации организовали цикл чтения проповедей и наставлений по пуританскому образцу; некоторые популярные проповедники не поддавались гневу епископов и продолжали нести в мир «Слово Божье», зачастую при поддержке дворянства и джентри. Граф Лестер, как известно, благоволил к идеям пуритан. Сам лорд Берли впоследствии отмечал, говоря о пуританских клириках: «Епископы в наше смутное время совершают очень опрометчивую и губительную ошибку, прогоняя их из своих приходов».

Вскоре начали формироваться зачатки системы, известной как пресвитерианство, собрания священнослужителей и светских пресвитеров церковных приходов. На юге Лондона, в районе Уандсворт, был основан республиканский союз священнослужителей, который стал называть себя «пресвитерий»; впоследствии Уандсворт приобрел известность как прибежище религиозных изгоев, от датчан-протестантов в 1570-х годах до гугенотов, бежавших сюда в начале XVII века. Показательным примером стало появление «изгнаннических церквей» в столице королевства, где протестантских беженцев привлекали к отправлению религиозных обрядов. Несмотря на это, быть приверженцем более строгих убеждений иногда значило подвергать себя опасности. В 1572 году молодой плотник из Суссекса по имени Ной прошел 10 километров от своей деревни в Хэйлшеме до Уорблтона, чтобы снести майское дерево на деревенском лугу как символ идолопоклонничества; один из местных жителей убил юношу, прострелив ему шею.