Конде, в то время находившийся в Пикардии, бежал в Германию и немедленно отрекся от католической веры. После Варфоломеевской ночи он либо открыто сопротивлялся нажиму, либо насмехался над властями, в отличие от своего кузена Наваррского, который никогда не показывал своей ненависти или страха, надев непроницаемую маску для того, чтобы выжить. Екатерина считала Конде обузой и источником многих бед, ибо Анжуйский не на шутку увлекался его женой. Новый король Польши писал принцессе ежедневно, а иногда и дважды в день, и в конце этих длинных восторженных писем частенько подписывал свое имя кровью. Конде, естественно, раздосадованный пылкой страстью новоявленного короля, по свидетельству современников часто устраивал ссоры по малейшему поводу. Наконец Екатерина вспылила и потребовала ответа: почему вдруг он сделался таким благочестивым и набожным? Он ответил, что должен молиться за грехи жены, которая любит другого мужчину. Екатерина взяла принцессу Конде под свое покровительство, и та отныне проводила много времени в покоях королевы-матери.

Наваррский и Алансон, главные действующие лица заговора, все еще опасались за свою жизнь. И снова Бираг заклинал короля и королеву-мать вынести им смертный приговор, и снова их пощадили, хотя и держали под сильной охраной в Венсене.

С начала мая 1574 года Карл начал стремительно слабеть. К середине месяца состояние его было безнадежно, проблески улучшения становились все реже. Его страдания были ужасны. В конце мая он уже не мог вставать с постели и лежал, обливаясь потом, задыхаясь, под пропитанными кровью простынями, которые то и дело приходилось менять. Брантом вспоминает, что жена Карла, королева Елизавета, вместе с его старой нянькой, не покидала в те дни спальни своего супруга. Она садилась напротив его постели, чтобы он мог ее видеть. Они мало разговаривали в те последние дни, но она с любовью смотрела на мужа, а он — на нее. Елизавета «плакала столь тихо, столь потаенно, что это можно было заметить, лишь когда она украдкой вытирала глаза».

29 мая Екатерина получила вести о том, что ее смертельный враг, Габриель Монтгомери, человек, чье копье нечаянно убило ее мужа, схвачен в Домфроне после провала его вторжения в Нормандию. Она вбежала в спальню умирающего сына, с восторгом восклицая, что убийца отца Карла, наконец, пойман. Карл же едва прошептал: «Мадам, никакие людские страсти меня более не интересуют». Зная, что сын в любой момент может умереть, Екатерина должна была удостовериться, что сумеет сохранить трон пустым до прибытия отсутствующего короля Польши. Был подписан формальный документ о регентстве королевы-матери до возвращения нового короля. Наваррский и Алансон были свидетелями при подписании этой бумаги и, когда было объявлено ее содержание, Екатерина приказала подтвердить, что документ составили по запросу короля, хотя это было и неверно, и неправдоподобно.

Ее позиция теперь была под законной защитой, и Екатерина осталась с умирающим сыном, которому не исполнилось еще и двадцати четырех лет. Карл страшно исхудал, и она не выпускала его окровавленное тело из объятий, пытаясь облегчить его муки. Он заранее исповедовался и причастился. На исповеди король «оплакивал свои грехи, которые допускал по слабости, возбудившие Господень гнев против него самого и его народа». В первой половине дня 30 мая 1574 года случился инцидент, который описан в нескольких рассказах о смерти короля; достоверность его, однако, документально ничем не подтверждается. Карл якобы спросил, где его брат, хотя Алансон уже находился в комнате. Екатерина уверила его, что тот здесь. Но король отвечал: «Нет, мадам, мой брат… король Наварры». Генриха вызвали к ложу короля, и король слабо, но нежно обнял его. «Ты теряешь доброго друга, брат мой… Если бы я верил всему, что говорили, ты бы не остался в живых. Не доверяй…» При этих словах королева-мать запротестовала: «Как вы можете говорить такое, сир!», на что Карл продолжал: «Я говорю так, мадам, ибо это правда». Но больше он ничего не объяснил, только препоручил Наваррскому жену и малютку-дочь.

Сорбен, духовник короля, прибыл еще раньше, читал Писание и молился вместе с Карлом. В течение дня мать, плача, сидела на сундуке рядом с постелью, и держала его за руку, видя, как он угасает, слыша лишь его судорожное дыхание. Незадолго до четырех часов пополудни Карл попробовал в последний раз заговорить. Обратился к матери со словами: «Прощайте, матушка моя. Эх, матушка…» Эти слова слышали все. Затем он погрузился в сон и более не проснулся.

Скоро все было кончено. Месяцы тревожного напряжения, вспышки мятежа, отчаянные старания Екатерины удержать Карла от совершения роковых политических ошибок — все это уже оказалось позади. Королеве-матери предстояло сделать многое до прибытия Генриха, короля Польши, но она себе позволила редкую роскошь и ненадолго отдалась на волю своей глубокой и подлинной скорби. Карл был королем с десятилетнего возраста, она руководила своим сыном, защищала его на протяжении всей жизни. Карл не являлся ее любимцем, но Екатерина была привязана к нему, понимая слабости сына. Несмотря на все стремление Карла к самостоятельности, он никогда бы не смог править страной без матери, и катастрофа в ночь Святого Варфоломея связала их накрепко на века. Екатерина, хранительница легенд Валуа, позже скажет: «После Господа, он никому не доверял так, как мне».

Как только Екатерина пришла в себя после смерти Карла IX, она послала одного из своих доверенных офицеров, де Шемро, с письмом к Генриху в Польшу, сообщая тому, что он стал королем Франции. На следующий день следом за Шемро отправился еще один курьер, по другому маршруту, и с ним — более длинное письмо, где королева выражала глубокую скорбь по поводу кончины своего дитя: «Я молю Всемогущего забрать меня к себе скорее, чтобы мне не довелось еще раз пережить подобное… Такова была его любовь ко мне в самом конце его жизни, так он не желал оставлять меня и умолял безотлагательно послать за вами! Он просил меня присмотреть за королевством до вашего приезда и наказать пленников, кои, как он знал, принесли нам столько бед. После этого он обнял меня на прощание и попросил поцеловать его, чем совсем разбил мое сердце».

Екатерина описывала последние часы Карла, когда он пригласил старших советников и телохранителей, велев слушаться королевы-матери и служить новому государю. Подавленная горем, она, видимо, желала забыть о неприятных вещах или, как часто с нею случалось, выдавала желаемое за действительное, когда добавила, будто король говорил о восстановленной преданности ему Алансона и Наваррского. Екатерина утверждала (чему уж и вовсе сложно было поверить), будто Карл вспоминал о доброте брата, «ибо вы всегда любили и повиновались ему, служили ему верой и правдой и никогда не огорчали… его последними словами были: «Эх, матушка!». Единственное мое утешение — видеть вас, моего сына, в добром здравии, ибо вы нужны вашему королевству. Если бы мне довелось потерять вас, я бы предпочла быть погребенной заживо». Королева заклинает сына возвратиться во Францию кратчайшим маршрутом через империю Габсбургов и Италию.