Заупокойная литургия и отпевание Флорентия Федоровича были совершены в кладбищенской церкви во имя Всех Святых (Пономаревской), куда тело покойного было перевезено прямо с вокзала по прибытии из Ниццы.

Закрытый дубовый фоб, возвышавшийся на катафалке посреди церкви, утопал в венках. Роскошные венки из искусственных цветов соседствовали с множеством венков из живых. Венки принесли от Союза писателей, Комитета Литературного фонда, книгоиздательской фирмы «Труд», редакций журналов «Обозрение», «Жизнь», «Северный курьер», «Сын Отечества» (с надписью «Распространителю света»), издательских фирм О. Н. Поповой, «Знание», «Издатель», товарищества И. Д. Сытина, типографии «Общественная польза», Русского общества книгопродавцев и издателей и многих других.

Вот как описывается обряд прощания с Ф. Ф. Павленковым в газетном репортаже. «…Храм был наполнен молящимися. Отдать последний долг почившему собрались литераторы, друзья покойного и учащиеся разных учебных заведений. По окончании отпевания гроб был поднят на руки и вынесен из церкви к месту упокоения на “Литераторских мостках” друзьями и почитателями покойного. У свежей могилы, как и у Писарева, произносились речи. Проф. Трачевский произнес речь, посвященную памяти покойного. Произнес прочувственную речь также г. Гетриц, охарактеризовавший личность покойного, как аскета, неутомимого труженика, проводившего почти все свое время за плодотворною работою в стенах своего кабинета. Оратор выразил пожелание, чтобы память покойного была увековечена учреждением специального издательского фонда для издания книг народной литературы».

Один из служащих павленковского издательства прочитал свое стихотворение.

Ф. Ф. Павленков похоронен недалеко от могил В. М. Гаршина, Н. И. Костомарова, Г. 3. Елисеева.

Место, где нашел он свою последнюю обитель, обозначает ограда. На памятнике высечены названия двух книг — «Физики» А. Гано и «Энциклопедического словаря».

Предчувствуя, что жить и трудиться остается уже недолго, Флорентий Федорович своей последней волей передавал народу все, что было накоплено за неполных четыре десятилетия титанической по своему напряжению работы: имеющийся капитал он завещал передать на организацию библиотек в самых глухих уголках родной земли, а собственную библиотеку — Н. А. Рубакину, ведущему активную работу по пропаганде книги. Все начатые им издательские предприятия он просил завершить.

Своими душеприказчиками — лицами, которым он доверял исполнение своего завещания, Павленков назвал трех сотрудничающих в его издательстве — В. И. Яковенко, Н. А. Розенталя и В. Д. Черкасова. Каждый из них по-своему был необходим для обеспечения успеха издательских начинаний, хотя и были они разными по характерам людьми. Остроумный В. Д. Лункевич не без доли ехидства отзывался о них: «Это — лебедь, щука и рак».

Душеприказчикам предстояло в течение нескольких лет поддерживать издательство Павленкова. Ликвидировать его они должны были постепенно — в течение не менее семи лет. В производстве находились уже десятки готовых изданий: их необходимо было выпустить. Кроме того, около двухсот печатных листов подготовленного к печати материала ждали своего часа, чтобы отправиться в типографию. Были заказаны переводы ряда зарубежных изданий, а также приобретены права на издание собраний сочинений А. И. Герцена. Все это нужно было завершить.

Определением Санкт-Петербургского окружного суда от 15 февраля 1900 года духовное завещание Павленкова было утверждено к исполнению. В соответствии с ним на душеприказчиков официально возлагалась обязанность продолжить павленковское издательское дело с тем, чтобы по мере реализации от продажи изданий соответствующих денежных средств, независимо от некоторых личных назначений: «1) было бы постепенно открыто в наиболее бедных местах (деревнях, поселках и проч.) две тысячи народных читален, стоимостью каждая по пятьдесят рублей, а всего, следовательно, на сто тысяч рублей; 2) обществу для пособия нуждающимся литераторам и ученым (Литературному фонду) было бы выплачиваемо по пять тысяч рублей в течение шести лет, а всего тридцать тысяч рублей, считая срок с 1 января будущего года и при условии пользования лишь процентами, оставляя самый капитал неприкосновенным; 3) Союзу взаимопомощи русских писателей на тех же основаниях должно было быть выдано пять тысяч рублей по тысяче рублей в год в течение пяти лет». Все средства, имеющие оставаться за точным выполнением вышеуказанных пунктов завещания нужно было употреблять на расширение вышеупомянутых народных читален. Десять тысяч рублей Флорентий Федорович завещал своей племяннице.

«Вот, следовательно, все, что нажил этот человек за всю свою почти сорокалетнюю деятельность издателя, живя буквально на гроши, отказывая себе во всем, что украшает жизнь, и, скопив деньги, дал им и назначение посмертное, вполне достойное их трудовому происхождению» — так писал современник об обнародованном завещании Павленкова.

Завещание Флорентия Федоровича было выполнено. Вместо предполагавшихся семи лет издательство продолжало свою деятельность намного дольше. Было издано, хоть и в изуродованном цензурой виде, собрание сочинений А. И. Герцена. До 1910 года было переиздано 226 тысяч 700 экземпляров павленковских книг, в том числе четвертый раз «Энциклопедический словарь». Каждое издание сопровождала информация: «Средства, получаемые от распродажи изданий Ф. Павленкова, предназначаются, согласно завещанию, на устройство бесплатных народных библиотек».

Душеприказчики регулярно отчитывались перед общественностью о сделанном по осуществлению воли Флорентия Федоровича. 17 января 1903 года, к примеру, один из них, В. И. Яковенко, направлял такое приглашение Н. А. Рубакину: «Многоуважаемый Николай Александрович! В понедельник, 20 января, в день годовщины смерти Флорентия Федоровича Павленкова, душеприказчики просят Вас пожаловать к 9 часам вечера в помещение Северной гостиницы (Знаменская площадь), где за ужином будет сделано краткое сообщение о положении дела по выполнению завещания».

23 марта 1907 года В. И. Яковенко отвечал на письмо Н. А. Рубакина, в котором, как явствует из содержания ответа, излагалась просьба выслать ему полный комплект всех павленковских изданий. В. И. Яковенко объяснял, почему душеприказчики не в состоянии выполнить эту просьбу. «При обсуждении Вашего желания с В. Д. Черкасовым, — писал Яковенко, — пришлось согласиться с тем, что есть много таких изданий Ф. Ф. Павленкова, которых вовсе не следует вносить в каталог рекомендуемых основных книг». Как можно заключить из этого, Н. А. Рубакин готовился составлять полный каталог павленковских изданий. Напомнив также, что полный комплект изданий Павленкова стоит триста — четыреста рублей, душеприказчик высказывал предположение, что вряд ли все эти книги ему понадобятся, тем более, если учесть, что ему «большая часть изданий… в свое время доставлялась». Вслед за этими соображениями Яковенко заявлял: «Против же доставки Вам того, что не было послано ранее и что явно не стало непригодным для предположенной Вами цели, по-видимому, не встречает препятствий».