Картезианская философия и наука оказали глубокое влияние на нидерландскую культуру в 1640-х и 1650-х гг. и на протяжении многих следующих десятилетий. Но, кроме картезианства, существовало еще два основных фактора, способствовавших формированию великой эпохи нидерландской науки, продолжавшейся от первых картезианских споров 1640-х гг. до первой четверти XVIII в. Одним из них был результат технологического прогресса, связанного с ростом и все более увеличивавшейся сложностью нидерландской промышленности середины и конца XVII в. Постоянный поиск новых технических приемов и методов во многих отраслях производства, особенно в капиталоемкой промышленности и изготовлении предметов роскоши, и общественный интерес к новым изобретениям, таким, как уличные фонари ван дер Вайена и пожарные насосы, стимулировали развитие науки, предоставляя новые инструменты и устройства, которые, в свою очередь, подразумевали новые виды исследований. Часто отмечалось, что Лейденский университет был одним из первых, где профессора использовали инструменты и проводили практические демонстрации при изучении медицины и физики. Действительно, так оно и было; но это обстоятельство не может вызвать удивления в обществе, где делался исключительный акцент на технологических новинках. Третьим фактором было культурное воздействие «высокостоимостной торговли» во время четвертой (1647-72 гг.) и пятой (1672-1702 гг.) фаз нидерландской заморской торговой системы. Успехи в торговле с дальними странами вызвали у купеческой элиты и регентов массовую страсть к коллекционированию и классификации «редкостей» — флоры, фауны, окаменелостей, раковин и минералов — со всего мира за пределами Европы, которая продолжала существовать вплоть до упадка в XVIII в. и оказалась одним из самых важных вкладов нидерландцев в европейское Просвещение.

Величайшим нидерландским ученым был Христиан Гюйгенс (162995 гг.), сын секретаря Фредерика-Хендрика, Константина Хюйгенса. Гюйгенс придерживался комплексного подхода к науке, математике и технологиям, основанного на картезианской традиции, искавшей механистические принципы, которые лежали в основе всего видимого мира. Он был великим математиком, обучавшимся у ван Схоутена, и достиг немалых успехов в нескольких отраслях, особенно в математике кривых. Он был также выдающимся астрономом и прославился тем, что создавал и совершенствовал телескопы и микроскопы. В 1655 г., используя огромный 12-футовый телескоп, он открыл кольца Сатурна и один из его спутников, и впервые получил широкую известность благодаря своей книге о Сатурне и планетарной системе «Systema Saternium» (1659 г.).

Гюйгенс сочетал глубокие знания в математической теории с навыками в практических экспериментах. В 1656 г. он изобрел часы с маятником, измерявшие время с большей точностью, чем все предыдущие виды часов.

Вместе с опытным мастером-часовщиком Саломоном Костером в Гааге, и получив патент от Штатов Голландии, которые в эти годы часто выдавали патенты на изобретения, он начал в конце 1650-х гг. выпускать настенные часы с маятником. До 1672 г. Гаага и Лейден были главными центрами в Европе по изготовлению точных часов. Старейшие сохранившиеся нидерландские напольные часы с футляром — они же самые ранние, имевшие вторую стрелку — были созданы в 1670 г. в Рапенбурге, в Лейдене, напротив главного университетского корпуса (Музей часов, Zaanse Schans).

Де Витт, регенты, а вскоре и английские адмиралтейские власти начали проявлять живой интерес к часам с маятником Гюйгенса, по мере того, как он изготавливал всё более совершенные модели в 1660-х гг. и демонстрировал их использование при определении долготы в море. Генрих Ольденбург, секретарь Королевского Общества в Лондоне, спрашивал Спинозу в письме от сентября 1665 г. (вскоре после начала второй англо-голландской войны), что он думает о «часах с маятником Гюйгенса, особенно о той их разновидности, которая, как утверждается, измеряет время с такой точностью, что их можно использовать для определения долготы на море». Спиноза активно работал с оптическими инструментами Гюйгенса в Гааге в середине 1660-х гг., но вряд ли у него было желание обсуждать изобретение Гюйгенса в письмах в Англию в такой неподходящий момент.

На более позднем этапе своей карьеры Гюйгенс несколько лет работал в Париже, получая пенсион от Людовика XIV, а затем вернулся в Гаагу, где провел последние годы жизни. Его самый долговечный вклад в развитие науки относился к сфере оптики, к которой он всю жизнь проявлял особый интерес. Здесь он также опирался на труды Декарта, пытавшегося включить явление света в свою механистическую философию, объясняя свет в категориях материи и движения, прибегая к механистическим аналогиям. Гюйгенс разработал и усовершенствовал картезианскую концепцию, сформулировав свою знаменитую волновую теорию света, и, в конечном счете, законы отражения, преломления и двойного лучепреломления в математическом выражении. Он подвел итоги своей работы в «Traité de la luméire» (Лейден, 1690 г.).

Гюйгенс уважал Декарта как «auteur qui voulait tout réduire a des raisons mécaniques» («автора, который хотел свести всё к механистическим причинам» (фр.)) > но, в более поздние годы жизни, разочаровался в картезианской метафизике, настаивая на более чисто математической и эмпирической философии. Хотя внешне, во время пребывания в Париже, Гюйгенс оставался членом Нидерландской Церкви, он, по всей видимости, не считал Библию божественным откровением и был скорее деистом, чем христианином в подлинном смысле слова. Гюйгенса, с его ревизионистским отношением к Декарту, и взглядами на людскую природу, которая исключала любые прямые отношения между Богом и человеком, можно сравнить с его современником Спинозой, не в последнюю очередь, в тенденции отдавать приоритет математическим концепциям над экспериментом.

Гюйгенс был одним из многих известных людей, тесно общавшихся со Спинозой в Гааге в 1660-х гг. Заманчиво было бы предположить, что великий ученый проявлял интерес к идеям великого философа. Но нет никаких доказательств этого. Возможно, единственной причиной, по которой Гюйгенс сблизился со Спинозой, был его интерес к линзам и микроскопам последнего. Спиноза проявлял неподдельный интерес к практической стороне научных исследований. В письме, написанном незадолго до смерти Рембрандта в 1669 г., он описывал довольно сложный эксперимент, который он только что провел над давлением воды, использовав специально построенные трубы и потребовавший помощи двух ассистентов. Но если в физике Спиноза был любителем, то по части микроскопов и телескопов философ считался одним из главных экспертов в Республике. Гюйгенс признавал, что в некоторых отношениях микроскопы Спинозы качественно превосходят его собственные.

Микроскоп изобрел в начале века самый гениальный из всех изобретателей этого периода, Корнелис Дреббель (ок. 1572-1633 гг.) — ранее он также изобрел термометр — но его потенциал в качестве инструмента научных исследований начал осознаваться только в 1660-е гг., после того, как он был значительно усовершенствован амстердамским математиком и ученым Йоханном Хюдде (1628-1704 гг.). И Гюйгенс, и Спиноза внесли свой вклад в развитие микроскопа, но применение нового прибора в научных целях связано с именем ученого Яна Сваммердама (1637-80 гг.), сына амстердамского аптекаря, получившего известность благодаря своей выдающейся коллекции экспонатов натуральной истории. Сваммердам изучал анатомию, клиническую практику и вскрытие трупов под руководством знаменитого лейденского профессора Ле Боэ Сильвия и, как и Гюйгенс, был увлечен картезианскими идеями и теми исследовательскими возможностями, которые предоставляли новые приборы и линзы. Исследуя механику человека, он открыл целую новую сферу анатомии и физиологии и был первооткрывателем красных кровяных телец и структуры головного мозга, легких и спинного мозга. Однако многие из его открытий в области анатомии стали широко известны лишь гораздо позже, после выхода в свет его оставшегося неопубликованным труда, под заглавием «Biblia Naturae» (1737-38 гг.). Устав от ожесточенной полемики за и против предосудительной анатомии Декарта, Сваммердам переключился на изучение насекомых, вскрывая и исследуя структуру их тел, положив начало традиции, которая стала одной из славных страниц нидерландской науки. Его главный труд, «Algemeene Verhandeling van de bloedeloose dierkens»(1669 г.), заложивший основы энтомологии, в 1680-х гг. появился также в переводе на латынь и французский языки.