Изучая насекомых, Сваммердам открыл новый мир. Он также открывал его более эффективно, чем кто-либо раньше, сохраняя образцы насекомых посредством гениальной препарации, которая принесла ему известность. Однако в 1670-х гг. он забросил науку и целиком посвятил себя религии. Его место занял Антони ван Левенгук (1632-1723 гг.) из Делфта, исследователь-самоучка, слабо знавший латынь, из-за чего к нему свысока относились другие представители научного мира; но это не помешало ему добиться международной славы в качестве исследователя. Во время своего посещения Голландии в 1697 г. царь Петр Великий совершил поездку в Делфт специально для того, чтобы увидеть его микроскоп, подобно тому, как в 1668 г. великий герцог Козимо Тосканский в ходе путешествия по Голландии нанес визит Сваммердаму, чтобы осмотреть его модель прибора. Неутомимо проводя исследования в области анатомии, энтомологии и ботаники, ван Левенгук усвоил научный кругозор, во многом аналогичный картезианскому механистическому мировоззрению. Свои методы он, главным образом, позаимствовал у Сваммердама и других предшественников. Как Гюйгенс и Спиноза, он достиг большого мастерства в работе с линзами и оправами, но превзошел их, постепенно увеличивая разрешающую способность от 0 до 40 раз. Он создал приблизительно 520 микроскопов, с медными, а иногда серебряными оправами; самый мощный из сохранившихся увеличивает предметы до 270 раз; но, кажется, он мог делать линзы с 500-кратным увеличением.

Ван Левенгук достиг больших результатов в своих исследованиях в 1670-х гг.; самые важные его публикации появились в 1680-х гг. Продолжая с того места, где остановился Сваммердам, он еще глубже изучил структуру крови. В 1676 г., году, в котором он руководил продажей с аукциона в качестве младшего городского чиновника ряда картин Вермеера, он открыл существование бактерий. В следующем году, году смерти Спинозы, он открыл состав человеческой спермы. Впоследствии он работал над структурой крови и спермы собак, кроликов, лягушек и рыб. Он также превзошел Сваммердама в исследовании механики тел и крыльев насекомых. Уже на ранних этапах признав его достижения, Королевское Общество в Лондоне сделало его своим членом-корреспондентом в 1680 г.; позже он передал в дар Обществу 26 своих микроскопов. В самой Республике не было ни одной научной академии или соответствующего учреждения.

Наряду с ван Левенгуком в Делфте, Гюйгенсом (с 1666 г.) в Париже (но также временно приезжавшего, а с 1681 г. постоянно жившего в Гааге), главным действующим лицом в научной среде в Амстердаме, после Сваммердама, был Фредерик Рюйш (1638-1731 гг.). Рюйш был praelector ом анатомии в городе и, кроме прочих задач, осуществлял надзор над женщинами легкого поведения. Также следуя примеру Сваммердама, Рюйш исследовал много областей человеческой анатомии и физиологии и, используя духи для сохранения органов, собрал одну из самых известных анатомических коллекций в Европе (см. стр. 473 ниже). Он издал много работ, а венцом его деятельности было «Thesaurus Anatomicus» (10 томов, 1701-15 гг.). Рюйш был также ботаником и в 1685 г. был назначен главой нового амстердамского «hortus botanicus» (ботанического сада (лат.)), который был одним из самых важных центров ботанических исследований в Европе. Его знаменитая дочь, Рашель Рюйш, так сказать, унаследовала его страсть к растениям, установив новые стандарты точности в цветочной живописи.

Еще одним опытным классификатором, который улучшил методы сохранения образцов, хотя и не профессиональным ученым, был анабаптист Левин Винцент (1658-1727 гг.). Винцент создал, возможно, самый знаменитый из всех естественнонаучных «кабинетов редкостей» в Голландии конца XVII столетия. Он превратил увлечение насекомыми Сваммердама в один из самых модных видов деятельности в Амстердаме конца XVII в., препарируя с помощью новых методов и демонстрируя большое количество насекомых. Его коллекция также включала раковины, птиц, травы и много зарисовок цветов. Петр Великий и несколько менее известных европейских князей посетили музей Винцента в 1690-х гг. Он опубликовал каталог своей коллекции под названием «Wondertoneel der Nature» (1706 г.), красивый титульный лист которого был создан Ромейном де Хоге.

Регентские круги Амстердама, особенно бургомистр Хюдде, благоволили картезианскому подходу и помогали новым исследованиям, выделяя средства из государственной казны для закупок необходимых принадлежностей. Ван Бёйнинген был одним из главных спонсоров Сваммердама. Регенты также входили в число виднейших коллекционеров редких растений и насекомых, особенно славился музей насекомых семьи Витсен. Они следовали новым направлениям в ботанике и помогали их развитию. Ключевой фигурой в этой области был состоятельный аптекарь Йоханн Коммелин (1629-92 гг.), один из новых регентов, введенных в состав городского совета в 1672 г. Он был одним из основателей нового амстердамского «hortus» в 1682 г., и способствовал последующему быстрому развитию сада на научной основе. Выдающийся ботаник, он внес огромный вклад в «Horti Medici Amstelodamensis Rariorum Descriptio» (1697 г.), генеральный каталог редких растений в амстердамском «hortus», над составлением которого работали также Рюйш и его племянник, Каспар Коммелин.

Классификация редких и экзотических растений и составление иллюстрированных каталогов стали одной из главных специализаций нидерландской науки. Эта традиция восходила к началу XVII в., но впервые получила свое воплощение в ботанических разделах знаменитого издания «Historia Naturalis Brasiliae» (1648 г.), генерального компендиума исследований, проводившихся в Нидерландской Бразилии при официальной поддержке Йохана Морица ван Нассау-Зигена, когда он был губернатором этой колонии. Трактаты, посвященные растениям, птицам и животным Бразилии, отличались исключительно высоким качеством, особенно труд немецкого ученого, обучавшегося в Лейдене, Георга Маркграфа, знаменовавший начало великой эпохи нидерландских исследований и публикаций в сфере ботаники.

Самым монументальным проектом до 1700 г. был «Hortus Indicus Malabaricus» (Амстердам, 1678-93 гг.), исчерпывающий и великолепно иллюстрированный обзор в двенадцати томах, содержащий не менее 1 794 цветных гравюр на отдельных листах. Спонсором и вдохновителем проекта был Хендрик Адриан Реде тот Дракенстейн (ок. 1636-91 гг.), офицер ОИК на Малабарском побережье, ставший в 1660-х гг. комендантом нидерландского форта в Кочине. В 1678 г. он вернулся в Нидерланды, где непродолжительное время участвовал в деятельности ridderschap'а Утрехта, но затем вернулся в качестве высшего чиновника в Южную Индию. В работе над великим проектом по обозрению флоры Малабара ему оказывал помощь амстердамский регент Коммелин, добавивший некоторые иллюстрации и текст. Труд был настолько монументальным, что большей частью был опубликован только на латыни, от планов по изданию нидерландской и английской версий отказались на ранней стадии.

Но, возможно, самым творчески мыслившим из всех исследователей ботаники был Георг Эверард Румфий (ок. 1627-1702 гг.), так называемый «Плиний Индий». Румфий был служащим ОИК, немцем по национальности, проведшим большую часть своей взрослой жизни на Молуккских островах. Он стал увлеченным ботаником и ученым в области естественной истории в целом, и даже после того, как в 1670 г. ослеп, продолжал свои исследования с помощью властей в Батавии, оказывавших ему финансовую и другую помощь. Его «magnum opus», фундаментальное изучение растений Амбоины, «Amboinsch Kruidboek», несколько раз едва не было утрачено для потомства. Когда его труд частично пострадал от пожара, от которого выгорела значительная часть Амбоины в 1687 г., Румфию пришлось заново перерисовать все свои наброски. Затем труд пропал снова, в 1692 г., по пути из Батавии в Голландию, на борту корабля, потопленного французами. К счастью, в Батавии сохранился единственный экземпляр, и несколько лет спустя он благополучно дошел до Heren XVII («Семнадцать господ», совет директоров Ост-Индской Компании. — Прим. пер.) в Амстердаме. Однако они были устрашены его объемом и попросту похоронили неопубликованным в своих архивах. Наконец, труд Румфия все же увидел свет, выпущенный консорциумом издателей в шести монументальных томах в 1740-х гг. Румфий скончался, не дождавшись также издания другой своей книги, «Amboinsche Rariteitenkamer», описания рыб, кораллов и минералов Амбоины, основанного на скрупулезных исследованиях, продолжавшихся свыше сорока лет. Он был опубликован в Амстердаме в 1705 г. Румфий был ученым Золотого Века, но его наследие стало известно Европе только в эпоху Просвещения.