Теперь властям необходимо было развивать систему управления страной. Практически не было прецедентов колонизации европейцами столь далекой и совершенно чуждой расы. Первые эксперименты в области установления колониального правления в дальнейшем осложнились особыми условиями Перу. До завоевания в стране процветало удивительно стабильное правление Инков, и теперь власти пожелали сохранить то, что осталось от многочисленного коренного населения. Но страна стала свидетелем двух восстаний, поднятых недовольными колонистами, и находилась в опасной удаленности от метрополии. Она также обладала серебряными рудниками, которые быстро становились столпом всей испанской империи. Королевская власть стремилась одновременно сохранять чистоту своей христианской совести и проявлять заботу о перуанских индейцах, но при этом поддерживать на том же уровне свои доходы и вознаграждать испанских колонистов — это были явно несовместимые цели. В это время экспериментов в Перу бурлили политические теории. Лавина мемуаров, очерков и трактатов содержала советы королю, как управлять страной, а политические мысли и рекомендации отличались удивительной скрупулезностью и идеализмом.

Многие политики-теоретики хотели найти в администрации Перу место для инкской родовой знати. Король чувствовал сострадание к потомкам таких же, как он, монархов и угрызения совести за то, как обошлись испанцы с Атауальпой и Инкой Манко. В средневековой Испании существовала традиция уважать «сеньор натураль», мудрого, законного, любимого правителя; и Франсиско де Витория подчеркивал законные права туземных правителей. Такие хронисты, как Луис де Моралес, Кристобаль де Молина и Бартоломе де Вега рисовали удручающие картины обнищания родовой знати инков, лишенной роскоши, которой они беспечно наслаждались еще несколько лет назад, а теперь живущей без каких-либо доходов посреди богатств покоренной империи.

На самом деле положение королевской семьи инков к шестидесятым годам XVI века улучшилось. Единственные сыновья Уайна-Капака, оставшиеся в живых после междоусобной войны и испанского завоевания, Манко и Паулью, были оба мертвы, а их старшие законные сыновья Сайри-Тупак и Инка Карлос были владельцами богатых энкомьенд, которые они получили в результате приступов щедрости у Карла V, Гаски и Каньете. Некоторые принцессы вышли замуж за конкистадоров, имевших энкомьенды, а другие также получали пенсию от испанской короны. Эта привилегированная группа, которая должна была воодушевлять коренных жителей Перу, обогатилась таким образом благодаря податям с энкомьенд и стала составной частью испанского общества. Вместо того чтобы пытаться встать на защиту национальных интересов, потомки королевского дома Инков использовали свое происхождение с целью получения личной выгоды. Они так же были жадны до титулов, фамильных гербов, прекрасной европейской одежды и дармовых доходов и так же безразличны к трудящимся массам, как и любой испанский идальго.

Помимо немногих удачливых принцев и принцесс, которые получали подати с энкомьенд, существовали еще несколько сотен инков знатного происхождения, которые жили в Куско. Их королевское происхождение прослеживалось от одного из одиннадцати Великих Инков, и они сохраняли родственный клан, или «айлью», своего предка Инки. Земли вокруг Куско, которые раньше предназначались для Инки или для храмов Солнца, были поделены на части между королевскими потомками. Таким образом, у каждого было небольшое сельскохозяйственное владение, от уплаты налогов с которого они были освобождены. Но эти инки знатного происхождения, как и многие курака, часто были помешаны на том, чтобы «одеваться в шелка или иметь лошадей, пить много кастильского вина или иметь друзей среди испанцев». Благодаря своему благородному происхождению всякий из них, кто становился христианином, получал титул «Дон», который был отличительным признаком аристократической родословной среди испанцев. Но очень мало кто из индейцев выучил испанский язык, и даже представители знати оставались достойными сожаления фигурами в постконкистском обществе.

На некоторых испанцев производило большое впечатление то, как легко можно было манипулировать местной знатью. Луис де Моралес писал, что многие индейцы — «люди очень способные, рассудительные и разумные. И все это тратится впустую, так как они всего лишь ухаживают за лошадьми или пасут скот». Поэтому испанские власти забавлялись тем, что выискивали способы использовать в своих целях управленческие способности индейцев вне жестокой системы «энкомендеро — курака». Франсиско Писарро и Висенте де Вальверде пытались сохранить индейские общины везде, где только они были, особенно в таких городах, как Хауха со 100 тысячами жителей или Вилькасуаман с населением 40 тысяч человек. Их усилия остались тщетными из-за анархии во время восстаний и гражданских войн. Вака де Кастро надеялся создать новые поселения индейцев, но единственное, что ему удалось сделать, это основать город индейцев племени чачапояс, который располагался далеко от их родных мест обитания в провинции Вилькас. Если основывались новые поселения, то индейское самоуправление могло действовать только вне племенной системы курака. Священники хотели, чтобы живущие отдельно индейцы собирались в такие общины для облегчения им задачи обращения их в христиан. Их настойчивость привела к тому, что в 1549 году вышел королевский указ, требовавший от властей основывать в Перу больше городов с индейским населением. В каждом таком городе из числа индейцев должны были быть «алькальды, мировые судьи для рассмотрения гражданских исков, а также члены городского управления, избранные индейцами на годичный срок из своих же соплеменников», чтобы заботиться о благе общины.

Гаска написал королю после своего триумфального возвращения в Испанию и предложил, чтобы мировым судьям из числа индейцев было разрешено рассматривать простейшие гражданские иски своих соплеменников, а также арестовывать испанцев, совершивших правонарушения, и сопровождать их к испанскому коррехидору, имеющемуся в каждом испанском городе. Король в свою очередь попросил нового вице-короля маркиза де Каньете рассмотреть такие полномочия, а Каньете поручил коррехидору Куско, грозному Хуану Поло де Ондегардо, лицензиату и сведущему человеку в делах индейцев, разработать такую систему для 20 тысяч индейцев, проживающих в городе и поблизости от него. Поло разделил Куско на четыре административных района, или прихода. Коррехидор выдвинул в каждом районе по восемь кандидатов, из которых индейцы выбрали трех. Затем одного из них коррехидор избрал алькальдом. Каждый алькальд осуществлял правосудие среди индейцев, но он не мог приговорить к смерти или нанесению увечий. У них это стало неплохо получаться, и вскоре стали появляться сообщения о том, что, «как видно из опыта города Куско, четыре алькальда, назначенные своими соплеменниками, так хорошо справляются с делами, что от них не может спрятаться ни один грабитель или правонарушитель; они быстро улаживают возникающие иски, касающиеся пахотных земель, водоснабжения, пастбищ и др.».

Каньете уже назначал родовитого Алонсо Титу Атаучи постоянным главным алькальдом четырех суйю в Куско, вручив ему особый жезл судьи. Он попытался провести такой же эксперимент в Кито, сделав двоюродного брата Атауальпы Дона Матео Юпанки главным алькальдом де лос Натуралес, то есть начальником индейской полиции, со своим штатом служащих и ежегодным жалованьем в размере 100 песо. Дон Матео очень эффективно выполнял свои обязанности в течение восемнадцати лет и завоевал восхищение испанского коррехидора. В 1563 году Аудиенсия Кито приняла решение избирать алькальдов из числа индейцев, как в Куско, чтобы они имели полномочия «арестовывать испанцев, которые совершают правонарушения в своих районах, и отправлять пленников к коррехидору». Другой достойный человек, Дон Диего де Фигероа, и Кахамарка, внук главнокомандующего Уайна-Капака и курака инкских поселенцев в Кито, стал одним из этих алькальдов. Он обучал индейских и испанских детей в своем округе, построил прекрасную церковь, основал поселения неподалеку от Кито и поднялся до главного алькальда всей провинции, которому в вопросах правосудия подчинялись все курака провинции. В новом прибрежном городе Гуаякиль курака по имени Дон Педро Самбиса храбро помогал отразить нападение Фрэнсиса Дрейка. В награду он стал главнокомандующим и главным алькальдом де лос Натуралес в Гуаякиле, а в конечном счете — преемником Дона Диего де Фигероа на посту главного алькальда Кито. Каньете также организовал полностью индейскую общину с горожанами, алькальдами, судом и городским советом в Ла-Магдалена-де-Чакалеа в долине Лимы.