Церковные власти подстрекали самих индейцев против новых коррехидоров де индеос, хотя предполагалось, что функцией новых чиновников будет обеспечение дополнительной защиты притесняемых туземцев. К этой оппозиции присоединились курака. Судья Франсиско Фалькон помог им подготовить петицию, которая была представлена в Аудиенсию Лимы в июле 1565 года. В ней предлагались разумные шаги к постепенному повышению уровня индейского самоуправления посредством алькальдов и рехидоров из числа коренного населения. В ней также утверждалось, что не требуется никаких новых чиновников для управления послушными индейцами и что жалованье коррехидорам де индеос должны, во всяком случае, платить энкомендеро, а не сами индейцы. Эту петицию должны были затем отправить в Испанию, и архиепископ Лоайса торопил курака собрать деньги, чтобы отправить их вместе с ней и тем самым придать ей больший вес. Эти аргументы были вполне убедительными, но мотивы сомнительными, так как введение новых чиновников угрожало так же ограничить власть курака, как и власть священников.

Противодействие исходило также и от других властей, которые почувствовали угрозу своему положению: от кабильдо (муниципалитетов) испанских городов (состоявших из энкомендеро); от уже существующих коррехидоров, которые не хотели отдавать свою власть над индейцами, и даже от относительно беспристрастных аудиенсий. Члены Аудиенсии Чаркаса послали Гарсии де Кастро аргументированную докладную записку. В ней подчеркивалось, что новые чиновники навлекут на несчастных туземцев еще больше страданий, так как станут требовать уплаты еще одного налога, который нужно платить не иначе, как только серебром. Настолько сильны были шумные протесты как со стороны индейцев, так и со стороны энкомендеро в Чаркасе, что администрация вынуждена была временно прекратить взимание этого налога. Гарсия де Кастро доказывал, что любая коррупция в рядах его новых чиновников будет немедленно разоблачена рассерженными священниками, энкомендеро и курака и ее можно будет сурово пресечь. Но Аудиенсия Чаркаса предостерегала: существует риск, что коррехидор де индеос присоединится к этим трем группам эксплуататоров и они составят заговор молчания. Члены Аудиенсии были убеждены в том, что новые должностные лица не смогут выполнять свои обязанности, не опираясь на прочную базу, которая была у уже существующих коррехидоров в городах. Поэтому прежде чем создавать эти новые должности, туземцев следовало объединить в более крупные общины.

Губернатор Гарсия де Кастро изменил условия деятельности своих коррехидоров де индеос, учитывая эти протесты. Но он продолжал верить в необходимость новых чиновников, которые восполнили бы недостаток управленцев в сельской части Перу. Он был убежден, что простых индейцев нельзя защитить, а неопытным индейцам-алькальдам не выстоять против угроз курака без помощи со стороны этой новой власти. Поэтому он начал постепенно вводить коррехидоров де индеос сначала в районе Лимы, и в течение нескольких лет он настойчиво просил короля издать указ, который утвердил бы его нововведение.

В то время как Гарсия де Кастро и другие размышляли над способами управления индейцами, Перу в течение многих лет раздирали горячие споры относительно будущего самой энкомьендарной системы. Королевская власть рассматривала первоначально подаренные энкомьенды как временные, вынужденные меры, предпринятые с целью закрепить завоевание только что покоренной территории и наградить победителей. Энкомендеро не имели ни прав на землю, ни юридической власти над индейцами в своих регионах. Просто в течение своей жизни они получали и могли пользоваться огромными податями со своих владений, то же самое относилось и к их прямым наследникам. Владельцы энкомьенд были недовольны теми ограничениями, которые сопровождали эти награды, и их тревога стала нарастать с осознанием того, что они потеряют весь источник своих доходов со смертью своих наследников. Они очень хотели, чтобы подаренные им энкомьенды остались им в бессрочное пользование. Борьба за владение энкомьендами в течение неограниченного срока спорадически вспыхивала с тех времен, когда завоевание Перу еще не началось. В течение некоторого времени в тридцатые годы XVI века казалось, что королевская власть, возможно, сделает эту уступку, но король решительно повернул против энкомендеро в «Новых законах» от 1542 года. В них было объявлено, что вся система скоро прекратит свое существование и никакие другие энкомьенды в дальнейшем раздаваться больше не будут. Когда Гаска нанес поражение Гонсало Писарро и наградил десятки верных последователей энкомьендами, конфискованными у мятежников, испанские поселенцы в Перу организовали новое лобби в защиту владения энкомьендами в течение неограниченного срока. В 1549 году они послали доминиканского архиепископа в Перу отца Томаса де Сан Мартина и одного из первых и наиболее уважаемых конкистадоров капитана Херонимо де Альягу упросить короля Карла I отдать им энкомьенды в вечное владение. Совет по делам Индий заслушал эту петицию в 1550 году. Большинство его членов высказались «за», но оппозиция, возглавляемая Лас Касасом, Сан Мартином (который попал под обаяние Лас Касаса и переметнулся на другую сторону) и Гаской, отложила принятие решения. Аргументы в пользу владения энкомьендами в течение неограниченного времени были всегда похожими, и в них было нечто убедительное. Отданная в навечное владение энкомьенда вызвала бы в энкомендеро постоянную заинтересованность в благоденствии и процветании своих владений. Он стал бы вкладывать в землю капитал, обучать индейцев более прогрессивным методам земледелия, учить и защищать их, а также стимулировать экономическую деятельность в этом районе. Получив же энкомьенды на ограниченное время, энкомендеро были «наемниками, а не фермерами», которые «старались только насытиться потом индейцев перед тем, как уехать». Но если бы подаренная земля осталась владельцам в вечное владение, они стали бы надежной лояльной аристократией, достаточно богатой, чтобы защищать королевскую колонию. В начале 1554 года, в разгар восстания Франсиско Эрнандеса Хирона, верные королю энкомендеро собрались в Лиме, чтобы подготовить вторую петицию. Они просили оставить им их земли навсегда, позволить им поселиться в своих поместьях и дать им гражданские и юридические полномочия второй инстанции, что позволило бы им выслушивать жалобы или просьбы индейцев в отношении курака. Своим эмиссаром они избрали Антонио де Риберу, и в конце 1555 года он прибыл к Карлу I в Брюссель. Его просьба была подкреплена самым мощным из всех возможных аргументов: обещанием 7 600 000 песо в случае, если просьба будет удовлетворена. В то время 467 энкомендеро в Перу получали ежегодный валовой доход около 1 200 000 песо, из которого они должны были содержать священников. Поэтому их предложение представляло собой сделку на семь лет — невысокая цена за собственность, приносящую стабильные доходы, и никакого предсказуемого риска. Каким образом они собирались занять или наскрести эту огромную сумму, ни разу полностью не обсуждалось.

В январе 1556 года Карл I отрекся от престола, и королем обанкротившейся страны стал Филипп II. Естественно, он сильно соблазнился денежным предложением и в сентябре написал в Совет по делам Индий, что он решил принять его. Он планировал создать из креолов аристократию, продавая титулы и гербы, и дать потомственным энкомендеро всю полноту власти на местах, подчиняющейся только центральным судам. Совет по делам Индий пришел в смятение. К его чести, надо сказать, что он отправил королю свое решительное осуждение этого предложения. Совет предостерег короля, что передача энкомьенд их владельцам в бессрочное владение будет на пользу только нескольким сотням энкомендеро за счет тысяч других испанцев, поселившихся в Перу; это будет означать вечное рабство для индейцев. Предоставление энкомендеро широких полномочий не соответствовало изначальному замыслу папы, подарившему королю эту страну, и было бы неосмотрительно предоставить такую власть группе беспокойных поселенцев, многие из которых участвовали в недавнем восстании. Такой решительный отпор решению нового короля был смелым поступком Совета. Филипп II позволил своим денежным затруднениям затмить человеколюбивые доводы, которые производили такое впечатление на его отца.