Представителем королевской власти в провинциях был коррехидор, чиновник, который имелся в каждом испанском городе и возглавлял его городской совет. Первоначально должность коррехидора обычно занимал ведущий энкомендеро; она была почетной, и жалованья коррехидор не получал. Каньете сократил число коррехидоров до 12 человек, дал им достаточное жалованье и старался назначать хорошо образованных, знающих людей, таких, как Хуан Поло де Ондегардо. В каждом основанном испанцами городе был муниципальный совет, кабильдо, возглавляемый алькальдом; в него входили рехидоры, или члены городского совета. Эта система муниципального управления была целиком в руках энкомендеро: владельцы поместий должны были жить в городах и, естественно, были самыми богатыми горожанами. В сельской местности присутствие центральной власти или правовая защита выражались в том, что каждый год сюда приезжал алькальд или рехидор из ближайшего города. Они устраивали скорые краткие слушания дел и выносили приговоры. Время от времени кабильдо (муниципальные советы) издавали законы в пользу индейцев, чтобы только поддерживать жизнь в этой готовой ко всякому труду рабочей силе; а приезжающие с визитами магистраты иногда предпринимали какие-нибудь шаги в защиту индейцев от алчных испанцев. Коррехидоры также должны были защищать индейцев и наказывать их обидчиков так же сурово, как если бы преступление было совершено против испанца. Но коррехидоры несли ответственность за обширные просторы гористой местности и были слишком заняты делами в своих городах, чтобы управляться еще и за их пределами. И было большой редкостью, если эти чиновники на местах наказывали своих соплеменников-энкомендеро. Поэтому индейцы не получали действенной защиты со стороны королевских властей. Большинство из них, вероятно, даже и не подозревали о существовании другой власти помимо их непосредственных хозяев: энкомендеро, курака и священника.

Когда гражданские войны уже подходили к концу, недостаток этой власти, которая защищала бы индейцев, был очевиден всякому сочувствующему наблюдателю. Было ясно, что индейцы зависели от милости кучки хозяев, грабивших их. Если бы на них совсем не обращали внимания и предоставили бы их самим себе, их количество уменьшилось бы и они никогда не приняли бы христианство добровольно. Одним из решений проблемы стало бы возвращение реальной власти правителям из числа индейцев. Но большинство политиков-теоретиков уклонялись от этого смелого решения и вместо этого выступали за идею усиленной защиты индейцев как наиболее уязвимого низшего слоя общества. Индейцы так настрадались от жестокого обращения с ними в годы анархии в ходе конкисты и во время гражданских войн, что, казалось, они были не способны отстаивать свои права свободных граждан. Закон уже подверг индейцев дискриминации, сделав их данниками энкомендеро со всеми сопутствующими этому ужасами. Испанские бродяги и бездельники, прибывшие в Перу, не имели таких обязательств. Индейцам так и не дали шанса проявить себя свободными гражданами, и было бы невозможно ожидать, что они переживут потрясения конкисты, приспособятся к обществу конкурентных денежных отношений и написанному на иностранном языке своду законов и отразят натиск воинственных вооруженных представителей расы завоевателей. Поэтому исполненные благих намерений испанцы пришли к заключению, что коренных жителей Перу должно защищать специальное законодательство, а специально назначенные испанские протекторы должны осуществлять их коллективные права. Но появление такого специального законодательства означало, что индейцы теряют свое равноправие как свободные подданные короля Испании. Вместо этого их статус снизился до положения правового меньшинства. Были забыты прекрасные идеи «Новых законов» и надежды на то, что перуанцы продвинутся вперед, от положения подданных Великого Инки до положения свободных граждан-христиан европейской монархии.

Вскоре после поражения Гонсало Писарро Аудиенсия Лимы попросила себе у короля право назначать протектора индейцев в каждом городе «для лучшего обращения с индейцами и их защиты». Гаска настаивал, чтобы в обязанности коррехидора входило защищать индейцев, на том же стоял и Каньете. Каньете пошел еще дальше и попытался официально ввести должности провинциальных коррехидоров с широкими полномочиями в области защиты прав индейцев. Но все эти добрые намерения оставляли без внимания проблему поиска добросовестных и способных испанцев. Чтобы выполнять свою работу как следует, протектор должен был испытывать сострадание к своим подопечным, быть сведущим в испанских законах, непримиримым и непоколебимым в отношении своих соотечественников и альтруистом, не думающим о денежном вознаграждении. Очень мало таких образцов совершенства добрались до Перу в XVI веке. Кто-то пытался ввести должности протекторов в отдельных репартимьенто, которые отошли короне, но Хуан де Матьенсо в 1562 году сообщил королю, что это пришлось отменить «из-за грабежей, дурного обращения и мошенничества, которыми они занимались в отношении индейцев». Вскоре Каньете убрал своих коррехидоров в провинциях, сказав, что они воры. Позднее вице-король Франсиско Толедо сместил всех региональных протекторов, за исключением архиепископа, «потому что они все и каждый из них занимались грабежом и эксплуатацией индейцев и притесняли их, возбуждая дюжины судебных процессов».

Несмотря на такую зловещую картину, губернатор Гарсия де Кастро убедил себя в том, что какая-то новая форма власти необходима, чтобы управлять индейцами и защищать их. Его решением проблемы стал «коррехидор де индеос», испанский чиновник, который стал бы управлять индейцами, дублируя испанского коррехидора, который осуществлял центральную власть в испанских городах. Гарсия де Кастро стал продвигать свои планы в жизнь, несмотря на скептическое отношение церковных властей. Он объяснил королю, каким образом эти новые чиновники смогут предотвращать бунты и мятежи среди коренного населения, следить за переселением индейцев в более крупные города, осуществлять среди них правосудие вместо священников, упорядочить сбор податей, который проводят курака, делать перепись населения и защищать индейцев от различных злоупотреблений. Новые коррехидоры де индеос должны были получать жалованье в размере двух серебряных монет в год с каждого платящего подати индейца, которого они зарегистрируют. По замыслу губернатора, им должны были быть предоставлены широкие полномочия за счет уже существующих полномочий местных властей.

Бедняга Гарсия де Кастро, неудачник, действующий с самыми лучшими побуждениями, не мог предвидеть, какую бурю протестов вызовут его нововведения. Самыми громогласными противниками были церковники, которым грозила потеря власти, фактически незаконно захваченной священниками в каждой индейской общине. Архиепископ Лоайса доказывал, что губернатор никогда не сможет найти достаточное количество достойных мирян на новые должности, следовательно, задачу защиты индейцев следует оставить священникам, получающим поддержку от инспектора из центра. Франсиско де Моралес, францисканский архиепископ, осуждал чиновников, которые «обогащают себя, своих родственников и друзей за счет страданий этих невинных душ»; по словам Родриго де Лоайсы, коррехидоры сколотили себе состояния на торговле своими подопечными и поощряли их дурные наклонности. Рехинальдо де Лисаррага писал, что настоятель его женского доминиканского монастыря отказывал в отпущении грехов новым чиновникам. Страстные словесные нападки церковников подкреплялись кампанией отказа от сотрудничества с коррехидорами де индеос. Например, они отказались предоставить свои записи крещений и браков, чтобы помешать новым должностным лицам находить уклоняющихся от податей индейцев.