Эти пробные шаги в индейском самоуправлении явились волнующим экспериментом в управлении колонией. В течение некоторого времени политики-теоретики в Перу обсуждали более смелые меры. В 1561 году Аудиенсия Лимы дала указание своим региональным инспекторам перевести индейцев в новые города, в которых они сами будут управлять своими делами. Каньете умер в 1561 году, а повеления короля побудили его преемника графа де Ньева продолжить назначения индейцев на ответственные должности. Лицензиат Хуан де Матьенсо предложил, чтобы в каждой провинции на пост индейца-коррехидора и судьи сроком на два года назначались подходящие представители коренного населения не из этого района, достаточно воспринявшие испанский образ жизни. Архиепископ Лимы Лоайса настаивал, чтобы назначенные алькальды и члены городского совета из числа индейцев везде находились под началом испанских коррехидоров. И Поло де Ондегардо, и Хосе де Акоста считали, что есть необходимость в таких чиновниках. Испанцы оккупировали страну, в которой, как им было известно, было блестящее руководство. Поэтому они могли бы доверить значительную часть управления страной коренным жителям, отбирая достаточно авторитетных кандидатов, чтобы разрушить основанную на тайном сговоре власть энкомендерос и курака. Такая смелость в управлении Перу поставила бы страну на века впереди других колониальных режимов и послужила бы реальным подтверждением для официальных заявлений о том, что индейцы — равноправные подданные испанского короля.

К сожалению, несмотря на первые успехи индейцев на административных должностях, правители Перу колебались идти дальше. Каньете доверил своим управленцам-индейцам очень скромные полномочия и составил список ограничений для кандидатов: они должны быть благородного происхождения, исповедовать христианскую религию, говорить по-испански, быть достойными, способными, справедливыми, энергичными, добродетельными, иметь приятную внешность и немного разбираться в законах. Он сообщил королю, что надеется возродить коренное население страны посредством создания еще большего числа индейских общин с самоуправлением. Преемник Каньете Ньева вяло занимался делами индейцев. Он попытался поставить над янакона в Лиме двух алькальдов, несмотря на протесты местного населения. Он также задумал ввести новые должности индейских судей, которые занимались бы рассмотрением менее важных гражданских исков и имели бы разрешение арестовывать испанцев при условии немедленной их передачи в руки испанских властей. Это новшество не прижилось.

Следующий правитель Перу, Гарсия де Кастро, полностью сознавал, что королю очень хотелось бы, чтобы индейцы стали жить в новых городах и поселениях. Но его усилия, предпринятые с целью заставить их покинуть свои разрозненные жилища, потерпели полную неудачу: индейцы отказывались трогаться с места, а Кастро был слишком нерешителен, чтобы принудить их. Гарсия де Кастро отправил д-ра Грегорио Гонсалеса де Куэнку решить вопрос с управлением в 30 репартимьенто вокруг Трухильо на северном побережье, чьи подробные указания позволили местным индейцам организовать в своих деревнях подобие самоуправления. Президент Кастро также предпринял попытку назначать двух индейских алькальдов, которые занимались бы разбором исков индейцев в энкомьендах. Он уточнил, что курака не могут служить в этом качестве. Но его алькальды не обладали ни достаточной властью, ни официальной поддержкой, чтобы произвести хоть какое-нибудь впечатление на тех, кто уже укрепился в системе управления энкомьендами. Возможно, индейцы были слишком запуганы или деморализованы четвертьвековой оккупацией страны испанцами, чтобы вырастить в своей среде достаточно приемлемых кандидатов. Более вероятно, что курака обладали слишком большой властью над своими соплеменниками. Испанские правители Перу не были настолько смелы, чтобы передать из рук испанцев достаточный объем власти в руки индейцев. Неуверенные шаги по пути внедрения индейского самоуправления поэтому так и не реализовали все свои возможности.

Более ранней традицией испанского колониализма было назначение испанских протекторов индейцев. Еще до того, как Писарро отплыл в Перу, его партнер, а также партнер Альмагро, Эрнандо де Луке получил указание защищать коренное население еще не открытых земель. Будучи духовным лицом, Луке так и не попал в Перу, но эти инструкции были повторены в 1536 году и для Висенте де Вальверде, который в апреле 1538 года был официально назначен «протектором этих провинций». Вальверде приветствовал это назначение. Он пришел в ужас при виде опустошения, которое предстало перед ним во время его путешествия в глубь страны после восстания Манко. Он писал королю по поводу своего назначения: «Необходимо защищать этих людей от волчьих зубов, которые им угрожают. Я считаю, что, если специально не начать заботиться об их защите, страна опустеет. Индейцы чрезвычайно обрадовались… когда узнали, что Ваше Величество специально послали к ним человека, который будет защищать их». Обязанности Вальверде как протектора индейцев были обширными, но возможности принуждения — незначительными. Протектор индейцев обладал полномочиями посылать инспекторов в любые места, но ему почти некого было посылать. Он мог вести расследования по делам о жестоком обращении с индейцами, рекомендовать губернатору лишить того или иного владельца его индейцев или подвергнуть его телесному наказанию; или он сам мог налагать на правонарушителей штраф до 50 песо или наказывать тюремным заключением сроком до десяти дней. Вальверде рассмотрел несколько дел в Куско. Сохранились записи о двух случаях изнасилования служанок испанцами-энкомендеро. Вальверде приговорил их к штрафам и тюремному заключению, и апелляции испанцев к Франсиско Писарро не смогли изменить приговор. Но один епископ не мог обуздать легион жестоких конкистадоров.

Епископ Лимы Лоайса сменил Вальверде на посту протектора индейцев, а другие видные служители церкви занимали этот пост в других частях Вест-Индии. Одним из самых выдающихся был праведный Хуан де Валье, чья епархия располагалась к северу от границы империи инков. В 1557 году король Филипп написал Валье: «Мы узнали о том, как вы заботитесь о переходе индейцев этой провинции в христианскую веру, и о том, чтобы с ними хорошо обращались; какие усилия вы прилагали и продолжаете прилагать, чтобы защитить их от причинения им всяческого вреда; а также о гонениях и тяготах, которые вы переносите из-за этого. Мы в высшей степени довольны… и поручаем вам продолжать заботиться об этих людях». Но эти епископы с добрыми намерениями не обладали реальной властью для того, чтобы принудить хорошо обращаться с индейцами. Один из священников, работавших с де Валье, рассказал, как он уладил дело с записью размеров налогообложения и запретил использовать индейцев для переноски грузов и как он с надеждой «указывал испанцам, как спасти свою совесть в отношении индейцев… как вести себя на будущее, и предписывал им возместить индейцам весь ущерб». Епископы делали все, что только было в их силах, чтобы уговорить и усовестить своих прихожан, но обязанность защищать индейцев перешла на практике к гражданским властям.

Правительственный аппарат был несложный. Вице-король в Лиме возглавлял Аудиенсию, в которую входили четыре оидора, то есть судьи-советника, и финансовый, или налоговый, чиновник. Аудиенсия в Лиме была основана в 1542 году; в 1559 году Филипп II создал Аудиенсию в Ла-Плате, или в Чаркасе; в 1563 году — в Кито, а в 1565 году — в Чили. Председатели этих второстепенных Аудиенсий действовали как губернаторы и главнокомандующие на местах, и в каждой Аудиенсий было четыре или пять оидоров и финансовый чиновник.