Председатель военного трибунала Ленинградского и Северного фронтов генерал-майор юстиции Иван Фролович Исаенков позднее вспоминал, что Жданов неоднократно рекомендовал ему «не увлекаться расстрелами» — применять высшую меру, только чтобы не допустить распространения и повторения опасных преступлений. Это, однако, не значит, что член военного совета Жданов проявлял мягкость в те дни. Так, председатель трибунала Исаенков вспоминает случай осени 1941 года, когда командование 80-й стрелковой дивизии Ленинградского фронта во время первой попытки прорыва блокады на направлении Мги отказалось выполнять рискованную боевую задачу, мотивируя решение тем, что дивизия после боёв слаба и к наступлению не готова. Данная часть была сформирована летом в Ленинграде и до конца сентября 1941 года называлась Первой гвардейской Ленинградской стрелковой дивизией народного ополчения. Вероятно, прежнее почётное звание дивизии усугубило суровую реакцию командования фронта и Жданова. Командира и комиссара дивизии арестовали и предали суду военного трибунала. Фронтовой прокурор М.Г. Грезов обвинил их в измене родине, потребовал расстрела. Но трибунал пришёл к выводу, что формально измена родине в составе преступления отсутствует.

Вспоминает председатель трибунала Исаенков: «Грезов отреагировал жалобой на "либерализм" трибунала в Военный совет. Жданов меня вызвал и начал с разноса. Но я ему сказал: "Андрей Александрович, вы ведь сами всегда инструктировали нас: судить только в строгом соответствии с законами. По закону, в действиях этих лиц 'измены Родине' нет". — "У вас есть с собой Уголовный кодекс?" — "Есть…" Полистал, показал другим членам Военного совета: "Вы поступили правильно—в строгом соответствии с законом. И впредь поступать только так. А с ними, — добавил загадочную фразу, — мы разберёмся сами"…»

Военный трибунал принял решение «во внесудебном порядке»: командующий и комиссар, не выполнившие приказ дивизии, — полковник Иван Фролов и полковой комиссар Иванов, — были расстреляны. Суть их преступления заключалась в следующем: дивизия в ночь с 27 на 28 ноября 1941 года должна была атаковать немецкие позиции во взаимодействии с лыжным отрядом морской пехоты, который по льду Ладожского озера вышел в тыл к немцам. Отрядом лыжников командовал Василий Маргелов, будущий «десантник № 1», создатель советских Воздушно-десантных войск. Тогда полк, которому не пришла на помощь злосчастная дивизия, был почти уничтожен, сам Маргелов тяжело ранен и чудом вынесен с поля боя. Через несколько дней к нему в госпиталь пришёл военный дознаватель из окружного трибунала и сообщил: «Сам товарищ Жданов кровно заинтересован в наказании виновных». 2 декабря 1941 года Маргелов на костылях присутствовал в качестве свидетеля на том разбирательстве в трибунале фронта. Спустя много лет он рассказал, как после вынесения смертного приговора комдив и комиссар просили у него прощения…

Командующий Балтийским флотом адмирал Владимир Трибуц вспоминал середину сентября 1941 года, когда в самый кризисный период обороны Ленинграда существовала опасность прорыва наступающих немцев в город: «Вскоре меня пригласил к себе А.А. Жданов. В Смольном мне вручили телеграмму, подписанную Сталиным, Шапошниковым и Кузнецовым. Это был приказ подготовить всё необходимое, чтобы в случае прорыва противником обороны Ленинграда уничтожить боевые и транспортные корабли, оборонные объекты флота, ценности, запасы оружия, боеприпасов и т. д. Я прочитал это страшное решение несколько раз и не поверил своим глазам. А.А. Жданов спросил, всё ли мне ясно? Я ответил, что всё, хотя выразил недоумение: неужели обстановка под Ленинградом требует проведения такого мероприятия? Жданов сказал, что положение на фронте очень серьёзное, но не безнадёжное, а этот приказ нужно выполнять только в крайнем случае…»

Тогда, под угрозой захвата города немцами, был разработан «План мероприятий по организации и проведению в жизнь специальных мер по выводу из строя важнейших промышленных и иных предприятий города Ленинграда на случай вынужденного отхода наших войск». При отступлении планировалось взорвать более 380 предприятий города, портовые сооружения, мосты и т. п.

Очевидцы приводят и иные примеры участия Жданова в подготовке взрывных и диверсионных мероприятий. Вспоминает начальник Инженерного управления фронта Борис Бычевский: «…Военный совет и обком партии поручили мне создать в лесах и болотах северо-восточнее Пскова, а также между Псковом и Гдовом склады взрывчатых веществ для партизанских отрядов. Уточняя на карте конкретные пункты тайников, А.А. Жданов вдруг спросил:

— Скажите, товарищ Бычевский, а четвёртая парфюмерная фабрика выполняет какие-либо заказы для фронта?

Вопрос удивил меня. Хотя для работы на оборону были привлечены не только крупные предприятия, но и многие мелкие, вроде артелей "Примус" и "Металлоигрушка", я не знал, чем нам могут быть полезны парфюмеры.

— Поговорите с товарищами с фабрики, — посоветовал Жданов. — Полагаю, что некоторые их предложения заинтересуют вас.

На другой день мы с М.В. Басовым (заведующий промышленным отделом Ленинградского горкома. — А. В.) рассматривали принесённые с фабрики обломки кирпича, куски каменного угля, гальку, щебень. Даже при самом внимательном осмотре трудно было определить, что всё это изготовлено из папье-маше.

— Чудесная имитация! — восхищался Михаил Васильевич. — Чем не корпуса для мин?!

— Разумеется, — поддержал я его. — А если немного уменьшить размеры, они будут очень подходящи для партизан.

Наши инженеры из отдела заграждений тоже высоко оценили выдумку работников парфюмерной фабрики.

— Можете изготовить эти вещицы граммов по сто двадцать — сто пятьдесят? — спрашиваю директора фабрики.

— Конечно. А не слабоваты будут?

— Ступню оторвёт и такой заряд. К тому же габариты будут удобны.

— Сколько вам таких корпусов нужно? — в свою очередь интересуется директор.

— Делайте первую партию в двести тысяч.

— Хорошо».

Именно Ждановым впервые в ходе войны было создано централизованное руководство партизанами — прототип Центрального штаба партизанского движения — Ленинградский штаб партизанского движения. Первое совещание по вопросам организации борьбы на оккупированной территории Жданов провёл в Смольном ещё 13 июля 1941 года. Штаб ленинградских партизан образовали 27 сентября 1941 года, его возглавил третий секретарь Ленинградского обкома, коренной петербуржец Михаил Никитич Никитин. В городе, на случай возможного захвата, также были подготовлены партийное подполье и резидентуры НКВД.

В октябре 1941 года в Ленинград прилетел будущий Главный маршал артиллерии Николай Воронов, уроженец Санкт-Петербурга, знакомый Жданову по советско-финляндской войне.

«Прямо с аэродрома, — вспоминал Воронов, — я поехал в Смольный к Андрею Александровичу Жданову. Разговор касался предстоящей наступательной операции по восстановлению связи с Большой землёй. А.А. Жданов подробно рассказал о состоянии фронта и города…

Проезжая по улицам и площадям, я видел амбразуры, появившиеся в стенах домов, дзоты, построенные на перекрёстках. Город приготовился к бою… Но вместе с тем бросалось в глаза и другое: город стал словно ещё многолюднее.