Перед тем как отойти на зимние квартиры, Мерзифонлу Кара Мустафа-паша реорганизовал оборону венгерского фронта. Он обвинил в разгроме губернатора Буды, который еще в начале кампании не согласился со стратегией обхода Дьёра и наступления на Вену, а впоследствии своим неумелым руководством войсками вызвал неудовольствие великого визиря. Он был казнен, а его поместье конфисковано в пользу казны.

Мерзифонлу Кара Мустафа-паша долгое время был ближайшим советником султана, но любые связанные с ним сомнения, которые, возможно, имелись у Мехмеда IV, стали для него явью во время отсутствия великого визиря, вызванного его участием в кампании. Причиной тому были заговорщики, которые фабриковали сообщения о беспорядках в империи. Услышав о поражении под Веной, один из них, смотритель султанских конюшен, Бошнак («Босниец») Сары («Гладкокожий») Сулейман-ага, по словам Силахдара Финдиклили Мехмед-аги, заявил, что с «нашим врагом [т. е. с Мерзифонлу Кара Мустафа-пашой] покончено; настало время отмщения». Другими заговорщиками были главный черный евнух Юсуф-ага и третий визирь, Кара Ибрагим-паша. Мехмед уступил давлению со стороны очернителей Кара Мустафы, и великий визирь был казнен. Это случилось в Белграде, в Рождество 1683 года. Как раз в это время он занимался планированием нового наступления, которое намечал на весну следующего года. Освободившуюся должность великого визиря занял Кара Ибрагим. Тело Кара Мустафы было погребено в Белграде, во дворе мечети, расположенной напротив дворца. Хотя, согласно отчетам Силахдара Финдиклили Мехмеда-аги, султан приказал, чтобы его голову привезли в Стамбул, для погребения в гробнице великого визиря, находившейся неподалеку от Крытого базара, череп, который хранится в городском музее Вены, принято считать черепом Кара Мустафы.

Силахдар Финдиклили Мехмед-ага, который не скрывал своей убежденности в том, что только великий визирь нес ответственность и за руководство ведением военной кампании против Вены, и за последующие несчастья, записал один весьма знаменательный сон:

Несмотря на всю свою убежденность в том, что Мерзифонлу Кара Мустафа-паша нес всю ответственность за поражение под Веной, Силахдар Финдиклили Мехмед-ага обнаружил, что в отсутствие великого визиря при дворе плели омерзительную интригу. Позднее он утверждал, что у него было предчувствие относительно дальнейшей судьбы Кара Мустафы. После составления отчета об ужасной буре, которую он наблюдал 13 декабря, он пишет: «Если бывает гром и молния в декабре, то это предвещает то, что правитель страны тайно убьет ведущего государственного деятеля и конфискует его имущество». Среди пострадавших во время Венской кампании был и проповедник секты Кадизадели, Вани-эфенди. Разделяя желание Кара Мустафы взять город, он отправился туда вместе с армией. Это вызвало недовольство султана Мехмеда, и проповеднику пришлось покинуть двор и отправиться в свое поместье, неподалеку от Бурсы, где он и умер в 1685 году.

Мерзифонлу Кара Мустафа-паша останется в истории по причине своей неудачи во время второй осады Вены турками. Унизительное поражение османской армии имело огромное психологическое значение для Габсбургов и всей Европы. Европейским наблюдателям казалось, что волна османских завоеваний спадает. Литература того времени отражает преувеличенные надежды современников на то, что силы христиан после столетий борьбы наконец-то добьются победы. Разгром под Веной, несомненно, был для Османской империи ударом. Однако в то время турки понятия не имели о том, что это лишь первое из целой серии поражений, продолжавшихся вплоть до 1699 года, когда будет заключен унизительный и чрезвычайно невыгодный мир.

В начале февраля 1684 года тревожные сообщения из Белграда достигли султанского двора в Эдирне: командующий венгерским фронтом, Текирдаглы Бекри Мустафа-паша, сообщал султану Мехмеду IV о том, что христианские государства вступили в союз, направленный против Османской империи. Московия, писал он, планирует нападение на Крым, тогда как польско-литовская Речь Посполитая надеется вернуть себе Подолию и захватить Валахию; Венеция готовит нападения на Боснию, на Крит в Средиземном море, на побережье Румелии, а также на острова в Эгейском море; Швеция, Франция, Испания, Англия, Объединенные провинции Нидерландов, Генуя и Папская область также являются участниками этого союза. Собравшиеся в Эдирне государственные деятели Османской империи высказали свои опасения в отношении ведения войны на многих фронтах и решили, что на каждый театр боевых действий надо назначить командующего, тогда как султан или великий визирь Кара Ибрагим-паша остались бы в тылу, чтобы присматривать за приготовлениями к предстоящим военным кампаниям. Сам Текирдаглы Бекри Мустафа не отличался крепким здоровьем и вместо него в Буду был направлен губернатор Диярбакыра, Шайтан-Мелек («Дьявол-Ангел») Ибрагим-паша. Сторонами, подписавшими заключенный в марте 1684 договор Священной лиги, стали австрийские Габсбурги, Польско-литовское государство, Венеция и Папская область, а подписанное летом 1684 года перемирие между Францией и Австрией предвещало еще худшйе последствия, однако то обстоятельство, что мир между Францией и Османской империей был продлен на следующий год, отодвигало возможность участия Франции в антиосманской коалиции.

После кончины Мерзифонлу Кара Мустафа-паши следующим выдающимся отпрыском семейства Кёпрюлю стал Фазыл Мустафа-паша, который был вторым сыном Кёпрюлю Мехмеда и братом Фазыл Ахмед-паши. Вместе со своим братом он присутствовал на заключительном этапе осады Ираклиона и по рекомендации Мерзифонлу Кара Мустафы был назначен седьмым визирем, но, получив от султана поручение охранять валиде-султан и юных принцев, он принял лишь незначительное участие в дальнейших военных кампаниях. Близкие отношения с султаном должны были способствовать еще большему расположению владыки, но после поражения под Веной последовала волна неприязни к семейству Кёпрюлю, а также смерть Мерзифонлу Кара Мустафы и назначение Кара Ибрагим-паши на освободившийся после его кончины пост великого визиря. В этих обстоятельствах Фазыл Мустафа лишился важного поста губернатора находившейся в Северном Причерноморье провинции Ози, полученного им перед тем, как его зять лишился головы. Этот пограничный округ перешел под командование соратника великого визиря, Сары Сулеймана, который стал пашой, а Фазыл Мустафа был отстранен от активного участия в следующей, опасной фазе войны.

Некомпетентность противников клана Кёпрюлю, которые теперь пришли к власти, стала причиной обрушившихся на Османскую империю бедствий. В ходе своего отступления из Вены они потеряли Эстергом, расположенный на Дунае, севернее Буды. Этим городом турки владели начиная с 1543 года, если не считать тех десяти лет, на протяжении которых он находился в руках Габсбургов. В течение 1684 года имело место значительное продвижение австрийцев в глубь Венгрии: пали Вышеград и Вац, два ключевых опорных пункта, расположенных неподалеку от Эстергома, а Буда оказался в осаде. Южнее этого города австрийцы разбили наголову османские войска, находившиеся от него на расстоянии дневного перехода. В 1685 году турки вернули Вац, но попытка отвоевать Эстергом ни к чему не привела, и провинция Уйвар (которую всего двадцать лет назад присоединил Фазыл Ахмед-паша) была потеряна. На Западе это было воспринято с большим воодушевлением. В эти годы активность проявляла и Венеция: ее войска осадили и взяли находившиеся на ионическом побережье Греции крепости Санта-Мавра, Превеза и Пилос и несколько других крепостей, а также османские опорные пункты в Далмации.