Архангельская ЧК противилась попыткам центра ограничить ее право на расправы. В частности, в январе 1921 г. она отстаивала свое право самостоятельно выносить смертные приговоры, указывая на недавнее пребывание в губернии белого фронта, близость границы и «особенности населения»[980]. Губернская ЧК не подчинялась и контролю местных советских и партийных организаций. Так, Холмогорская уездная парторганизация была возмущена тем, что комендант Холмогорского лагеря Иосиф Бачулис произвольно расстреливал заключенных на лугу у лагеря на глазах у населения и расстрелянных не убирал по трое суток. Хотя Бачулис был отозван из Холмогор, вскоре он уже руководил Петроминским трудовым лагерем[981].

Несмотря на массовые расправы, ЧК и местное военное командование настаивало на необходимости еще более жестких мер по обеспечению большевистского контроля над губернией. Руководство созданного на Севере весной 1920 г. Беломорского военного округа требовало разместить здесь значительную вооруженную силу, чтобы «в любой момент противодействовать всевозможным случайностям»[982]. После вывода из губернии весной – летом 1920 г. частей красного Северного фронта в губернии расположились несколько полков ВНУС – войск внутренней охраны республики, специальных формирований, задачей которых являлась охрана тыла. Вместе с создававшимися на месте мобилизационными частями Архангельский гарнизон летом 1920 г. насчитывал 12 тыс. человек, или более чем 30 воинских частей. К декабрю в Архангельске и уездах было размещено уже более 27 тыс. штыков[983]. В начале 1921 г. управление округом даже жаловалось в центр, что красноармейцев невозможно обеспечить нормальным жильем, так как только в городе Архангельске находилось уже 18 500 военнослужащих. Командование указывало, что численность размещенных на Севере частей была не только больше, чем в царское время, но и превышала «войска Севера во время войны»[984].

Общие масштабы красного террора в первые месяцы после падения белого Северного фронта не поддаются точной оценке из-за отсутствия систематических данных. Официальные списки расстрелянных, появлявшиеся в местной прессе, и уцелевшие протоколы заседаний тройки Архангельской ЧК содержат имена нескольких сотен расстрелянных в 1920 г. и весной 1921 г. Архангельский историк Ю. Дойков смог установить имена более тысячи людей, расстрелянных на территории бывшей Северной области в 1920–1921 гг.[985] Однако сообщения очевидцев говорят, что число безымянных жертв террора на Севере могло быть во много раз больше. Современники утверждали, что только в первые недели после установления советской власти жертвами расправ стали не менее тысячи пленных чиновников, офицеров и солдат белой армии. Число погибших в 1920–1921 гг. в Холмогорском лагере, где производилось систематическое истребление заключенных, согласно различным свидетельствам, могло доходить до восьми и более тысяч человек[986]. В любом случае, «сочувствующий идейному социализму Степанов», обратившийся в конце лета 1921 г. с письмом в приемную председателя СНК Ленина и просивший разобраться с бесчинствами архангельской ЧК, сообщал, что под Холмогорами было расстреляно свыше семи тысяч заключенных[987]. Массовые расстрелы под Холмогорами были настолько известны современникам, что, по воспоминаниям архангельских старожилов, в 1930-е гг. именно туда студенты и преподаватели архангельского медицинского института ездили в экспедиции за скелетами для учебных пособий[988].

Регулярные расстрелы также шли в Архангельске на Мхах, на Мудьюге, в Петроминском лагере, на Соловках и даже на далеком полярном архипелаге Новая Земля, куда направлялись партии заключенных. По данным архангельского краеведа А.А. Куратова, с февраля по ноябрь 1920 г. в этих лагерях были расстреляны и умерли от голода и болезней 25 640 человек[989]. Общие оценки численности жертв политических репрессий на Севере России в 1920–1922 гг., куда включены солдаты и офицеры Северной армии и сосланные в губернию чины других белых армий, переправленные на Север кронштадтские матросы, крестьянские повстанцы из Тамбовской губернии, Украины и Сибири, доводят количество погибших в 1920–1922 гг. до ста тысяч человек[990]. Хотя эти цифры во многом основаны на личных свидетельствах и не поддаются проверке, вполне вероятно, что счет жертвам террора в первые годы советской власти на Севере действительно шел на десятки тысяч жизней.