Последняя, Покровская часовня, как и многие другие, сгорела не во время военных действий, а в мирное лето 1982 года (ныне, как и Владимирская, отстроена заново). Изуверское отношение к святыням не прошло бесследно, многие из тех, кто разрушал их, постепенно теряли человеческий облик. Очень точно заметил бывший игумен монастыря (с июля 1990) Андроник (Трубачев), что впервые источником разрушения обители стали «не войны противоборствующих держав, а разорение собственного гнезда, самоопустошение и самоистребление».

В 1965 году власти, организовав на острове природный заказник, решили дать Валааму новую жизнь. Были и другие попытки. В 1979 году природный заказник был преобразован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник, в связи с чем некоторым зданиям был придан статус памятников. Предполагались устройство туристического аттракциона с канатной дорогой и аэродромом, в соборе – зала органной музыки, строительство нового поселка на 1000 жителей. По милости Божьей, этим планам не суждено было сбыться.

Конец 1980-х годов стал первым этапом в восстановлении обители, бывшей когда-то столпом православной веры на севере России. По инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (ныне Патриарха Московского и всея Руси, священноигумена Валаамского монастыря Алексия II) 18 сентября 1989 года Совет министров Карелии решил «передать в пользование» Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскpесенского и Гефсиманского. Наместником обители был определен архимандрит Виктор (Пьянков), впоследствии епископ Подольский.

Первые шесть насельников – иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Серафим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил) – прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 года и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов («Морской дом»).

С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990–1991 годах.

С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть он перешел в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, святейший патриарх почти ежегодно отмечает день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения Валаамского монастыря Его Святейшество подробно знакомится с жизнью братии, как в монастыре, так и в скитах, беседует с братией.

С января 1993 года монастырскую братию возглавляет игумен Спасо– Преображенского Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.

В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище – нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калоподешта, подвизался на Святой горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный синод Румынской православной, причислил к лику святых Румынской православной церкви преподобного Антипу Калаподештского. По благословению его святейшества в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы Русской православной церкви. Отныне Валаамская обитель получила еще одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.

В 1996 году престольный праздник монастыря – день памяти преподобных Сергия и Германа – был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама – глава поместной православной церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосий, который передал монастырю бесценный дар – частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх – большую икону святого.

В силу сложившихся исторических обстоятельств, почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни – креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона – родовая святыня бояр Нащокиных.

По благословению Его Святейшества (4 июля 1999 г.) было установлено Празднование Собора Валаамских святых, на второй день после Преображения, престольного праздника обители.

В 2005 году были завершены реставрационные работы по восстановлению живописи собора на площади свыше 5 тысяч кв. м.

В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов. В настоящее время восстановлены одиннадцать.

По традиции валаамская обитель имеет подворья в Санкт-Петербурге: одно – с церковью во имя Казанской иконы Божией Матери и приделами во имя святого Николая и преподобного Серафима Саровского, часовней святых новомучеников Российских (до революции – подворье Стаpо-Ладожского Успенского женского монастыря, 1904–1909 гг.), другое – историческое, у бывшей пристани на Синопской набережной. В Москве историческое подворье на ул. Тверской-Ямской. Есть и новые подворья – в Приозерске с церковью во имя Всех Святых, в Сортавале с деревянной церковью во имя святителя Николая Чудотворца, на Кавказе.

Как провидчески сказал о Валааме в 1936 году замечательный русский писатель И.С. Шмелев, «придет время, и расцветут подросшие цветы духовные: “Господний посев не истребится”».

Монастырь не упоминался в туристических путеводителях, на картах Московской области не были отмечены деревни, окружающие его. Затерянный среди лесов и болот, он казался сказочным, нереальным. Все в нем удивляло: и заброшенность, и архитектура, и, несомненно, какая-то тайна. Со всех сторон он был окружен каменной оградой. За ней слева (если смотреть на литографию), через дорогу – старое замшелое кладбище, справа – несколько жилых домиков. Пойдешь мимо них – и дорога приведет в деревню близ Рассудова. По сторонам дороги – канавы, полные воды, и лес на протяжении всего лета затоплен и непроходим.