В 1371 году, через несколько лет после заключения Дерптского мира, валаамские иноки спасли шведского короля Магнуса II Смека, выброшенного ладожскими водами на берег острова. Сильная буря в щепки разбила корабль, на котором он со своим войском решил предпринять очередной завоевательный поход на православные земли. Трое суток волны носили на своих хребтах венценосного шведа. В несчастии короля старцы увидели особый Промысел Божий, призвавший его в лоно Православной церкви, как некогда гонителя Савла. Познав тщету земной жизни, он решил остаток своих дней посвятить Богу. Составив завещание и сменив царскую порфиру на простую одежду инока, он принял великую схиму с именем Григорий. Через три дня после пострига король Магнус скончался. Валаамские старцы погребли схимонаха Григория на братском кладбище, где и теперь под густою сенью развесистых кленов видна его могила.

…После разорения 1611 года Валаамский монастырь более ста лет находился в полном запустении. Залогом возрождения обители были святые мощи преподобных Сергия и Германа, скрытые монахами глубоко под землей. Над Валаамом постоянно нависала угроза поругания иноверцами-лютеранами. Это придало решимости архимандриту Тихвинского монастыря Макарию в 1685 году обратиться к российским самодержцам с прошением о перенесении мощей преподобных Сергия и Германа. Чувства архимандрита Макария были святы и бескорыстны, но перенос мощей угрожал Валааму навсегда остаться жилищем мирских людей. С разрушением духовного основания обитель могла уйти в историю и не восстановиться. По молитвам преподобных Сергия и Германа Господь уготовал ей другую судьбу.

Доклад о восстановлении Валаамского монастыря представил императору Петру I архимандрит Кирилло-Белозерского монастыря Иринарх. В 1715 году последовал указ императора о возобновлении монастыря. Строительство монастыря было разрешено на только что отвоеванной территории, когда еще не был подписан мирный договор (Ништадтский договор 1721 года). Это могло совершиться только по прямому указанию самого Петра I.

Чтобы осуществить восстановительные работы, архимандрит Иринарх стал рассылать письма, в которых приглашал доброхотных дателей к посильным пожертвованиям. В марте месяце 1717 года на Валаам из Кириллова монастыря была прислана церковная утварь: крест серебряный позолоченный, ризы крашенинные, а также хлебные припасы и разные хозяйственные орудия. Началось возрождение обители. Первым строителем был инок Александр (Рябининский). Преемниками его в монастырских записках упоминаются иеромонах Савва в 1720 году и иеромонах Тихон в 1721 году.

Уже в самом начале 1719 года построили деревянную церковь Преображения Господня с приделами во имя святых апостолов Андрея Первозванного и Иоанна Богослова. Новопостроенную церковь освятил архимандрит Иринарх. Монастырские записи свидетельствуют, что он был на Валааме 13 марта 1719 года и совершил здесь постриг в монахи Исидора Шарова с именем Иосиф, ставшего впоследствии строителем Валаамского монастыря. В 1720 году монастырь, приписанный сначала к Кирилло-Белозерской обители, получил самостоятельность.

5 марта 1786 года, по повелению государыни императрицы Екатерины II, Валаамский монастырь включили в число штатных 3-го класса с игуменским настоятельством.

В 1789 году была освящена во имя преподобных отцов Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, нижняя церковь собора; в 1793 году церковь во имя святителя и чудотворца Николая; в 1794 году Преображенский собор и его придел во имя святых апостолов Петра и Павла, и в 1796 году, по перестройке, храм Успения Пресвятой Богородицы. В 1793 году, по высочайшему повелению, в монастыре учредили епархиальную больницу на пять человек персонала. Митрополит Гавриил активно содействовал внешнему устройству монастыря. Помогая из своих личных средств, привлекая благотворителей, он просил молитв за себя и за них.

С началом управления отца Назария связывают и внутреннее возрождение обители. Исполняя волю архипастыря, отец Назарий ввел в Валаамском монастыре общежительный устав Саровской пустыни.

2 апреля 1822 года монастырь был возведен в первый класс, при условии, что он сохранит общежительные правила, а настоятели, избираемые из числа Валаамской братии (это правило было утверждено указом консистории еще в 1813 году), всегда будут игуменами.

Паломники из России посещали Валаам только летом, тогда как бедные жители окрестных берегов Ладожского озера – круглый год. Число таких посетителей доходило до семи-восьми тысяч. Под монастырской горой был выстроен каменный странноприимный дом. Монастырь принимал паломников по-отечески: кормил, снабжал хлебом, семенами для посева, сеном, овощами, помогал деньгами. Глубокой зимой, не имея даже обуви и теплой одежды, они отправлялись по озеру до Валаама с целью пожить несколько дней на монастырском продовольствии и получить подаяние на дорогу. Так как в округе часто не было врача и у местного населения не находилось средств для лечения, монастырь оказывал и медицинскую помощь.

Знаменательным событием для монастыря стало посещение его императором Александром I. В 1819 году Александр I отправился в путешествие по северным землям, намереваясь побывать и в древней Валаамской обители. При этом от имени Государя в монастыре было получено распоряжение при встрече царственного паломника «никаких церемоний не делать, а принять как благочестивого путешественника». 10 августа на судне, вышедшем из Сердоболя, император Александр I прибыл в монастырь. Гость первым делом отправился в собор, где приложился к иконам, после этого испросил благословение у игумена и всех иеромонахов, целуя у всех руку, но своей никому не давая, а остальной братии поклонился. Пораженные таким смирением, монахи поклонились до земли, но Его Высочество просил «не кланяться ему поклонением в землю, подобающим лишь Богу».

Слава о благоустроенности обители стала распространяться не только по православной России, но и за ее пределами. Сюда приезжали даже из афонских монастырей. По внутренней духовной организации и устроению многие отдавали предпочтение Валаамской обители перед монастырями Афонской горы.

К 1811 году в Валаамской обители деревянных зданий уже не было, строительство велось из кирпича. Монастырская усадьба представляла собой:

1. Соборную двухэтажную церковь о пяти главах, крытую железом, внутри украшенную великолепным и богатым иконостасом, с деревянными крестами, обитыми жестью. В верхнем этаже – храм во имя Преображения Господня, а в нижнем храм во имя преподобных Сергия и Германа, где почивают под спудом их святые мощи.

2. Церковь во имя Успения Божией Матери.

3. Церковь во имя апостолов Петра и Павла, над святыми вратами.

4. Церковь во имя святителя Николая Чудотворца, в северо-восточном углу.

5. Колокольню при соборной церкви.

6. Братские двухэтажные кельи по южной стороне от Никольской церкви, по западной настоятельские, по северной кухню и трапезу, по восточной монастырские службы.

7. Здание поблизости от служб, обнесенное каменной оградой, в которой по правую сторону церкви апостолов Петра и Павла братские, а по левую гостиные кельи, от юго-западного угла больницу, а от северо-западного угла – три двухэтажных флигеля гостиных комнат.