Такие же теракты совершались и в Литве. В июле 1945 года в Паневежеском уезде был убит 21 советский активист. Только в Тракайском уезде было убито 2 председателя местных Советов и 5 секретарей волостных исполкомов.

Особый размах террористическая активность банд приобрела во время избирательной кампании в Верховный Совет СССР. С 1 декабря 1945 года по 11 февраля года в Литве было убито 362 человека, в том числе 2 члена окружных избирательных комиссий, 5 председателей и 11 членов участковых избирательных комиссий. Хотя в выборах приняло участие 91,6 % избирателей, в ряде уездов Литвы (Алитусском, Ладзийском, Кретингском) значительная часть сельских избирателей оказалась запуганной террористами и не явилась на выборы 10 февраля 1946 года.

В 1946–1947 годах истребительные батальоны МВД Латвии ликвидировали 15 банд. Было арестовано 300 бандитов. Добровольно сложили оружие в 1945–1947 годах около 1500 бандитов. Однако, несмотря на принятые Советской властью меры, бандитское движение не было разгромлено. В Латгалии кзендз Юхневич возглавил банду «Союз латышских партизан — защитников родины». Бандиты срывали заготовки хлеба и леса. Так, в ночь на 7 ноября 1946 года в Швеэжерской и Вейсеяйской волостях Ладзийского уезда националисты зверски убили 28 семей крестьян-бедняков за то, что они первыми выполнили план заготовок.

Бандитское движение активизировалось по мере развертывания коллективизации в Прибалтике. Вплоть до 1946 года 90 % всех посевных площадей Латвии находилось в руках индивидуальных крестьянских хозяйств, а к концу 1950 года коллективизацией было охвачено свыше 90 % крестьянских хозяйств. В Эстонии был создан первый в послевоенное время колхоз, а к концу 1950 года 93 % крестьянских хозяйств (118,6 тысячи) было объединено в 2213 колхозов. В Латвии в начале 1948 года имелось всего 20 колхозов с общим числом подворий — 296. На долю этих колхозов приходилось 0,07 % всех крестьянских хозяйств. К началу 1950 года колхозов стало уже 6032. Они объединяли 229 390 крестьянских хозяйств, что составляло 62,4 % от их общего числа.

Однако быстрое проведение коллективизации не означало, что ей не оказывалось упорного сопротивления, особенно со стороны бывших богатых крестьян. В «Истории Латвийской ССР» признавалось: «Колхозное движение в Латвийской ССР встретило упорное сопротивление со стороны кулаков и других буржуазно-националистических элементов… Занимались организацией вредительства, саботажа, поджогов колхозного имущества, поддерживали деятельность бандитских и других преступных элементов, которые терроризировали колхозных активистов, советских и партийных работников, совершали убийства и другие враждебные акты. Враги колхозного движения пытались дискредитировать колхозный строй, разбазаривать колхозное имущество, вредить колхозникам, нарушать Устав сельскохозяйственной артели. Вся эта деятельность классовых врагов явилась причиной того, что Советская власть была вынуждена изолировать часть кулаков и другие враждебные элементы».

По сведениям, приводимым Мисиунасом и Таагеперой, к весне 1949 года из Эстонии было депортировано около 60 тысяч «раскулаченных», 50 тысяч — из Латвии, 150 тысяч — из Литвы. Ссылаясь на статистические данные из документов МГБ СССР, М.Ю. Крысин доказал ошибочность этих сведений. На самом деле было выслано 83 тысячи литовцев, 42 тысячи латышей и 20 тысяч эстонцев.

Между тем террор бандформирований продолжался. В 1948 году в Литве были убиты депутат Верховного Совета Литвы П. Янкуте, секретарь Ладзийского уездного комитета КП(б) Т. Кулакаускас, секретарь Мариямпольского укома И. Лаукайтите, политический работник Меркинской МТС М. Полторацкий, заместитель министра сельского хозяйства Литвы Т. Тричюс, тысячи коммунистов, комсомольцев, сельских активистов, а также рядовых граждан Литвы.

Чтобы подавить активность «лесовиков» и других, в республике было создано более 300 отрядов народных защитников, в которые входило около 7 тысяч человек. Кроме того, на селе было создано около 600 вооруженных групп самозащиты.

Таким образом, Прибалтика вновь стала ареной столкновения сил революции и контрреволюции. Вновь острая борьба между сторонниками Советской власти и ее противниками перерастала в вооруженную. В то же время, как и прежде, внутренняя борьба в трех прибалтийских республиках была тесно связана с международными процессами.

Прочность договоренностей, достигнутых в Тегеране, Ялте и Потсдаме по западной границе СССР, стала подвергаться испытанию вскоре после окончания Второй мировой войны. Правда, первые разногласия между СССР и западными странами по вопросам, относящимся к Прибалтике, возникли не с участниками антигитлеровской коалиции, а с Швецией, соблюдавшей нейтралитет в годы мировой войны. Спор возник по вопросу о выдаче Советскому Союзу гитлеровских военных преступников, творивших злодеяния на советской территории.

В Швеции было интернировано немало выходцев из Прибалтики, служивших в немецко-фашистских войсках. В шведской печати сообщалось, что правительство готово передать СССР явных «фашистов», но не тех, кто был «насильно мобилизован в немецкие войска СС». Сообщалось, что Швеция готова отправить последних в Австралию или Новую Зеландию.

В донесении разведки из Стокгольма от 25 декабря 1945 года говорилось: «Когда 16 июня тогдашнее шведское правительство заключило соглашение с Советским Союзом, тогда против этого никто не протестовал. Но когда должна была начаться в ноябре перевозка, разразилась буря протеста, какой в Швеции еще никогда не было. Реакционной шведской оппозицией и гражданскими прибалтийскими беженцами в Швеции интернированные прибалты натравливались на то, чтобы любым способом защитить себя от отправки, они начали голодовку, стали наносить себе увечья (многие сломали себе руки и ноги), пока не ослабли до того, что перевозка была объявлена врагами невозможной». Правда, в сообщении утверждалось, что «перевозка произойдет позже, так как ничто не указывает на то, что шведское правительство хотело бы порвать договор с русскими».

В сообщении указывалось, что, наряду с политически наивными людьми, к кампании против передачи этих лиц Советскому Союзу «примазалась огромная шайка активных нацистов Швеции, все симпатизирующие нацистам, ненавидящие русских и реакционеры — целая банда, приведенная в движение и направленная прибалтийскими националистами и фашистами».

В справке НКГБ, составленной в декабре 1945 года, приводились примеры продолжавшейся материальной помощи правительства Швеции эмигрантским организациям. Обращалось внимание на то, что «шведские газеты охотно публикуют антисоветскую клевету, сочиняемую прибалтийскими эмигрантами, издают их книги… Шведское правительство допускало антисоветские публичные выступления прибалтийских эмигрантов на различных собраниях и митингах».

Обращалось внимание на то, что «шведские военные и гражданские власти помогали прибалтийским эмигрантам поддерживать контакт с прибалтийскими советскими республиками для проведения там подпольной антисоветской деятельности. С ведома шведского Генерального штаба между прибалтийскими эмигрантами в Швеции и Прибалтикой была установлена даже нелегальная радиосвязь».