В конце 1946 года министр внутренних дел Круглов С.Н. и его заместитель Завенягин А.П. доложили Сталину И.В. и Берия Л.П., что для формирования работ по продуктам атомного распада дополнительно привлечены находившиеся в лагерях специалисты-заключённые Вознесенский С.А., Тимофеев-Ресовский Н.В., Царапкин С.Р., Фишман Я.М., Кирьян Б.В., Попов И.Ф., Ткачёв А.С., Горюнов А.А., Башилов И.Я. и другие. Так, радиобиологический отдел института (затем лаборатории) «Б» возглавил Тимофеев-Ресовский Н.В., под руководством которого стали работать около 30 немецких специалистов. Как вспоминал чуть не погибший в лагерях от истощения и болезней советский ученый-узник, на базе санатория в Сунгуле для работы были созданы комфортные условия. По карточкам ведущие научные сотрудники ежедневно получали килограмм мяса, полкило рыбы, 125 грамм сливочного масла, пол-литра сметаны, сливки, шоколад, крупы. Зарплата, по сравнению с другими специалистами, была гораздо выше — от 4 до 6,5 тысячи рублей. Правда, профессору Н. Рилю платили 14 тысяч рублей, то есть больше, чем получал начальник ПГУ. А в расположенных рядом населенных пунктах на рабочую карточку выдавали лишь 450 граммов хлеба.

22 июня 1946 года (интересно, в день пятилетия с начала войны) министр внутренних дел Круглов С.Н. доложил Сталину И.В., что в лагерях для военнопленных МВД выявлено до 1600 высококвалифицированных немецких специалистов, из которых 111 являлись докторами физико‑математических, химических и технических наук. Думаю, нападая на СССР, А. Гитлер такого не ожидал. «По отзывам Академии наук СССР, ряда научно-исследовательских институтов и хозяйственных министерств, — сообщил далее Круглов С.Н., — среди выявленных специалистов имеются крупные учёные, а также видные производственные и технические руководители известных германских фирм». На этой докладной записке Берия Л.П. поставил резолюцию: «Товарищам Первухину (созыв), Махневу, Завенягину. Вместе с тов. Кругловым представьте свои предложения о возможности использования немецких специалистов для выполнения заданий по Первому Главному управлению. 11.9.46». Во исполнение этого указания было отобрано 208 военнопленных, из них на объекты 9‑го управления МВД СССР направили 190 специалистов, в том числе в Институты «А» и «Г» — 93 человека, в Лабораторию «В» — 41 человека, в Институт «Б» — 37 человек, в группу профессора Доппеля — 19 человек. Остальных 18 отобранных специалистов распределили по другим министерствам [51].

Однако в соответствии с постановлением Совмина от 2 августа 1948 года 9-е управление МВД, курировавшее немецкий контингент, вместе со всеми его спецучреждениями было передано в ведение Первого Главного управления при СМ СССР. После того, как впервые была испытана советская атомная бомба, работа немецких учёных и специалистов стала постепенно сворачиваться, и в начале пятидесятых годов они начали выезжать в Германскую Демократическую Республику.

Одной из наиболее ёмких работ, в которой непосредственно участвовало МВД, явилось строительство объектов атомной промышленности. Некогда существовавшая высокая секретность материалов, связанных с этим вопросом, позволяет нам теперь привести лишь достаточно разрозненные сведения, опубликованные в открытой печати.

В программе атомного проекта особое место занимал Ногинский завод № 12, на котором предстояло наладить производство металлического урана (А-9). 10 октября 1945 года Спецкомитет утвердил комплекс основных мероприятий по перестройке завода, выпускавшего раньше боеприпасы. Постановлением СНК СССР основным исполнителем работ назначили Главпромстрой НКВД, начальником которого являлся Комаровский А.Н. По намеченным планам к 1 июля 1946 года следовало ввести в строй первую очередь завода по производству 100 тонн металлического урана в год, а вторую очередь с вдвое большим производством — к 1 июля 1947 года. Хотя для выполнения поставленной задачи были мобилизованы огромные ресурсы, новизна этого дела вносила существенные поправки. К концу мая 1946 года ситуация оказалась близкой к критической, и Берия Л.П. было доложено, что программа выпуска А-9 находится под угрозой срыва. В качестве основной причины создавшегося положения было указано на задержку строительства производственных цехов и лабораторий по вине Главпромстроя Министерства внутренних дел СССР, хотя работы велись, что называется, «с колёс» — не по рабочим чертежам, а по эскизам и указаниям проектировщиков. Кроме того, было ясно, что для возведения такого важного предприятия не хватало значительного количества специалистов и квалифицированных рабочих. К счастью, обошлось без оргвыводов, но Берия Л.П. дал указание начальнику ПГУ Ванникову Б.Л. принять «срочные меры». В конце концов, все вопросы технологии решили и производство наладили. Намечавшийся прорыв удалось преодолеть за счёт трофейных запасов урана, вывезенных из Германии [51].

После долгих поисков были выбраны площадки для строительства заводов-первенцев № 817 и 813. Завод № 817 (с конца 1947 года — Комбинат № 817, затем комбинат «Маяк»), представлявший собой комплекс сооружений первого промышленного уран-графитового реактора для производства плутония, имел адресную привязку Челябинск-40 и находился в 16 километрах к востоку от города Кыштым, на южном берегу озера Кызыл-Таш. Завод № 813 являлся предприятием по производству урана-235 газодиффузионным методом и находился в 80 километрах от города Свердловска (ныне Екатеринбурга). Постановлением от 21 декабря 1945 года Совнарком обязал ПГУ и Главпромстрой НКВД немедленно приступить к строительству «объектов № 817 и 813». В качестве строительной организации первого объекта был определён Челябметаллургстрой НКВД, которому поставили задачу завершить работу во втором квартале 1947 года. Следующий объект поручили Тагилстрою НКВД со сроком ввода в строй в сентябре 1946 года. Но в отведенное время уложиться не удалось, поскольку, например, в апреле 1946 года был готов ещё только котлован под первый промышленный реактор. Правда, размеры его оказались внушительными: глубина 54 метра, диаметр на поверхности 110 метров. Но до готового уран-графитового котла было ещё далеко, да к тому же постоянно шли многочисленные переделки по вине проектировщиков, что приводило к неувязкам с рабочей силой и материалами. Спецкомитет не раз рассматривал на своих заседаниях ход строительства заводов. 9 апреля 1946 года постановлением Совмина ввод в строй первоочередных объектов завода № 817 перенесли на 1 июля 1947 года, а последующих — на 1 сентября того же года. К этому же времени должен был поспеть и завод № 813, на строительстве которого работало до сорока тысяч человек. Летом 1947 года после командирования на объект № 817 комиссии в составе Завенягина А.П., Курчатова И.В., Комаровского А.Н. и других специалистов для проверки состояния дел и с целью принятия мер, обеспечивавших нужный темп строительно‑монтажных работ, было заменено руководство строительства, что дало определённый эффект. В итоге на полную проектную мощность первый промышленный реактор был выведен 19 июня 1948 года, и на нём началась наработка оружейного плутония [85].

Как известно, первая атомная бомба создавалась в КБ-11. 14 декабря 1945 года Спецкомитет при СНК СССР принял предложение Ванникова Б.Л., Завенягина А.П., Курчатова И.В., Харитона Ю.Б. и Алиханова А.И. об организации КБ-5 (первоначальное наименование будущего КБ-11) и поручил группе исполнителей определить место его расположения. Учитывая указание Сталина И.В. о том, что этот объект должен быть расположен «в уединенном месте, вдали от больших трасс и дорог, но не далее 400 километров от Москвы», в январе 1946 года вождю доложили следующее мнение: «Учитывая особую секретность работ, решено организовать для конструирования атомной бомбы специальное конструкторское бюро с необходимыми лабораториями и экспериментальными мастерскими в удаленном, изолированном месте». В качестве базы для размещения этого КБ наметили в Мордовской АССР завод боеприпасов № 550 Наркомсельмаша, который находился в бывшем Саровском монастыре, расположенном в 75 километрах от железнодорожной станции Шатки, юго-восточнее города Арзамаса. Это место было привлекательно тем, что кругом находились лесные заповедники, что позволяло «организовать надёжную изоляцию работ». Официальной датой создания нового атомного центра, имевшего адресную привязку Арзамас-16, считается 9 апреля 1946 года, когда было принято постановление Совета Министров СССР, утвердившее руководство конструкторского бюро и его дислокацию. Выполнение строительно‑монтажных работ по КБ-11 Совмин поручил Министерству внутренних дел. Конкретным подрядчиком стало Стройуправление № 880 Главпромстроя МВД. Работы первой очереди предстояло выполнить к 1 октября 1946 года, второй (полный объём) — к 1 мая 1947 года. Правительственным постановлением предусматривалось всё, вплоть до увеличенных окладов и спецпитания. Впоследствии вопросы КБ-11 неоднократно рассматривались на правительственном уровне, при этом речь шла как о научно-технических и производственных вопросах, так и о переносе сроков строительства. В постановлении от 8 апреля 1948 года Совмин объективно признал, что намеченные планы не выполнены в связи с «новизной и непредвиденными научными и техническими трудностями создания РДС («Ракетный двигатель Сталина» — так условно именовалась атомная бомба) и отчасти с задержкой Конструкторским бюро подбора кадров, развертывания работ и задержкой строительства для КБ-11 необходимых зданий и сооружений». Только 8 апреля 1948 года руководство КБ-11 информировало высшее руководство страны о решении всех теоретических, конструкторских и технических задач по РДС-1 [85].