Когда началась война с нацистской Германией, Берзарин являлся командующим 27-ой армии. В результате спецопераций в руки командарма попадали различные разведданные. И однажды ему пришлось ознакомиться с вражеским материалом, который напомнил о Сибири и своебразно описывал его сослуживцев-сибиряков. Материал принадлежал подполковнику Ликфельду, историографу, который сопровождал на фронте нацистские военные части. Обобщённо называя всех русских «жителями Востока», вот что, в частности, Ликфельд написал про сибиряков: «Житель Востока многим отличается от жителя Запада, он лучше переносит лишения. Русский, проживающий за Уралом, называет себя «сибиряк». Особенность сибиряка та, что он не боится холода – ему не в диковинку зимы, когда температура падает до минус сорок пять по Цельсию. Живущий за Уралом человек, ещё выносливее, ещё сильнее и обладает значительно большей сопротивляемостью, чем его европейский соотечественник. Для нас, привыкших к небольшим территориям, расстояния на Востоке кажутся бесконечными, а ландшафт и рельеф – сложными для строительства. Но сибиряки мастерски и очень быстро строят фортификационные сооружения и оборонительные позиции. Женщины работают так же, как мужчины. В бою сибиряк предпочитает рукопашную схватку. Его физические потребности невелики, но способность, не жалуясь, выносить лишения вызывает истинное удивление».

В марте сорок третьего года Берзарин был тяжело ранен. Объезжая свои командно-наблюдательные пункты во время боя, он попал под авиабомбардировку, и в зоне взрыва получил осколочное раздробление бедра. От адской боли и кровопотери он потерял сознание, без сознания и был вынесен с огневой линии.

Целых пять месяцев ушло на выздоровление, да и потом ещё некоторое время командарм ходил с тростью. После госпиталя он был доставлен на поправку в тыл. А именно в Узбекистан, куда эвакуировали его близких. Когда после отдыха в кругу семьи Николай Эрастович собирался вновь на фронт, старшая дочь, Лариса, преподнесла ему сюрприз, которого он совершенно не ожидал: «Папа, я поеду с тобой на фронт. Плохо тебе станет, я приду на помощь». Так и вышло: закончившая десятилетку дочь командарма отправилась с отцом и служила медсестрой в Полевом хирургическом корпусе № 4166.

Когда Берзарин вернулся на фронт, его назначили командующим 5-ой ударной армии. Слово «ударной» означало – ответственной за крупномасштабные наступательные операции. Пятой армией было осуществлено несколько таких операций: Ясско-Кишинёвская, во время которой был освобождён Кишинёв. Висло-Одерская, когда, вытеснив фашистов, русские закрепились на территории, исключительно важной для последующего наступления. И Берлинская – операция, которой русские поставили точку в войне.

Вполне понятно, что во время военных действий периодически могут происходить различные непредсказуемые и экстремальные казусы. Но то, что происходило в боях возле города Демянска, многие считали чудом. Говорят, что в своём доме и стены помогают. Что это: всего лишь слова? Нет, казалось, что сама природа помогала выдавить врага с родной земли. Немецкий военачальник Вальтер фон Зейдлиц, выживший в войне, после неё в своих воспоминаниях писал: «В лагере военнопленных мне часто снился Демянск, где в основном нам противостояли военные соединения Берзарина. Он, конечно, великий мастер атаки на широком фронте. Как ему это удавалось? Но странно, что не об этом я спросил бы его, если б мы встретились. Около Демянска у меня имелись все данные для победы. Но почему-то всё разваливалось в последние часы перед боем. В потусторонние силы я не верю. Однако в этом проклятом месте что-то решительно восставало против меня. На маршах у офицеров отшибало память, они теряли ориентировку и водили свои подразделения по кругу. Офицеры, унтера, солдаты жаловались на слуховые и зрительные галлюцинации. Вернувшись из России в Германию, я нашёл в научной литературе исследования о так называемых геопатогенных зонах. Возможно, там именно такая зона?» Присутствие неизученных аномалий в Демянске не исключается. Для России те новгородские земли исторически всегда было знаковыми, святыми; там начинается Волга, и место это упоминается – представьте себе! – даже в древних индийских рукописях. Его посещали индусские брахманы в поисках той точки земли, где «человеческая душа соприкасается с небом».

В штурме Берлина 5-й ударной армии под командованием Берзарина была поручена боевая задача особой важности: овладеть районом правительственных кварталов, расположенных в центре города, в том числе имперской канцелярией, где находилась ставка Гитлера. 24 апреля 1945 года маршал Жуков назначил генерала Берзарина комендантом Берлина и начальником берлинского гарнизона советских войск.

Берзарин застал Берлин в развалинах. Гражданское население голодало и болело. Несмотря на то, что немцы совершили в его стране невероятные преступления, советский командарм никогда не думал о мести и стал действовать не так, как многие ожидали. За период, когда Берзарин являлся комендантом, он буквально спас жизнь множеству берлинцев. В центре Берлина еще шли ожесточенные бои, а он уже организовал снабжение продовольствием на окраинах города.

27 апреля Берзарин издал приказ № 1 о принятии на себя всей административной и политической власти. Вскоре оставшиеся очаги фашистского сопротивления были ликвидированы. 9-го мая 1945-го года произошла капитуляция фашистской военной машины. Теперь требовалось создать в Германии политическую обстановку, исключающую повторное возникновение фашистской агрессии. И для Берзарина наступило время напряжённой административной работы по восстановлению разрушенного Берлина. Всё трудоспособное население Берлина было мобилизовано для нового строительства. Мирные немцы, уставшие от войны, горели желанием поскорее вернуться к нормальной жизни, а советский комендант осуществил эффективную организацию восстановительных работ. За короткий срок удалось добиться многого: уже к 30-му мая одиннадцать из двадцати одного берлинских районов были обеспечены электричеством, которого они были лишены по причине разрушения электростанций; с 1-го июня в берлинских школах возобновились занятия; 7-го июня началась реализация приказа Берзарина об увеличении выпечки хлеба на пятьдесят процентов. Берлинское метро, почти полностью разрушенное во время взятия города, имело пятьдесят семь станций. В правление Берзарина уже к концу мая (!) было восстановлено пятьдесят две (!) станции. Восстановительные работы Берзарин иногда инспектировал лично, и при этом он не раз восхищённо замечал: «Да, умение работать отличает немцев от всех прочих наций».

Успешно продвигающаяся работа дала коменданту Берзарину возможность 15-го июня 1945-го года провести международную пресс-конференцию о процессе восстановления.

В конце второй мировой войны и после неё русские и американцы постепенно раскрывали технологические тайны нацистов. На острове Узедом имелся научно-исследовательский центр, руководимый главным конструктором В.Брауном. Там был создан использованный фашистами во время войны комплекс ФАУ. Но многие виды вооружения немцы не успели доработать. Со временем стало известно, что нацисты в своих разработках были очень близки к созданию атомной бомбы. А некоторые виды вооружения долго оставались абсолютно неизвестными широкой публике. Такие, как, например, ветровая пушка, бывшая элементом комплекса Вундерваффе (Wunderwaffe). Ветровая пушка была предназначена для того, чтобы поражать цели противника мощной реактивной струёй сжатого воздуха, сравнимой по силе разрушительного воздействия со снарядом. Устройство это выглядело очень странно и необычно. На испытаниях такая пушка разрушала постройки на расстоянии трёх километров. Подобная пушка была установлена на одном из мостов через Эльбу. Но это произошло в самом конце войны, и нацисты с помощью данного оружия не успели сбить ни одного самолёта. Там же, на острове Узедом немцы маскировали в лесу огромные цистерны, в которых находилось РТ – ракетное топливо, основу которого составлял этиловый спирт. Обнаружив сей факт, русские ребята, охранявшие цистерны, вероятно, решили, что достаточно уже РТ послужило войне – пусть теперь послужит «мирным целям». И когда командарм Берзарин инспектировал базу, проезжая на машине, он увидел солдата, который шёл покачиваясь и пританцовывая, что никоим образом не предусматривалось уставом. Берзарин приказал остановить машину, пригласил солдата сесть вместе с ним, и начал упрекать. Но, оказавшись вблизи, командарм и солдат узнали друг друга – оказывается, они, вот так же случайно, уже встречались год назад на фронте! Спросив, что солдат употребил внутрь, и услышав в ответ, что это было ракетное топливо, командарм поразился: «Отравиться ж можно!» «Да ничего особенного, этот вид РТ годится для приёма. Ребята у нас закалённые, и если понемногу – постепенно желудок привыкает…» – стал оправдываться солдатик. Позже Берзарин говорил своим подчинённым офицерам: «Этих солдат понять можно – они в штыковую насмерть дрались, через болотное месиво орудия на себе тащили. Пережили немыслимое напряжение… Сейчас, чтоб «отойти» от такого да на радостях от победы, бывает, и выпьют, что попадёт». А тому знакомому солдату командарм на прощание сказал: «Ты знаешь размер своего сапога? – Знаю. – Вот так же, беря стакан, знай свою меру!» И отпустил. Без ругани и гауптвахты.