Предводительствовали в антитокугавской коалиции сильнейшие кланы: Тёсю и Сацума. Тёсю обращал взоры на север — Корею, Маньчжурию и Сибирь. Сацума — на юг, по направлению к Тайваню, южному Китаю, Ост-Индии и Юго-Восточной Азии.

Княжество Сацума, второе по размерам территории в Японии, находилось на южном гористом острове Кюсю. Его столицей был крупный портовый город Кагосима. Воины Сацума прославились как одни из самых свирепых и жестоких. Клан активно торговал с Китаем и Западом, не считаясь с запретами Эдо. Сацума действовали как самостоятельно, так и в контакте с китайскими пиратами, а также через своего вассала — правителя островов Рюкю. Главной «доходной статьей» нелегального бизнеса Сацума был тростниковый сахар. Глава клана Симадзу содержал сильную армию и импортировал современное оружие через обосновавшихся в Китае британцев и американцев. Симадзу залез в долги. Однако, когда пришло время возвращать их, отказался платить по счетам. Предъявить повторный счет не решился никто из кредиторов. Долги списали, а клан продолжал вооружаться.

Западную оконечность острова Хонсю, отделенного от Кюсю проливом Симоносеки, занимало княжество Тёсю со столицей Хаги. Тёсю, вдвое меньшее Сацума, обладало, однако, плодородными землями и потому не уступало ему ни в богатстве, ни в военной мощи. В XVI веке именно с территории Тёсю осуществлялась грабительская самурайская экспансия в Корею. Тёсю контролировал пролив, обложив данью проход торговых судов в Осаку через Внутреннее Японское море. Князь Мори ссужал деньги торговым гильдиям, крестьянским хозяйствам, самураям-вассалам. Клан Тёсю не торговал с заграницей, как Сацума, наоборот, он выступал за политику изоляционизма и выдворения с территории островов иноземцев, что послужило причиной постоянных конфликтов двух кланов.

В марте 1860 г. убили главного советника сёгуна. У ворот Сакурада, сёгунского дворца в Эдо (позже переименованного в Токио), двадцать самураев устроили засаду. Дождавшись выезда повозки главного советника из ворот, нападающие разоружили охрану, выволокли советника из повозки на снег и снесли несчастному голову. Убийство второго по значению после сёгуна человека явилось частью заговора клана Сацума по дестабилизации японской верхушки. Однако сёгун, подросток шестнадцати лет, сделал ответный ход, совершенно неожиданный для его противников. Сёгун отправился в Киото на встречу с императором Комэем, где выразил намерение изгнать иностранцев с Японских островов, согласовывать свои действия по реорганизации правительства с лидерами ведущих самурайских кланов и феодалами. Комэй, весьма пораженный и польщенный неожиданным визитом, в качестве ответного жеста предложил сёгуну в жены одну из своих сестер, дабы связать их семьи кровными узами. Альянс слабого императора и сёгуна, ненавидимого заговорщиками, застал последних врасплох. Император Комэй, сам того не сознавая, обрек себя на погибель. Комэя решили «пустить в расход», а трон предоставить его наследнику. Пришло время решительных действий.

В августе 1864 г. Тёсю ввел войска в Киото и встал лагерем у ворот Хамагури, императорского дворца, намереваясь «вызволить» императора Комэя «из рук коррупционеров» и «взять его под свою защиту», таким образом вынудив сёгуна пойти на уступки и «избавить» страну от иноземцев. Войска Тёсю пошли на приступ. Одиннадцатилетний наследный принц Муцухито впервые в жизни стал свидетелем настоящего боя, так отличавшегося от его игр с деревянными мечами. Пули с пронзительным свистом носились под низкими сводами дворца, тонкие стены павильонов не были для них преградой. В разгар боя наследный принц лишился чувств, но скорее от крайнего перевозбуждения, чем от страха. Восемнадцать дворцовых построек знатных аристократов, окружавших императорский сад, и 44 павильона провинциальных феодалов выгорели дотла. За дворцовой стеной в Киото разрушили огромное количество зданий, синтоистских и буддийских храмов, театров, не говоря уже о лачугах городской бедноты.

После провала операции Тёсю по захвату императора Сацума без промедления перешли на сторону альянса сёгун — император, вынудив тем самым клан Тёсю отойти к границам своего княжества. Сацума и Тёсю являлись смертельными врагами, поэтому Сацума пришлось временно отказаться от своих планов по свержению сёгуна. Сёгун, в качестве победителя, потребовал от князя Мори лично предстать пред его очи и покориться его воле, но Мори уклонился от такой незавидной для себя встречи. Юный сёгун стал готовиться к наступлению на владения Тёсю. Подготовка заняла несколько месяцев, в течение которых оба противника лихорадочно закупали вооружения западного образца.

Помимо немногочисленной гильдии иностранных торговцев, обосновавшихся в Нагасаки и находившихся под неусыпным наблюдением шпионов сёгуна, крупнейшим нелегальным поставщиком оружия в Японию был клан Сацума. Через посредников Тёсю удалось договориться с Сацума о поставке оружия (главным образом новейших скорострельных орудий) в обмен на рис и деньги. Западные торговцы в Шанхае поставляли Сацума оружие большими партиями. Более того, иностранцы также обучали самураев Тёсю правильному обращению с ним. В конце концов Тёсю и Сацума заключили временное перемирие и объединились против сёгуна. Придворная знать присоединилась к заговорщикам, рассчитывая на посты в будущем правительстве. К антисёгунской коалиции постепенно присоединялись все новые и новые силы. В конечном счете она объединила 23 клана, ведомые Сацума, Тёсю, Хидзэн и Тоса. После победы над сёгуном коалиция проживет очень недолго, но главная цель будет достигнута.

Вот выдержка из записки некоего самурая, участника заговора по свержению молодого сёгуна, британскому поверенному в делах, где говорится о происходивших тогда в стране событиях: «В наших провинциях до сих пор полным-полно глупцов и недоучек, в своем слабоумии продолжающих цепляться за отжившее. Они ничего не смыслят в современном западном мире с его прогрессом… они подобны лягушкам на колодезном дне. Но теперь даже они наконец начинают понимать… Глаза и уши этих глупцов наконец обращаются к окружающему их миру. Вопрос об открытии страны для иноземцев… назрел… и разногласий во взглядах по этому вопросу ничтожно мало».

Участь сёгуна была предрешена. Превосходно вооруженные армии кланов Тёсю и Сацума выдвинулись на укрепленные позиции близ Осаки и Киото. Когда в июне 1866 г. армия сёгуна выступила в карательный поход на Тёсю, ее окружили и разгромили. Молодой сёгун пал духом. Он так и не смог оправиться после поражения своей армии: в июле сёгуна не стало. Его вдова, сестра императора Комэя, обрила голову и ушла в буддийский монастырь.

Антисёгунской коалиции не удалось убедить императора Комэя в необходимости насильственного свержения сёгуна. В декабре 1866 г. в возрасте тридцати шести лет Комэй неожиданно заболел оспой и спустя две недели умер в мучениях. Весьма вероятно, императора убили придворные, после падения власти сёгуна поставившие на наследного принца, и зараженный вирусом носовой платок пришелся как нельзя кстати. Японские историографы называют имя Ивакуры Томоми как наиболее вероятного организатора убийства Комэя. Ивакура занял пост вице-президента Государственного совета, сформированного после смерти императора.

Муцухито исполнилось всего четырнадцать лет, когда умер его отец. Смертельно напуганный принц боялся принимать пищу и напитки, по дворцу ползли недобрые слухи: его жизнь висела на волоске. Внезапная кончина отца и царящая во дворце атмосфера страха и неминуемой опасности вызвали у Муцухито ночные кошмары. Дед Муцухито заметил однажды: «Внука преследуют таинственные видения… Каждую ночь ему является обезьянка и мучает его». Мать Муцухито признавалась: «В наш век, столь подверженный упадку и вырождению… дворец буквально кишит злыми духами, и [мы настолько] обеспокоены и напуганы, что я не могу решить, как нам достойно справиться с обрушившимися на нас бедами. Если [мой сын] не будет чрезвычайно прозорливым в своих поступках правителем, ему будет не по плечу решить внутренние и внешние проблемы… Молюсь за него, это все, что мне остается».