Первое антибольшевистское выступление в Николаевском уезде вспыхнуло в январе 1918 года на границе земель Уральского казачьего войска, в 120 километрах от Николаевска, в крупном селе Большая Глушица. Повстанцы под командованием офицеров и местной интеллигенции, сочувствовавшей эсерам, арестовали членов местного Совета, убили многих активистов. Вслед за этим отказались подчиняться советской власти. По поручению Ермощенко военком уезда Василий Чапаев направился туда с отрядом в 400 бойцов. Через двое суток на рассвете отряд атаковал Большую Глушицу с четырех сторон и после небольшой перестрелки занял село.

Чапаев не только восстановил советскую власть, но и основал во всех селах и деревнях по пути следования красногвардейские отряды и выдавал им оружие, отобранное у фронтовиков, выступивших против большевиков. Через десять дней после событий в Большой Глушице против большевиков выступили жители сел Березово и Сулак. Чапаев и его предшественник на посту военкома Бочкарев направились во главе отрядов туда.

В начале февраля против большевиков восстали жители Балакова, где жили родители Чапаева и его младший брат Григорий, бывший военкомом города. Днем 9 февраля на базарной площади собрались противники новой власти. Григорий Чапаев явился на площадь с группой красногвардейцев, и во время выступления перед манифестантами книготорговцы братья Николай и Иван Мушонковы стащили его с трибуны, один из них выстрелил в него в упор. Отец пытался спасти раненого сына, но ожесточившиеся противники большевиков закололи комиссара штыками. Как утверждает Евгения Чапаева, восставшие подняли умиравшего комиссара на штыки со словами: «Собаке — собачья смерть!»

10 февраля известие о восстании пришло в Николаевск. Для подавления беспорядков Совет народных комиссаров Николаевского уезда направил в Балаково отряд Красной гвардии во главе с Чапаевым. Однако сразу выполнить эту задачу ему не удалось: в ночь на 10 февраля в Березове повстанцы разгромили красногвардейский отряд Ильи Топоркова, направленный в село также для подавления восстания. Сам Топорков был взят в плен. Уточнив обстановку, Чапаев стремительно двинулся на Березово, и в ночь на 11 февраля отряд вышел к селу. На рассвете красногвардейцы внезапно атаковали Березово. Израненный и избитый командир Топорков был освобожден и погиб уже летом 1918 года под Уральском.

На следующий день Чапаев направился в Балаково. По дороге он объединил свои силы с отрядом Рязанцева, также отправленного в этот город для восстановления советской власти. 13 февраля объединенный отряд начал наступление с двух сторон — с восточной и южной окраин. С первыми орудийными выстрелами в городе началось вооруженное восстание местных рабочих. Но повстанцы не выдержали атаки, которая велась по всем правилам военного искусства, и отступили из города. Победа далась Чапаеву тяжелой ценой: после подавления мятежа ему пришлось хоронить младшего брата Григория.

Гибель брата ожесточила Василия Чапаева, он стал еще более непримирим по отношению к противнику по другую линию фронта, будь то чехи, самарские народоармейцы, уральские казаки или солдаты и офицеры адмирала Колчака. Борьба с любыми антибольшевистскими силами вне зависимости от их национальной и сословной принадлежности получила для нашего героя оттенок личной мести. И это ожесточение не могло не быть взаимным. Весь 1918 год чапаевцы и казаки не брали пленных. Оказавшегося в руках врага ждала смерть.

Но до жаркого и кровавого лета 1918-го было еще несколько месяцев, для тех мятежных времен — целая вечность. В конце февраля 1918 года антисоветское восстание вспыхнуло в селе Липовка и вскоре охватило всю Липовскую волость. Восставшие, которых назвали кулаками и контрреволюционерами, убили нескольких председателей советов и ревкомов, сами советы были распущены или переизбраны. 1 марта Совнарком Николаевского уезда издал приказ, объявивший район Липовки на военном положении. Вся власть в мятежной волости передавалась в руки военного комиссара Чапаева. Он получил полномочия арестовывать всех, кто отказывается подчиняться его требованиям, и передавать их уездным властям, а участников восстания — расстреливать на месте. Для подавления мятежа была мобилизована Красная гвардия Липовской волости. Литовское восстание было достаточно крупным, для его подавления и восстановления советской власти потребовалось десять дней и мобилизация всех вооруженных сил уезда.

Подавление крестьянских и городских волнений было прелюдией к длительной и жестокой гражданской войне в Поволжье и Приуралье, продолжавшейся вплоть до весны 1922 года, когда Красная армия и войска внутренней службы разгромили последнюю серьезную антибольшевистскую силу — повстанческую «Армию Правды» Василия Серова.

Чапаев готовил вооруженную силу для будущих боев. Со второй половины марта он занимался формированием 1-го Николаевского полка, используя вооружение, обмундирование и другое имущество расформированного 138-го запасного полка. Сам Чапаев утверждал впоследствии, что полк формировался из добровольцев на основании январского декрета Совнаркома РСФСР. Желающие вступить в полк, по его словам, приезжали в Николаевск сами, на собственных лошадях, готовые жертвовать жизнью и имуществом ради победы советской власти. Однако уездный военком приукрашивал действительность. В отличие от Красной гвардии, своего рода усиленной милиции, действовавшей в родных местах, служба в Красной армии предполагала, что ее боец может оказаться далеко от дома. Добровольцев, желавших воевать вне пределов своей волости или уезда, особенно среди недавно вернувшихся с фронта и из запасных полков солдат, было немного: все хотели забыть о войне и заняться личным хозяйством или перераспределением имущества. Уже 9 апреля 1918 года уездный Совнарком «ввиду нападения казаков» отдал распоряжение о мобилизации 470 человек в селе Сулак и городах Балаково и Баронск. Мобилизованные красноармейцы получали паек и жалованье. Обеспечивать семьи мобилизованных и помогать им в сельскохозяйственных работах должны были местные власти.

Более масштабная мобилизация понадобилась очень скоро из-за нараставшего конфликта между советской властью и Уральским казачьим войском. Уральское войско выделялось из других казачьих объединений своей демократичностью. Его атаманам и старшинам не удалось добиться привилегий, которыми пользовалась верхушка в других казачьих войсках. Основным источником существования казаков было не возделывание земли, а рыбная ловля. Кроме того, Уральское войско было самым бунтарским. За 200 лет, в 1670–1874 годах, на его территории произошло десять крупных восстаний, не считая мелких волнений. Местные казаки были активными участниками и ударной силой восстаний Степана Разина и Емельяна Пугачева. После подавления Пугачевского восстания войско за «бунташность» переименовали из Яицкого в Уральское. Кроме того, уральским казакам запретили нанимать иногородних и иметь собственную артиллерию.

Сопротивлявшиеся царскому самодержавию казаки не приняли и новую власть с ее стремлением к всеобщему имущественному и сословному равенству. До конца февраля на территории области сохранялось двоевластие: не признавшие большевистского переворота Войсковой съезд и Уральский совет действовали независимо друг от друга. В конце октября 1917 года съезд провозгласил автономию — вплоть до решения политических вопросов Учредительным собранием. 14 февраля 1918 года в Уральск прибыла делегация из Саратова во главе с Михаилом Усановым, которая потребовала объявить в области советскую власть. Войсковой съезд не мог выполнить эти условия из-за неизбежного бунта, но, не имея достаточных сил для противодействия Красной гвардии соседних губерний и областей, уральцы вели переговоры с большевиками, стремясь оттянуть военный конфликт. В начале марта 1918 года Войсковой съезд получил от председателя военно-революционного комитета в Оренбурге комиссара Самуила Цвиллинга ультиматум: в два дня признать советскую власть, разоружить и распустить казачьи полки. В случае невыполнения условий Цвиллинг грозил начать боевые действия: «Будут двинуты силы из Оренбурга и Саратова, и тогда ни один юнкер и офицер не останется в живых. Казакам предлагаем немедленно сдаться».