Попытки советской власти изъять оружие из эшелонов Чехословацкого корпуса вызвали мятежи во многих городах, через которые проходили поезда на восток. 18 мая чехи под командованием поступившего на службу в корпус русского подполковника Сергея Войцеховского заняли Челябинск. 25 мая легионеры под командованием капитана Эмиля Кадлеца заняли сибирский город Мариинск. В ночь на 26 мая в Новониколаевске (ныне — Новосибирск) чехи под командованием Радолы Гайды атаковали советский гарнизон. После этого нарком по военным делам Лев Троцкий отдал приказ о полном изъятии оружия у частей корпуса по всему пути их следования. 28 мая попытка разоружения крупной группы эшелонов под руководством Станислава Чечека в Пензе обернулась разгромом местных красногвардейцев и кратковременным свержением советской власти. После этого чехословацкие эшелоны двинулись дальше на восток — через Ртищево к Сызрани. Попытка красногвардейцев остановить чехов не удалась. Восстания чешских солдат нередко вспыхивали вскоре после выступлений местных антибольшевистских сил. Главной целью чехов был Владивосток, порт, откуда они должны были отправиться на Западный фронт. Однако чешские полки и батальоны не раз меняли направление, чтобы соединить разрозненные группы и эшелоны в единое целое. 8 июня 1918 года в результате совместного выступления офицерских дружин и чехов была свергнута советская власть в Самаре, где вскоре был образован Комитет членов Учредительного собрания (Комуч), с войсками которого Чапаеву не раз пришлось столкнуться на полях сражений летом и осенью 1918 года.

Гражданская война, в которой нашему герою предстояло сыграть выдающуюся роль, разгоралась.

Серия антибольшевистских восстаний в Поволжье и на Урале обострила ситуацию в обширном регионе, важном в промышленном и сельскохозяйственном отношении. Для советской власти было крайне важно вернуть (или удержать) богатые зерном аграрные районы и промышленные губернии Урала, где находились важнейшие военные предприятия страны. Важнейшей целью операций обеих сторон была также Волга, ключевая транспортная артерия, соединявшая центральные районы страны с Астраханью и через нее с находившимся еще под контролем Советов Северным Кавказом.

Добровольческий принцип формирования не позволил советскому руководству организовать массовую армию, ее численность к концу апреля не превышала двухсот тысяч человек. Этого было явно недостаточно для подавления антибольшевистских восстаний внутри страны и борьбы с Белым движением на ее окраинах. 29 мая ВЦИК принял постановление «О принудительном наборе в Рабоче-Крестьянскую Красную Армию», мобилизации подлежали рабочие и беднейшие крестьяне.

Активизация Гражданской войны сказалась и на положении на границе между Уральским войском и Саратовской губернией. В конце мая — начале июня между казаками и армией Саратовского совета разгорелись ожесточенные бои. До появления Красной армии в пределах Уральской области казаки воевать не хотели, ограничивались самообороной и говорили, что «за грань не пойдем». После апрельско-майской экспедиции Саратовской особой армии, конфискаций продовольствия и расстрелов ситуация изменилась. Уральские казаки нуждались в оружии и боеприпасах, после свержения советской власти в Самаре они направили туда отряд полковника Мартынова, который, захватив Иващенковский завод, привел 200 подвод с оружием и патронами.

Казаки пытались нащупать слабые места в обороне красных, угнать как можно больше скота, уничтожить посевы, чтобы затруднить снабжение армии противника. Красные, в свою очередь, стремились отстоять продовольствие и нанести максимальный ущерб неприятельской коннице. 6 июня красные заняли село Балаши, а 2-й Николаевский полк нанес поражение казакам у деревни Солянка. Владимир Дайнес отмечает, что уже в первых столкновениях с казаками Чапаев проявил себя как решительный и искусный командир, который умело пользуется маневром ограниченных сил, чтобы нанести поражение подвижному и легко уходящему из-под удара противнику. 9 июня штаб Саратовской армии сообщал в Москву: «2 Николаевский полк под командой т. Чапаева, двигаясь левее 1 полка на дер. Солянка, сбил на пути натиск казаков и, перейдя в контрнаступление, разбил казаков наголову, забрав у них свыше 300 голов рогатого скота и 200 лошадей». 28 мая, накануне боя, наш герой отправил записку своему соратнику Илье Топоркову: «Дайте немедленно помощи. Санталова отряд бежал в Любитское, окружен. Я с 200 людьми иду на выручку. Казаков много, число указать не могу. Порубежка в руках казаков». В донесении от 9 июня штаб армии указал со слов Чапаева, что потери казаков неисчислимы. Каковы они были на самом деле, мы можем только догадываться: свидетелей тех боев уже нет в живых. Документы уральских полков, сражавшихся с чапаевцами, не сохранились. Имеющиеся материалы Уральской армии не позволяют хотя бы примерно определить потери в первых боях. Документов частей Народной армии Комуча, воевавших на николаевском и саратовском направлениях, также мало, установить потери народоармейцев в этот период крайне сложно. Очевидцы тех боев с белой стороны отмечают, что они были невелики, а историк Сергей Балмасов утверждает, что ни один из уральских полков не был разбит красными в бою.

11 июня Чапаев выслал кавалерию 2-го полка с пулеметами на хутор Петров, где казаки захватили скот и пытались мобилизовать жителей в Уральскую армию. Противник бежал, бросив более ста голов скота, отобранного у хуторян.

Советское руководство стремилось укрепить войска, действовавшие на востоке России. 13 июня 1918 года председатель Совнаркома Владимир Ленин и нарком по военным делам Лев Троцкий подписали декрет о создании Революционного военного совета, который должен был управлять войсками на Урале и в Поволжье. Командующим Восточным фронтом был назначен левый эсер Михаил Муравьев, членами Реввоенсовета стали нарком путей сообщения Петр Кобозев и комиссар Георгий Благонравов. 20 июня из войск саратовско-уральского направления была сформирована Особая армия, командующим которой назначили бывшего офицера Александра Ржевского. В ее состав вошла и Армия Саратовского совета. Ржевский начал спешную реорганизацию вверенных ему войск из партизанских отрядов в регулярные части. Николаевские полки включили в бригаду Николаевских полков, насчитывавшую более трех тысяч штыков и сабель, 65 пулеметов, восемь орудий и бронемашину. Ее командиром назначили Василия Чапаева. Комбриг регулярно требовал укомплектовать свои части не только людьми, но и современной техникой: бронемашинами, автомобилями, аэропланом и мотоциклом. Стремление получить автомобиль или мотоцикл с коляской было продиктовано не соображениями престижа, а состоянием здоровья: как уже отмечалось, после ранений Чапаеву было трудно ездить верхом, а передвигаться в экипаже по территории, где регулярно появлялись казачьи разъезды, было небезопасно. «Стальной конь» требовался энергичному комдиву для быстрых перемещений вдоль фронта и поездок в штаб армии. Сначала Чапаеву выделили «паккард», но тот оказался слишком тяжелым для проселочных дорог, поэтому впоследствии его заменили на «форд». Рассказы соратников о несущемся в атаку «на лихом коне» начдиве и соответствующие кадры кинофильма — колоритный вымысел рассказчиков и следовавших за ними режиссеров.

Особая армия оказалась в сложном положении: ее командование, выполняя указания Москвы, готовило наступление на Уральск, одновременно красноармейцы помогали железнодорожникам восстанавливать разрушенные казаками пути. Группировка для нового наступления формировалась, хотя штаб Саратовской армии не имел достоверных сведений об обстановке в Самаре, а также в Сызрани, оставленной чехами, но вскоре занятой добровольческим отрядом подполковника Владимира Каппеля.