Взяв Белград и убедившись, что позиции его войск на линии фронта хорошо укреплены и обеспечены снабжением, а приготовления к военной кампании следующего года идут полным ходом, Фазыл Мустафа-паша вернулся в Стамбул. Военные действия с помощью местных войск продолжались всю зиму: в Боснии эффективно использовались мортиры, вывезенные из Белграда и других крепостей, на Адриатике была осаждена и взята крепость Книн, а венецианский флот подошел слишком поздно, чтобы оказать помощь защитникам Влёры.

После всех ужасов кампании 1689 года, когда некомпетентное командование Реджеп-паши стало причиной мятежа в войсках, победы, одержанные в ходе кампании 1690 года, были особо сладостны, и казалось вполне естественным приписать их человеку из клана Кёпрюлю, который в тот момент возглавлял правительство. Даже сосредоточив свое внимание на военных делах, Фазыл Мустафа-паша продолжал следить за проведением многочисленных реформ в системе управления империей. Некоторые из них были вызваны крайней необходимостью текущего момента, но другие проводились с дальним прицелом. Одним из первых действий, предпринятых им на посту великого визиря, была отмена налога на производство немусульманским населением вина и других спиртных напитков (таких как производимый из аниса арак), который был введен в 1688 году как средство изыскания наличных денег. Когда он служил губернатором провинции, расположенной на островах Эгейского моря, вдалеке от лихорадочной деятельности фронта, Фазыл Мустафа мог наблюдать за событиями с большей беспристрастностью, чем если бы он был высокопоставленным членом правительства и разделял бы свойственное людям такого положения стремление к соперничеству и кризисное мышление. Он видел, что налог на вино с поразительной точностью бьет по заработкам крестьян региона Эгейского моря, склоняя их к сотрудничеству с врагом. Теперь вместо того, чтобы добывать деньги с помощью налогов на производство вина, он попытался запретить его потребление с той целью, чтобы производимые внутри империи спиртные напитки пришлось бы экспортировать (и брать с них экспортную пошлину) и таким образом обеспечивать приток денег в казну. Производство табака было узаконено в 1646 году и к 90-м годам его выращивали во всех регионах империи, где только климатические условия позволяли это делать. В отличие от вина, налогом облагались и производство, и экспорт табака. Кофе, который через Египет пришел в империю из бывшей османской провинции Йемен, был еще одним товаром, потребление которого осуждалось, но который мог приносить доходы через таможенные сборы. Впервые налог на его импорт ввели при Сулеймане II, и чтобы обеспечить еще большие поступления в казну, был введен и налог на его продажу.

В добавление к спешно предпринятым мерам, направленным на удовлетворение самых неотложных потребностей кампании 1690 года, Фазыл Мустафа-паша энергично взялся за решение проблемы, с которой правительство Османской империи сталкивалось на протяжении всего XVII столетия — возвращение людей на земли, прежде оставленные ими как правило по причине войн или бандитизма. Правительство действовало решительно и в некоторых случаях все же пыталось силой заставить их вернуться в свои дома после сорока лет отсутствия. Безземельным крестьянам также предлагались стимулы заселить покинутые земли, но в результате такой политики правительство добилось лишь частичного успеха. Фазыл Мустафа сосредоточил свои силы на том, что, по его мнению, должно было стать более эффективными способами заселения этих земель. Для этого он собирался использовать две специфические группы населения: кочевые племена (которых государство всегда надеялось сделать оседлыми) и христиан, которые жили в империи.

Переселение племен, традиционно ведущих кочевой образ жизни, было неотъемлемой частью османских завоеваний раннего периода, но было надолго забыто, когда на смену непреодолимому стремлению к экспансии пришла необходимость перейти к защите своих завоеваний. Теперь, когда далеко от линии фронта «для сельского хозяйства, благодаря переселению [принудительному] кочевых племен, вновь открылись разоренные и бесхозные земли», Фазыл Мустафа решил вернуться к старой политике для того, чтобы удовлетворить возникшие потребности. Уже в начале 1691 года были разосланы приказы о постоянном заселении курдскими и туркменскими племенами земель Малой Азии и территорий, лежавших еще дальше к востоку. Эти племена издавна кочевали со своими стадами между долинами и горными пастбищами и благодаря своей сезонной миграции имели некоторый опыт оседлой жизни. Эти племена освобождались от чрезмерного налогообложения в том случае, если они отказывались от своего кочевого образа жизни и начинали заниматься восстановлением сельскохозяйственного потенциала того района, куда их распределяли, и только пастухи (а не все племя) сопровождали стада на летние пастбища. На протяжении следующих лет племена принудительно переселяли в такие места, как излучина Евфрата в районе Урфа-Харран, земли, лежавшие между Искендеруном и Аданой, а также между Анкарой и Токатом, в излучине реки Кызыл-ирмак и в районе между Испартой и Денизли в юго-западной Малой Азии. Некоторое количество племен центральной Анатолии, которых обвиняли в убийствах и фабежах, были перемещены на Кипр и в сирийскую Ракку, где на них полагались как на передовую линию обороны от набегов бедуинов. Османское государство не находило никакого применения бедуинам, считая, что они немногим лучше неверных, поскольку они нападали на караванные пути, и в особенности на тот из них, по которому совершалось паломничество в Мекку. Профамма переселения оказалась неудачной: сопротивление племен проявлялось в том, что они поднимали восстания, особенно заметным было восстание 1697 года. Земли становились безлюдными так же быстро, как и заселялись. И дело было не только в том, что постоянное местожительство становилось непереносимой пыткой для людей, привыкших к свободе и ритму сезонных мифаций, но в том, что скудоумие чиновников находило практическое применение. Так, в некоторых местностях, избранных для заселения племенами, климат оказался слишком суровым, водоснабжение недостаточным, а почва непригодной для того, чтобы весь год заниматься сельским хозяйством. Короче говоря, это был плохо продуманный план, который не достиг своих целей, а неудача, которой закончилось столь фубое вмешательство в жизнь племен, продемонстрировала прозорливость тех, кто еще в середине XVI века настойчиво предупреждал чиновников уважать традиционные права тех племен провинции Багдад, среди которых им было поручено провести опрос.

Переселение христианского населения, которое бежало из своих деревень, оказалось более простой задачей. Разрешение строить и ремонтировать церкви являлось безвозмездным даром со стороны властей, а один из предложенных Фазыл Мустафа-пашой стимулов к переселению стал быстрым и положительным ответом на соответствующие просьбы из Анатолии и Румелии. Это был не первый и не последний случай, когда османские власти проявляли снисходительность к желанию христиан империи заново отстраивать свои церкви. Хотя для того, чтобы прояснить этот ворос, нужны более глубокие исследования, но и сейчас ясно то, что подобные просьбы весьма часто удовлетворялись во время войны или мятежа, когда люди были вынуждены бежать ради сохранения собственной жизни. Правительство надеялось на то, что восстановление церквей поможет вернуть христианские общины на покинутые земли и вновь сделать сельское хозяйство продуктивным (а значит, и налогооблагаемым).