1897 – главное событие в литературной жизни Мережковского – выход книги его статей о литературе и культуре «Вечные спутники», а в личной – противостояние с А. Л. Волынским, которое постепенно приобретает откровенно уродливые формы. В июне-сентябре Мережковские живут в имении Шевино возле станции Преображенская (близ Сиверской). В июне их навещает там поэт Вл. В. Гиппиус, который восхищен трудоспособностью Мережковского: работа над «Леонардо да Винчи» идет полным ходом. Однако в сентябре в «Северном вестнике» появляется статья А. Л. Волынского «В поисках за Леонардо да Винчи». В октябре Мережковские возвращаются в Петербург. В середине октября З. Н. Гиппиус заболевает сильнейшим плевритом, и Мережковский решает ехать с ней за границу, но денег на путешествие нет. В ноябре на банкете в редакции «Северного вестника» Мережковский и З. Н. Гиппиус знакомятся с Максимом Горьким, хотя Мережковский уже исключен из списка сотрудников журнала и вынужден публиковать путевые заметки о прошлогоднем путешествии в журнале «Cosmopolis», куда их пристроил заведующий русским отделом этого международного издания Ф. Д. Батюшков. 27 декабря Мережковские принимают участие в вечере, посвященном 20-летию со дня смерти Н. А. Некрасова, в зале Кредитного общества; вечер имеет большой успех.

1898 – 27 января Мережковский и Волынский обмениваются крайне резкими письмами, после чего все отношения между ними расторгаются. 12 марта в «Новом времени» (№ 8275) публикуется анонимное письмо, в котором Волынский обвиняется в плагиате материалов Мережковского. В свою очередь, Волынский активно интригует против Мережковского и З. Н. Гиппиус, используя для этого все свои литературные связи. Из-за травли, развернутой Волынским, для Мережковского закрываются не только «Северный вестник», но и практически все толстые петербургские журналы. В марте Мережковские смогли, наконец, вырваться на две недели в Италию, в Таормину, где на вилле Рейф Гиппиус знакомится с композитором Елизаветой Овербек. Лето Мережковские проводят в имении Елизаветино. 18 октября умирает Я. П. Полонский (его похоронили в Рязани), а с его смертью уходят в прошлое и «пятницы». С другой стороны, после окончательного распада старых знакомств в этом году Мережковский формирует новый круг литературного общения. Он сходится с В. В. Розановым (с которым познакомился еще в апреле 1897-го) и группой С. П. Дягилева, создающей журнал «Мир искусства». Тогда же начинается сближение Мережковских с Д. В. Философовым, которого прочат на должность заведующего литературным отделом нового журнала. 8 декабря Мережковские впервые встретились с приехавшим в Петербург В. Я. Брюсовым, хотя их заочное знакомство состоялось еще в 1895 году. В декабре прекращает свое существование журнал «Северный вестник».

1899 – в начале года Мережковским нанесла визит дочь настоятеля парижской русской церкви З. Васильева, которая перевела на французский «Юлиана Отступника» и хлопотала о его публикации во французском издательстве. С выходом в январе первого номера «Мира искусства» (в этом и последующем номерах помещена статья Мережковского «Я. П. Полонский») был преодолен «издательский кризис», возникший после катастрофы с «Северным вестником». В этом же журнале опубликованы статьи о Пушкине (№ 5) и о греческой трагедии (№ 7, 8). Помимо того, в этом году переизданы «Вечные спутники» и «Философские течения в русской поэзии». 12 января состоялась премьера «Антигоны» Софокла в переводе Мережковского в МХТ. Правда, была и крупная неудача с журналом «Начало», в первых номерах которого появились главы «Леонардо да Винчи» (под заголовком «Возрождение») и который затем бесславно закрылся. Тем не менее роман удается пристроить к осени в журнал «Мир Божий» (он заполнит беллетристический раздел всех номеров журнала в грядущем 1900 году). Весной Мережковский с женой уезжает в Бад-Гомбург (курорт близ Франкфурта). Здесь приступает к работе над трактатом «Л. Толстой и Достоевский», который поначалу называл «статьей». Июнь-сентябрь Мережковские проводят в Орлине под Сиверской, где в начале сентября у них гостил Розанов с женой. В октябре в Орлине Мережковский впервые высказал идею «новой церкви». В 20-х числах октября Мережковские уезжают в Петербург, откуда в ноябре, совершенно больные, отправляются в длительное европейское турне. Через Вену, где Гиппиус сделали небольшую операцию (вскрытие простудного нарыва), они едут в Рим, куда прибывают в начале декабря. В это время Мережковский уже полностью захвачен вопросами религиозными, которые он пытается разрешить, работая над трактатом о Л. Толстом и Достоевском.

1900 – в январе в Литературно-артистическом театре А. С. Суворина состоялась премьера «Антигоны» Софокла в переводе Мережковского. Мережковский с женой живет за границей: сначала в Риме (до 16 января), затем в Таормине (до мая), затем во Флоренции (до июня). Июнь и июль Мережковские проводят в Германии, в Гомбурге. «Юлиан Отступник» печатается в парижском «Journal des Debates» (перевод на французский З. Васильевой). В этом же году роман выпущен во Франции отдельным изданием в переводе Ж. Сорреза. Все «заграничные» месяцы Мережковский захвачен работой над «Л. Толстым и Достоевским», регулярно посылает в Россию новые части (которые публикуются в № 1–4 и 7-12 «Мира искусства»). Вернувшись из-за границы в середине июля, Мережковские живут до 14 сентября с семьей Гиппиус на даче под Сиверской, затем переезжают «на зимние квартиры». После возвращения Мережковских из-за границы в Москве скончался их близкий знакомый князь А. И. Урусов, и Дмитрий Сергеевич помещает в «Мире искусства» некрологическую статью. Осенью-зимой на квартире у Мережковских проходит ряд «мистических собраний» по организации «неохристианской общины», причем к своему «религиозному братству» Мережковский пытается привлечь «мирискусников», однако всерьез к этой затее относится только Д. В. Философов.

1901 – год проходит «под знаком» «Л. Толстого и Достоевского» («Мир искусства», № 4-12). В то же время религиозные искания Мережковского, развивающиеся «параллельно» работе над трактатом, начинают приобретать «общественные» формы, особенно после нашумевшего доклада «Отношение Льва Толстого к христианству», прочитанного в Философском обществе при Петербургском университете 6 февраля. По стечению обстоятельств 23 февраля вышло «Определение Святейшего Синода за № 557 с посланием верным чадам Православной Греко-Российской Церкви о графе Льве Толстом», сообщающее о его отлучении от Церкви, и Мережковский теперь вынужден отстаивать «гражданскую непорочность» своих взглядов. В «Мире искусства» (№ 2, 3) появляется его «письмо в редакцию» «Отцы и дети русского либерализма». 29 марта (Великий Четверг) Мережковский, Гиппиус и Философов после совместной молитвы обменялись нательными крестами, «преломляли хлеб и пили вино»: так возникло «троебратство». В начале апреля в Петербург приезжает почитательница Мережковского Е. И. Образцова, и он неожиданно завязывает с «поклонницей» любовный роман, оправдывая свое «падение» теорией о «святости плоти». Вместе с Образцовой Мережковский и Гиппиус уезжают на несколько дней в Москву. В мае, оставив жену в Петербурге, Мережковский опять уезжает в Москву на три дня, чтобы проводить Образцову в Крым; оскорбленная Гиппиус хочет «уйти» и от Мережковского, и от Философова. Вернувшись из Москвы, Мережковский, примирившись с женой, уезжает с ней и свояченицами в Италию, а затем – в полюбившийся ему Гомбург. В июне Мережковские возвращаются в Петербург через Москву и, как обычно, проводят лето и начало осени на даче, на этот раз – в Луге. Сюда приезжает Д. В. Философов, увлеченный как «неохристианской» проповедью Мережковского и обетом «троебратства», так и обаянием Гиппиус. В «мужском союзе» «Мира искусства» такое поведение Философова расценивают как «измену», и с этого момента начинается конфликт Мережковских с редакцией журнала (с Дягилевым прежде всего). 1 и 2 сентября Гиппиус высказывает идею Религиозно-философских собраний, «ядром» которых должно стать «троебратство». В начале октября Мережковские уезжают из Луги в Петербург. 8 октября Мережковский получает разрешение на проведение собраний у обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева и у митрополита Петербургского Антония. 27 ноября Мережковский читает лекцию «Любовь и смерть у Льва Толстого» в Неофилологическом обществе. 29 ноября в Малом зале Географического общества на Фонтанке проходит первое Религиозно-философское собрание, имеющее сенсационный успех и общероссийский резонанс. 3 декабря в Литературном обществе Мережковский повторяет лекцию «Любовь и смерть у Льва Толстого». Всю осень и зиму Мережковские и Философов еженедельно встречаются для совместной молитвы. 5 декабря Мережковский предлагает Философову переехать в дом Мурузи и зажить «общиной». Вечером того же дня Мережковский и Гиппиус с «миссионерской» целью едут в Москву. 6 декабря они встречаются с московскими литераторами на квартире О. М. Соловьевой, где, в частности, знакомятся с Андреем Белым. 8 декабря в Московском университете Мережковский читает реферат «Русская культура и религия», вызвавший оживленные прения (выступили Н. В. Бугаев, В. И. Герье, С. Н. Трубецкой, Г. А. Рачинский). В конце года первый том «Л. Толстого и Достоевского» выходит отдельным изданием. В Лондоне и Нью-Йорке выходит английский перевод «Юлиана Отступника», сделанный Г. Тренчем. В Милане «Юлиан Отступник» и «Леонардо да Винчи» издаются на итальянском языке в переводе Н. Романовской.