1902 – 1 января Мережковские и Философов в доме Мурузи готовятся к намеченной на завтрашний день «агапе», которая должна знаменовать создание «неохристианской общины». Для этого события Гиппиус шьет «красные одежды» всем троим. 2 января Мережковский и Гиппиус, заготовив «хлебы и вино», напрасно ждут Философова: он проигнорировал «агапу». Утром 3 января Мережковский приходит к Философову на службу в Публичную библиотеку, однако тот отказывается дать какие-либо «объяснения». Вечером того же дня проходит Религиозно-философское собрание, на котором Мережковский читает реферат «Об отлучении Толстого»; Философов присутствует на этом собрании в компании Дягилева и «мирискусников». 5 января на вечере в доме Мурузи Розанов сообщает Мережковским, что Дягилев везет Философова за границу «лечиться». 6 января Философов присылает Мережковским записку: «Я выхожу из нашего союза не потому, что не верю в дело, а потому, что я лично не могу в этом участвовать». 11 января Философов и Дягилев уезжают из Петербурга. В этом году исполнилось 50 лет со дня смерти Н. В. Гоголя. Мережковский, откликаясь на знаменательную дату, работает над исследованием «Судьба Гоголя» и участвует в юбилейных мероприятиях. 17 февраля он читает в московском Историческом музее доклад о Гоголе, а вернувшись в Петербург, выступает с «гоголевской» лекцией в Тенишевском училище. В февральском номере «Мира искусства» (вышедшем только в апреле) завершается журнальная публикация «Л. Толстого и Достоевского». Вместе с ней прекращается и практическое сотрудничество Мережковских с журналом, прежде всего – из-за ревности Дягилева, стремившегося «отделить» от них Философова. Кроме того, в феврале скончалась А. А. Давыдова и для Мережковского окончательно закрылся и журнал «Мир Божий». Между тем 8 марта Мережковский завершает исследование «Судьба Гоголя», и вопрос о публикации заставляет его задуматься о собственном периодическом издании. В марте-апреле Мережковские и П. П. Перцов выступают с инициативой создания журнала для объединения «религиозной общественности». С помощью поэта К. К. Случевского и журналиста И. И. Колышко тогда же проходят переговоры с министром внутренних дел Д. С. Сипягиным, затем со сменившим его В. К. фон Плеве и с начальником Главного управления по делам печати Н. В. Шаховским; принципиальное согласие властей на издание журнала «Новый путь» получено. Начинанию способствовало и то, что всю первую половину года с огромным успехом проходят заседания Религиозно-философских собраний. 18 марта на десятом заседании Мережковский делает доклад «Гоголь и о. Матвей», вызвавший большой общественный резонанс. Обсуждение доклада тогда же состоялось и в резиденции петербургского митрополита Антония в Александро-Невской лавре, причем владыка с одобрением отозвался о «просветительской» миссии Мережковского среди отечественной интеллигенции. 26 марта Мережковским наносит визит А. А. Блок и скоро становится в их доме «своим». 29 марта Мережковский и Гиппиус отмечают годовщину возникновения «троебратства» вдвоем, поскольку отношения с Философовым разорваны («Тьма внешняя с нами», – пишет об этом дне Гиппиус). 13 апреля (Великий четверг) они молятся, поставив к столу третий пустой стул. В начале июня Мережковские переезжают на дачу в имение Заклинье под Лугой. 12 июня Мережковский и Гиппиус с группой православных миссионеров едут на Светлое озеро в г. Семенов, где участвуют в полемике с сектантами. Под впечатлением от этой поездки у Мережковского возникает замысел «русского» романа «Петр и Алексей». В начале и конце поездки их принимает ярославский губернатор Б. В. Штюрмер, у которого они, отправляясь в обратный путь, знакомятся с о. Иоанном Кронштадтским. 3 июля, накануне возвращения Мережковских в Петербург, П. П. Перцов получил официальное разрешение Главного управления по делам печати на издание журнала «Новый путь». С 6 июля по 24 сентября Мережковские живут в имении Заклинье и работают над проектом будущего издания. 14 июля к ним приезжает книгоиздатель М. В. Пирожков, взявший на себя заботы по организации редакции журнала (в августе он снимает помещение в доме на Невском проспекте, 88, где находятся его издательство и книжная лавка). В эти месяцы Мережковские встречаются с П. П. Перцовым, А. А. Блоком, П. С. Соловьевой, издателем А. Е. Колпинским, пайщицей журнала В. А. Субботиной. В конце июля – начале августа в Заклинье из Москвы приезжает Е. И. Образцова, также пожелавшая стать пайщицей «Нового пути», однако подлинная цель ее визита – «романтическая», и, в конце концов, она со скандалом изгнана Гиппиус. В начале сентября на даче Мережковских навещает режиссер Ю. Э. Озаровский, которому поручена постановка трагедии Еврипида «Ипполит». 14 октября на сцене Александринского театра проходит премьера «Ипполита» в переводе Мережковского, а сам переводчик произносит вступительную речь «Новое значение старой трагедии», которая на следующий день выходит в газете «Новое время». Этой премьере способствовал искавший пути примирения с Мережковскими Дягилев (директор театра С. Волконский был его другом). В ноябре выходит первый номер «Нового пути». В декабре против Мережковского в прессе выступает архимандрит Михаил, однако затем он неожиданно переходит на сторону оппонента. Тем не менее резкая критика Религиозно-философских собраний нарастает. В этом году Мережковский издает отдельными книгами «Юлиана Отступника», «Леонардо да Винчи» (в издательстве М. В. Пирожкова – как первые две части трилогии «Христос и Антихрист»), все переводы греческих трагедий и сборник новелл «Любовь сильнее смерти». В Париже выходит «Леонардо да Винчи» на французском языке в переводе С. М. Пермского.

1903 – в первых трех номерах «Нового пути» публикуется «Судьба Гоголя». Помимо того, наличие «своего» журнала позволяет Мережковскому опубликовать «крамольный» реферат «Толстой и Русская Церковь» (№ 2). Выходит отдельное издание второго тома «Л. Толстого и Достоевского» и переиздается первый том. В этом же году трактат «Л. Толстой и Достоевский» издается и во Франции (перевод М. Э. Прозора). Мережковский напряженно работает над «Петром и Алексеем» и публикует отрывок из романа в очередном выпуске «Северных цветов». В марте против Религиозно-философских собраний выступает о. Иоанн Кронштадтский. 2 апреля в газете «Заря» появляется статья писательницы Н. А. Лухмановой «Кто дал им право?» с требованием запретить Религиозно-философские собрания. 3 апреля (Великий четверг) Мережковский, пытаясь уладить дело, посещает Александро-Невскую лавру и на лестнице проваливается в стеклянный люк, сильно порезавшись. 5 апреля Мережковским сообщают о намерении властей запретить Религиозно-философские собрания, и 19 апреля проходит последнее, двадцать второе заседание. Протоколы заседаний до конца года появляются в «Новом пути», однако и издание журнала «повисло на волоске»: П. П. Перцов заявил о своем желании «ликвидировать дело». В середине мая Мережковский и Гиппиус посещают В. Я. Брюсова в московском издательстве «Скорпион». Летом Мережковские снимают дачу под Лугой по соседству с Поликсеной Соловьевой-Allegro. Дмитрий Сергеевич много беседует с ней о ее покойном брате-философе (В. С. Соловьев скончался в 1900 году). В начале июля Дягилев предлагает Мережковским объединить «Мир искусства» и «Новый путь», создав новый «большой» журнал. Для переговоров Мережковские приезжают в Петербург, где встречаются с Дягилевым, Философовым и А. П. Чеховым, однако данный «проект» не состоялся из-за нежелания Чехова сотрудничать с проповедниками «неохристианства». Во второй половине июля на даче у Мережковских гостит П. П. Перцов, которого они убеждают в необходимости продолжить работу в «Новом пути». В сентябре Мережковские возвращаются в Петербург. 10 октября скоропостижно умирает А. С. Гиппиус, теща писателя. Во время похорон Мережковскому и Гиппиус много помогает Философов, который теперь окончательно остается в их «орбите». «Дягилевский кружок» к этому времени распался и журнал «Мир искусства» прекратил существование. «Новый путь», несмотря на трудности, решено продолжать: подписку спасает обещанный в новом году роман «Петр и Алексей».