Союзная контрольная комиссия с момента своего появления в Финляндии занималась и возвращением советских военнопленных. Кроме того, финские власти в октябре 1944 года освободили свыше тысячи политзаключённых, в том числе финских коммунистов. Жданову пришлось нажать на финскую сторону, чтобы вернуть в СССР почти 55 тысяч карел и ингерманландцев, во время оккупации переселённых в Финляндию. Но наиболее жёстко Жданов давил на военные и политические власти бывшего противника, чтобы вернуть в Советский Союз 1200 предателей — граждан СССР, в годы войны перешедших на службу в финскую армию.

Политические и военные задачи в деятельности комиссии Жданова тесно переплетались с серьёзными экономическими вопросами. Ещё на первом совещании СККФ 5 октября 1944 года Жданов обозначил стратегическую цель — поставить хозяйственную жизнь Финляндии в зависимость от экономического сотрудничества с СССР и тем самым обеспечить стабильное советское влияние.

Статья 11 соглашения о перемирии обязывала Финляндию возместить в течение шести лет ущерб, нанесённый Советскому Союзу, товарами на сумму 300 миллионов долларов. При этом репарационные платежи лишь на 10 процентов возмещали прямой ущерб, нанесённый финнами только советской Карелии. При детальном рассмотрении вопроса о репарациях СССР потребовал производить расчёты в соответствии с уровнем довоенных цен 1938 года. Маннергейм пытался возражать, что за годы войны цены выросли почти в два раза и, следовательно, это дополнительное условие означало, что 300 миллионов долларов на практике превращаются в 600 миллионов (напомним, что в современных ценах это свыше 30 миллиардов долларов). Жданов пошёл на некоторые уступки и пообещал снизить объёмы репараций на 10 процентов, заявив, что репарации — дело не коммерческое, а политическое. Сочетая кнут и пряник, наш герой, в случае отказа финнов от такого варианта, грозил применить санкции — забрать в советскую собственность промышленные предприятия. Для давления он также использовал зависимость Финляндии в условиях продолжавшейся мировой войны от поставок советского продовольствия.

Чтобы добиться выполнения всех советских условий, Жданов поддерживал у финской стороны неуверенность за судьбу страны. В связи с этим он говорил сотрудникам СККФ, что необходимо использовать несколько тактик: «для своих действий, для друзей, для друго-врагов». При этом ни в коем случае нельзя было «проговориться, что ни при каких условиях Финляндия не будет оккупирована».

17 декабря 1944 года соглашение о репарациях было подписано на советских условиях с незначительными уступками. Поставки по репарациям финны выполняли тщательно и в срок. Это привело к тому, что под новый, 1946 год Финляндии облегчили положение и продлили срок выплаты репараций с шести до восьми лет, а в 1946 году Сталин простил половину оставшегося долга — 75 миллионов долларов. 18 сентября 1952 года, когда Жданова уже не было в живых, из Финляндии в СССР был торжественно отправлен последний поезд с репарационным грузом. Если сцепить между собой все поезда, перевозившие в нашу страну станки, оборудование разного рода, бумагу, целлюлозу и прочее в течение восьми лет, их протяжённость составила бы три с половиной тысячи километров. Кроме этого «состава» в 340 тысяч вагонов, было ещё 514 судов, построенных на финских верфях для нашей страны.

С октября 1944 года группы офицеров СККФ занимались осмотром всех гарнизонов и мест расквартирования финской армии. В самом конце года с несколькими офицерами случился неприятный эпизод. Сотрудник СККФ, подполковник Александр Богданов, в годы войны служивший в контрразведке Ленинградского фронта, в 1990-е годы описал этот инцидент так:

«Начальник финского гарнизона устроил встречу командования гарнизона с нашими офицерами, на которой распивались спиртные напитки. Некоторые офицеры, в том числе имевшие звание полковника, выпили лишку и вели себя на встрече крайне недостойно… А.А. Жданов наложил резолюцию, на основании которой незамедлительно был подготовлен приказ председателя СКК в Финляндии. Согласно этому приказу пять офицеров в звании полковника, допустивших недостойное поведение в гарнизоне финской армии, отчислялись из состава СКК и в течение суток должны были покинуть Финляндию с последующей отправкой на фронт. Приказ был объявлен всему офицерскому составу СКК. Этот суровый, но справедливый приказ сыграл важную роль в укреплении дисциплины личного состава СКК. Характерно, что за следующие 3 года деятельности СКК в Финляндии ни одного ЧП в ней не произошло».

Надо отметить, что и президент Финляндии, в свою очередь, пытался бороться с русско-финским пьянством. Как пишет его биограф Вейо Мери, «Маннергейм весьма сердился на министров, позволявших себе пьянствовать с русскими. Финляндцы обязаны сохранять своё достоинство. Паасикиви же был другого мнения. Он очень благосклонно относился к тому, что Кекконен может до утра пить с послом Советского Союза…».

С конца 1944 года проверочные группы СККФ, специалисты по различным отраслям экономики и военным вопросам буквально переворошили всю Финляндию. Перемирие и тщательный контроль за бывшим противником со стороны СККФ позволили СССР к началу 1945 года перебросить на германский фронт 600 тысяч солдат. В распоряжение советских войск и Балтийского флота была предоставлена база в Порккала-Удд, надёжно контролировавшая вход в Финский залив и более удобная, чем база в Ханко, полученная после «зимней войны». Кроме того, сама база располагалась в 30 километрах от Хельсинки. Не зря советские политработники тогда говорили: «Порккала-Удд — пистолет, приставленный к виску Финляндии».

В январе 1945 года в стране прошли парламентские выборы. Жданов не мог вмешиваться в их ход напрямую, но приложил все усилия, чтобы обеспечить победу дружественных или нейтральных сил и не допустить в финский сейм враждебных СССР политиков. Этому способствовала 21-я статья соглашения о перемирии, требовавшая от Финляндии «немедленно распустить находящиеся на её территории все прогитлеровские (фашистского типа) политические, военные, военизированные, а также другие организации, ведущие враждебную Объединённым Нациям, в частности Советскому Союзу, пропаганду, и впредь не допускать существования такого рода организаций».

По требованию СККФ были ликвидированы такие организации, как «Щюцкор» или Карельское академическое общество, выступавшие за отторжение от СССР всех финно-угорских территорий вплоть до Урала. Одновременно комиссия Жданова работал над формированием широкой политической коалиции леводемократической ориентации. Вышедшая из подполья коммунистическая партия Финляндии была немногочисленной и не имела пока большого влияния. К выборам был создан Демократический союз народа Финляндии (ДСНФ), в состав которого вошли коммунисты и левые социал-демократические организации — Союз мелких земледельцев, Союз товариществ и др. В итоге прошедшие 17—18 января 1945 года парламентские выборы дали большинство левым и умеренным силам — Социал-демократической партии Финляндии, Аграрному союзу и просоветскому ДСНФ.

Финские коммунисты предлагали Жданову начать в Финляндии проведение набора добровольцев на германский фронт для борьбы с Гитлером. Но в конце войны победоносный Советский Союз в помощи такого рода уже не нуждался, а сочувствующие были больше нужны в самой Финляндии, что Андрей Жданов и объяснил финским товарищам.