Всю вторую половину 1945 года контрольная комиссия Жданова всеми возможными средствами стремилась принудить финские власти отправить на скамью подсудимых виновников войны и нарушителей соглашения о перемирии. Жданов прямо тогда заявил финнам: «По крайней мере половину умерших от голода в Ленинграде я отношу на совесть финнов, так как они наравне с немцами участвовали в блокаде Ленинграда». Сейчас финское общественное сознание этой вины не видит, а большинство финских историков пытаются доказывать даже невиновность их страны в блокаде. Однако, например, в бумагах бывшего финского президента Ристо Рюти, изученных комиссией Жданова, летом 1942 года сделана такая запись: «Гражданское население Петербурга может гибнуть, ведь русские такие ненадёжные и изворотливые, что жалеть их совершенно незачем».

После того как в августе 1945 года на совещании министров иностранных дел стран-победительниц в Лондоне было принято решение о применении принципов виновности к тем, кто «отвечал за начало и ведение наступательной войны», финские власти вынуждены были перейти от отставок к подготовке судебного процесса. Андрей Жданов в беседе с премьер-министром Паасикиви высказал мнение советского правительства, что наказание лиц, ответственных за войну, должно «показать, что народ Финляндии полностью отвергает прежнюю политику, осуждает руководителей этой политики и готов вступить на путь новой политики». Жданов намекнул при этом, что СККФ могла бы взять дело в свои руки, но, учитывая интересы Финляндии, доверяет сделать это самим финнам.

Опасаясь, что обвиняемых вывезут в СССР и будут судить там, финский парламент принял чрезвычайный закон о наказании виновников войны, и 15 ноября 1945 года — на следующий день после начала Нюрнбергского процесса — в Хельсинки начался суд над лицами, руководившими Финляндией в период 1939—1944 годов. В качестве обвиняемых были привлечены восемь человек: бывший президент Финляндии Ристо Рюти, бывшие премьер-министры Рангель и Линкомиес, бывший посол в Берлине Кивимяки, министры Таннер, Рейникка, Рамсай и Кукконен.

В отличие от Нюрнбергского процесса подсудимые в Хельсинки были отнесены к разряду «виновников войны», и им не предъявлялось обвинений в военных преступлениях или преступлениях против человечества. Форма и сроки наказаний были предусмотрены значительно более мягкими, чем в других странах, участвовавших в войне на стороне Германии. При этом никакого энтузиазма финские власти, слишком тесно связанные с обвиняемыми, в судебном процессе не проявляли.

Комиссия Жданова проделала большую политическую и юридическую работу, предоставив в ходе процесса необходимые доказательства. Решающий перелом в ходе процесса наступил после оглашения германских документов, в том числе плана «Барбаросса» и показаний немецких военных преступников. Обвинение доказало, что перед войной были разработаны оперативные планы наступления финской армии на Ленинград. При этом руководство Финляндии само проявило готовность участвовать в войне на стороне Германии в целях реванша и захвата территорий Карелии и Ленинградской области. Были приведены доказательства намерений правительства Рюти совместно с немцами ликвидировать «нежелательный» город Ленинград.

Особую пикантность деятельности политиков из клана Рюти придал тот факт, что они были готовы поступиться суверенитетом Финляндии — на суде были оглашены стенограммы проводимого Гитлером совещания 16 июля 1941 года, где было заявлено, что «со всей осторожностью нужно подготавливать присоединение Финляндии как подчинённого государства к Германии».

Советская сторона сознательно отказалась от привлечения в качестве обвиняемого действующего президента Финляндии маршала Маннергейма. Сотрудники комиссии Жданова собрали в финских архивах веские доказательства того, что Маннергейм не менее, чем Рюти, был виновен во втягивании Финляндии в войну. Однако Жданов распорядился, чтобы эти материалы хранились только у него лично. Именно Маннергейм обеспечил выход Финляндии из войны, а затем и участие финской армии в боевых действиях против немцев — за эти актуальные заслуги высшее руководство СССР не стало привлекать его к ответственности за былые антисоветские прегрешения. К тому же маршал уже был больным человеком и глубоким стариком, дни его, тем более в активной политике, были сочтены.

При этом сам Маннергейм, не желая быть причастным к процессам над виновниками войны даже просто в качестве высшего официального лица, попытался уйти в отставку с поста президента. Но Жданов прозрачно намекнул, что, по мнению Москвы, маршал должен оставаться на занимаемом посту до конца процесса. В ноябре 1945 года Маннергейм, опасаясь привлечения к суду или иного втягивания в процесс, собрался выехать в Португалию (на Пиренейском полуострове сохранились единственные в Европе после 1945 года правые диктатуры), мотивируя поездку необходимостью лечения. Но для такой поездки требовалась неофициальная санкция главы контрольной комиссии.

Жданов отвечал, что маршал, как лидер суверенного государства, может ехать куда угодно, но лично он, Жданов, посоветовал бы президенту лечиться в Крыму… Маннергейм намёк понял и загранпоездку отменил. Он смог покинуть страну только после личного разрешения Сталина.

Параллельно с процессом над виновниками войны шло следствие по делу о «подпольщиках» из финского Генштаба. Под давлением СККФ, с участием сторонников коммунистов и офицеров из комиссии Жданова, МВД Финляндии выявит 1311 тайных складов оружия и допросит более шести тысяч человек. Свыше тысячи финских военных будут задержаны, а 128 высших офицеров окажутся в предварительном заключении под следствием — среди них шесть генералов и 19 полковников финской армии.

Приговор по делу Рюти и компании ожидался уже в самом начале первого послевоенного года. Но 29 декабря 1945 года Андрея Жданова решением политбюро экстренно вызвали в Москву — в связи с болезнью Сталина и непростой обстановкой на самых верхах кремлёвской власти.

С января 1945 года решением политбюро, в связи с необходимостью сосредоточить усилия на работе в ЦК ВКП(б) и Союзной контрольной комиссии в Финляндии (СККФ), Жданов оставил пост первого секретаря Ленинградского горкома и обкома, который занимал десять лет. Новым первым лицом Ленинграда 17 января 1945 года был избран ближайший ждановский помощник в предвоенные годы и блокаду Алексей Кузнецов.

До декабря 1945 года Жданов регулярно бывал в Москве, но большую часть времени проводил в Хельсинки. Там он встретил весть о победе — телеграмму о капитуляции Германии на узле связи СККФ в отеле «Торни» принял радист Михаил Нейштад, всю блокаду обеспечивавший связь Жданова со Сталиным, за исключением нескольких самых тяжёлых месяцев на Невском пятачке, куда радистов Смольного в декабре 1941 года направили для обеспечения связи с плацдармом…

24 мая 1945 года Жданов присутствовал на знаменитом приёме в Кремле, где Сталин поднял тост «за здоровье русского народа». По одной из версий (не подтверждённой, правда, стенографической записью), Сталин провозгласил тост и за здоровье Жданова, как «организатора обороны Ленинграда». Наш герой подошёл к Верховному главнокомандующему, чокнулся с ним и поблагодарил.