Двери Академия открыла в декабре 1918 года, зачислено было около двухсот слушателей. Преподавать направили крупных военных специалистов из бывших генералов и офицеров русской армии, то были А.А. Свечин, В.Ф. Новицкий, К.И. Величко, Б.М. Шапошников, Н.Г. Корсун… Преподаватели опирались на опыт мировой войны, слушателей испытывала совсем иная война — Гражданская, и многие предпочитали, чтобы именно её огненные сполохи освещали страницы профессорских лекций и промёрзлые стены Академии.

Раздавались настойчивые и нетерпеливые голоса, чтобы ввести прикладное преподавание взамен лекционной схоластики. Новый начальник резко выступил против. Он считал, что нельзя ставить академический курс в зависимость от слабой подготовки учащихся и «снизить Академию до степени простой, грубо ремесленной школы».

В преподавателях оказались знакомые и друзья Снесарева — разные, но вполне понятные для его ясного ума и открытого сердца. Слушатели же были пестры, шумливы, непосредственны во всём: и в очевидно приемлемом, и в сомнительном. «Мне было ясно с первых же шагов, что эти “буревестники” создадут для меня как начальника сложную обстановку. И что придётся поломать голову, чтобы установить с ними нужные отношения. Чтобы ближе подойти к ним, знать их настроения, я остановился на системе “открытых дверей”: двери моего кабинета и моей квартиры были открыты для всех и во всякое время», — вспоминал Снесарев академические дни. Главное его правило как начальника Академии: «Я готов был идти по путям замены плохого старого хорошим новым, даже сомнительного прежнего хотя бы также сомнительным новым, но я не мог поступиться хорошим и определённо необходимым прошлым в пользу ещё не испытанного, хотя бы обольстительного грядущего».

Зима выдалась холодная. Закутанные с ног до головы слушатели пытались вести записи, выводили топографические штрихи. И что это были за штрихи! Своевременно Академия дровами не запаслась, случалось так, что недоставало огня, чтобы приготовить обед. По аудиториям холод гулял, словно гонимый полярными ветрами. Слушатели да и преподаватели весь день не раздевались и всё одно мерзли, иные заболевали. И только Снесарев, в назначенный миг появляясь перед слушателями, неизменно снимал шинель и папаху, словно бы он попадал в тёплую гостиную, а не в промороженную аудиторию: памирские и карпатские студёные зимы, верно, пошли ему во благо, прочно закалив его с ног до головы.

Не хватало не только топлива, но и учебных пособий. Решено было издавать читаемые профессорами лекции. За два года образовалась библиотека, необходимая для учебного процесса и научной работы.

Помощником и верным младшим другом Снесарева во многих его начинаниях стал первый слушатель Академии Фёдор Никонов. Несуетливый, но предельно собранный и энергичный человек, потомственный иконописец, он, как не раз говорил, не стал бы нарушать семейный завет, мирно-прекрасное занятие отца, деда и прадеда, но время заставило его пойти по военной стезе, ибо таким образом, практически и не откладывая дела в долгий ящик, можно было помочь Родине. Окончив Академию и адъюнктуру, он поступил на исторический факультет Московского государственного университета, успешно учился и окончил среди лучших. После ареста Снесарева он продолжал его поддерживать чем только мог. Помогал и его семье при строительстве дома в Кускове, бесконечно рад был реабилитации старшего наставника. Он тоже отбыл своё в местах известных, и, штрих любопытный и показательный для атмосферы карающей эпохи, в его обвинительном заключении угрожающе прочерчивала лист фраза-строка: «демонстрировал свою привязанность к Снесареву». Остаётся сказать, что сыновья Фёдора Павловича — Павел и Михаил — продолжат традицию семейного «художества», станут известными живописцами, а старший брат, ещё и скульптор, изготовит памятник, который установят на могиле Снесарева на Ваганьковском кладбище.

Начальник Академии был её мозг, воля и сердце: и хозяйственник, и учёный-ориенталист, страновед, геополитик, статистик, математик, историк, этнограф, военный педагог-преподаватель. Прочитанные им курсы лекций: «Огневая тактика», «Современная стратегия», «Философия войны», «Военная география», «Афганистан» — слово новатора в военной науке.

При нём в Академии были образованы Военно-научное общество, Восточное отделение, Опытная психологическая лаборатория. Последняя — уникальное образование: использовались, по сути, новые методы — генетический, психопатологический, экспериментально-психологический, исследовались проблемы воли, внушения и воздействия, такие неопределённые понятия, как моральное состояние, дух армии, настроение войск.

Начиная с весны 1918 года не уставали полыхать поля Гражданской войны. От Чёрного до Белого моря, от Каспия до Балтики, от Волги до Днепра, от Дальнего Востока до западных границ шли в атаки и контратаки солдатские цепи, наступали и отступали армии, гремели пушки, громыхали бронепоезда, мчались конные лавы.

Весной 1920 года устремились в широкое наступление поляки, вознамерясь захватить земли, которые им принадлежали до первого раздела Польши. Реввоенсовет образовал особую — под председательством Брусилова — комиссию, ей надлежало ни много ни мало продумать, проработать, предложить, каким образом возможно победить. В июне 1920 года Ленин подписал декрет об освобождении от ответственности всех бывших офицеров, которые находились в белогвардейских армиях, при условии их перехода в ряды Красной армии. Брусилов через журнал «Военное дело» обратился с воззванием ко всем бывшим офицерам забыть все обиды, вступить в Красную армию и не допустить расхищения России.

Здесь уместно вспомнить, что был приказ с другой стороны, подписанный менее года назад в Екатеринодаре командующим Добровольческой армией Деникиным: «К стыду и позору русского офицерства, много офицеров, даже в высоких чинах, служат в рядах красной армии. Объявляю, что никакие мотивы не будут служить оправданием этого поступка… Всех, кто не оставит безотлагательно ряды красной армии, ждёт проклятие народное и полевой суд Русской Армии — суровый и беспощадный».

Белые, красные — всё одно кровь. Человеческая кровь. Братская кровь Гражданской войны, начатой, конечно же, не в двадцатом веке, а тысячелетиями раньше. Тут невольно приходят на память слова поэта Волошина: «Гражданская война развивает в людях истинное братство — в древнейшем смысле этого слова: братство Каина и Авеля».

В начале 1920 года в Академии было создано восточное отделение, должное готовить работников Генштаба для дипломатической работы за границей, а также в республиках Средней Азии и на Дальнем Востоке; немалые часы отводились на изучение языков: персидского, арабского, турецкого, китайского, японского; изучались также история, экономика, статистика, история международных отношений.

При Всероссийском Главном штабе учреждена Комиссия для исследования и использования опыта Первой мировой войны, в разговорном обиходе именуемая Исторической комиссией; по пятницам в доме № 14 по Пречистенке (в годы советской власти — улица Кропоткина) собирались её члены — АА. Свечин, А.Е. Снесарев, И.И. Вацетис, А.А. Незнамов, С.Г. Лукирский, и при любой погоде оживлённо обсуждались вопросы военного дела. Среди существеннейших тогда: какою должна быть Красная армия — милиционной или регулярной? Снесарев и Свечин настаивали на регулярной, Троцкий — на милиционной. На страницах «Военного дела» метались полемические копья.