Переговоры в Карловице бросили длинную тень на проблему христианских святынь в Иерусалиме и других местах. Уже в XIX веке, когда положение немусульман в Османской империи стало вопросом политики великих держав и основным компонентом «восточного вопроса», появилась возможность сделать из этого повод для вмешательства иностранных держав во внутреннюю политику империи. В силу того места, какое немусульмане занимали в государстве, на вопросы правового урегулирования и отношения турок к христианским святыням в Иерусалиме и других местах давно был дан категорический ответ: их захват и конфискация оправдывались с помощью казуистики, а там, где это выглядело правдоподобно, оправдание находили в том, что прежде это были священные места мусульман. Впрочем, два места все же остались неоскверненными: церковь Гроба Господня в Иерусалиме и церковь Рождества Христова в Вифлееме. Эти священные места имели такое значение для христианского мира, что турки старались их не трогать.

Поэтому между властями Османской империи и их поданными-христианами никогда не возникало противоречий по вопросу правового статуса этих священных для христиан мест. Но такие противоречия возникали между христианами римско-католической церкви (в особенности орденом францисканцев) и православными христианами. Францисканцы традиционно считались стражами большинства святынь, приписываемых как к церкви Гроба Господня, так и к церкви Рождества Христова, но как только османское завоевание объединило четыре патриархата древней византийской церкви (Константинопольский, Антиохийский, Иерусалимский и Александрийский) под властью одного правителя, православная церковь попыталась восстановить свои права на священные для христиан места. В 1637 году она получила некоторую поддержку со стороны султана Мурада IV, а в 1675 году Мехмед IV признал ее наиболее важной из всех христианских церквей, но после катастрофического разгрома под Веной, случившегося в 1683 году, власти Османской империи учредили комиссию по изучению вопроса об опекунстве над священными местами, в надежде использовать этот шаг для получения поддержки Франции в борьбе против Священной лиги. В то время не было внесено никаких изменений, зато в 1690 году Фазыл Мустафа-паша, который тогда готовился отбить Белград у австрийцев и надеялся обеспечить поддержку со стороны французов, восстановил первенство францисканцев. На сей раз действуя по воле иностранной державы, власти Османской империи оказали влияние на решение об опекунстве, заведомо отдав предпочтение одной группе претендентов. Тем самым турки невольно ввели в норму признание обоснованности внешнего вмешательства в те сферы, которые прежде считались вопросами внутренней политики и, сделали возможными притязания других европейских держав, действующих от лица своих единоверцев.

Впрочем, османские переговорщики в Карловице сумели отказать посланнику Московии, который требовал восстановить первенство православной церкви, которым она пользовалась в Святой Земле в период между 1675 и 1690 годами. В одной из последних исследовательских работ убедительно показано, что уступить этому требованию было бы еще опаснее:

Как только внутренние беспорядки были подавлены, состоявшееся в 1656 году назначение Кёпрюлю Мехмед-паши на пост великого визиря принесло стабильность как во внешнюю, так и во внутреннюю политику. На протяжении шести лет пребывания в этой должности он держал в своих руках бразды правления державой и брался за решение тех государственных вопросов, рассматривая которые султан Мехмед IV и его мать с радостью прислушивались к его мнению. Такое положение продолжалось и при его сыне, Фазыл Ахмед-паше, который занимал пост великого визиря в период между 1661 и 1676 годами. Тогда все министры были объединены решением поставленных перед ними задач, а сам он находился на этой должности в течение многих лет. Хотя срок пребывания Фазыл Мустафа-паши на посту великого визиря составил меньше двух лет, он сумел провести важные финансовые и прочие реформы, которые должны были способствовать победе Османской империи в войне. Но после того как в 1683 году Мерзифонлу Кара Мустафа-паша потерпел полное поражение под Веной, многие из последующих великих визирей не были военными людьми, но даже те из них, кто мог руководить военными действиями, оказались не в состоянии справиться с весьма серьезными проблемами дисциплины, ставшими отличительной чертой вооруженных сил империи.

В период между 1683 и 1699 годами ресурсы империи были предельно распылены, так как ее армия пыталась удержать рубежи, чрезвычайно удаленные от Эдирне и Стамбула. В последние годы XVII столетия шла настоящая борьба за финансовые и людские ресурсы, необходимые для ведения войны, что отодвинуло на второй план все прочие вопросы и тем самым скрыло глубокие перемены, которые происходили начиная с середины столетия. После периода господства Кёпрюлю Мехмеда-паши и его сыновей и в особенности после того, как в 1687 году был смещен Мехмед IV, султаны стали уделять больше внимания вопросам повседневного управления делами империи и наслаждаться хотя бы иллюзией того, что они не только царствуют, но и правят, оказывая содействие предпринятым еще в годы войны сложным реформам бюрократического аппарата. Эти меры, хотя и вызванные острой необходимостью, в долгосрочной перспективе часто оказывали значительное воздействие на пропорциональное распределение прав и обязанностей в османском обществе. Возможно, что на протяжении бьльшей части войны империи не хватало эффективного военного руководства, но высокопоставленные чиновники проявили немалую волю, находя действенные решения финансовых проблем, стоявших перед государством.

Одной из реформ, которые повлияли на формирование будущего облика государства, стало прекратившееся в конце столетия освобождение благотворительных фондов от налогообложения. Введенный в 1686 году «налог на военные пожертвования» взимался на протяжении всей войны, после окончания которой он был отменен (вплоть до начала следующей войны). Вызвавший дискуссии налог, который первоначально планировался как «одноразовый» заем у тех, кто накопил богатства, вскоре стали взимать с фондов султана и, в особенности, с фондов ведущих государственных деятелей. Введенный во времена хронического банкротства казны, он приобрел характер налога на богатство, от которого не освобождались даже самые высокопоставленные особы. Богатые и могущественные всегда делали вклады в пользу общественного блага (будь то ссуды, которые давали визири, чтобы восполнить временную нехватку денег на выплату жалований военным, или расписки Турхан Султан, которые гарантировали оплату расходов, связанных со строительством укреплений в районе Дарданелл, во время Критской войны), и на протяжении этого столетия все больше и больше частных средств поступало на общественные цели. С этого времени к частным лицам стали чаще обращаться с просьбами делать вклады в казну. На исходе войны 1683–1699 годов особенно широкое распространение получили конфискации в пользу казны имущества дискредитированных государственных деятелей, и в дальнейшем эта тенденция нашла свое продолжение. Другой формой налогообложения на военные нужды было обязательство сформировать и передать армии новые войска. Так, в 1696 году трем государственным деятелям Османской империи, среди которых был и старший сын Фазыла Мустафа-паши, Кёпрюлюзаде Нуман-бей, были предъявлены требования, согласно которым каждый из них должен был за свой счет представить армии пять сотен пехотинцев.