Затем Муруа дал описание Вилькабамбы, которое подтвердило, что город расположен в тропиках. «Климат здесь таков, что пчелы строят соты в досках домов, а кукуруза дает три урожая в год. Получению урожаев способствует хорошее расположение земель и вода, которой орошают посевы. Здесь в изобилии произрастает кока, сладкий тростник для производства сахара, маниока, сладкий картофель и хлопок. Город в плане имеет — или, скорее, имел — половину лиги в ширину, прямо как Куско, но в длину простирается на большое расстояние. В нем разводят попугаев, кур, уток, местных кроликов, индеек, фазанов, гокко, попугаев-ара и тысячу других видов птиц с разнообразным ярким оперением. Здесь в изобилии растут гуава, орех пекан, арахис, папайя, ананасы, авокадо и другие плодовые деревья. Дома и навесы имеют добротные кровли из тростника и пальмовых листьев. У Инков был дворец в несколько этажей, покрытый кровельной черепицей, а сам он весь был расписан разнообразными рисунками в их национальной манере — это стоило посмотреть. В городе была площадь, достаточно просторная, чтобы вместить большое количество народа. Там они обычно устраивали празднества и даже скачки на лошадях. Двери дворца были сделаны из душистого кедра, который во множестве растет в этой стране, и мансарды тоже были из этого же дерева. Так что в этом далеком краю, который скорее можно назвать местом ссылки, Инки наслаждались едва ли меньшей роскошью, величием и великолепием, чем в Куско. Ибо, чтобы ублажить их, индейцы доставляли им все, что только могли достать из внешнего мира. А они наслаждались там жизнью».

То, чего испанцы боялись больше всего, снова произошло: Инки исчезли в джунглях и так же удачно ускользнули от них, как это получилось у Манко в 1537-м и 1539 годах. Единственными живыми людьми в Вилькабамбе были несколько индейцев вместе с Атилано де Анайя. А у подножия скал были найдены тела прошлогодних посланцев Габриэля де Овьедо. Некоторые жители Вилькабамбы вскоре стали забредать назад из чащи, и Арбьето изо всех сил старался накормить их и хорошо с ними обращаться. Но Инки и их военачальники все сбежали.

Испанцы всегда полагали, что наиболее вероятным путем отступления инков будет северо-западное направление, в сторону земель, населенных племенами сапакати и пилькосуни. Для того чтобы перекрыть именно этот путь, Толедо отправил в Вилькабамбу вооруженные отряды из Уаманги и Абанкая. Теперь Уртадо де Арбьето узнал от возвращающихся индейцев, что «Тупак Амару и Дон Фелипе Киспе Титу с восьмьюдесятью новобранцами помимо военачальников и индейцев, которые убили Анайя, ушли из Вилькабамбы за день до [нашего прихода] в сторону владений индейцев-сапакати, куда несколькими днями раньше они уже отправили продовольствие и одежду». Испанский генерал написал, что Инки так поступили, «рискуя своей жизнью, так как им там не выжить и этот край не для них».

Сразу же после прибытия в Вилькабамбу Арбьето отправил в джунгли поисковые партии вдогонку за неуловимыми Инками. Отряд из отборных солдат пошел на север по направлению к землям пилькосуни и в погоне за принцем Киспе Титу взобрался на гору Утуто. В составе этого отряда были все молодые люди, которые имели отношение к принцессам Инков: Хуан Вальса, Педро де Бустинса и Педро де Оруэ. «Они взобрались на эту гору с невероятным трудом, не имея ни воды, ни продовольствия помимо того, которое они взяли из Вилькабамбы. В тех джунглях они обнаружили огромное множество чрезвычайно опасных гремучих змей. Но спустя шесть дней капитан Хуан Вальса… наткнулся на то место, где находился Киспе Титу Юпанки вместе со своей беременной женой и с 11 индейцами и индианками, которые прислуживали им, остальные исчезли». Они вернулись всего через два дня и доставили сына Титу Куси генералу Арбьето в собственный дворец Инки. «И там они лишили Киспе Титу всех его вещей и одежды, не оставив ему и его жене в их тюрьме даже перемены платья и ничего из посуды. Из-за этого они страдали от голода и холода, хотя это жаркая страна».

Капитан Мартин де Менесес также был послан в джунгли на поиски Инки. Очевидно, Менесес отправился на северовосток через горы к следующей долине, которая сейчас называется Сан-Мигель. Его головная походная застава, в которую входили «Франсиско де Камарго и Алонсо де Карбахал со своими людьми, прошла, опередив своего командира, более 10-12 лиг до деревушки индейцев-сати под названием Симапонето, где они обнаружили большую реку. Там они узнали, что генерал Инков Уальпа Юпанки передвигается где-то поблизости вместе с идолом Пунчао. Десять солдат этого передового отряда отважились выйти на поиски. Преследуя Уальпу Юпанки, они с опасностью для жизни переправились через реку на плоте из трех бревен. Они догнали и схватили много его людей. Они забрали у них идола под названием Пунчао, что заставило индейцев осознать тот обман, в котором их держали». Но хотя эта группа захватила священное изображение Солнца, ей не удалось захватить Уальпу Юпанки, который продолжал свой поход где-то в глубине джунглей. Капитан Менесес возвратился в Вилькабамбу с «идолом Солнца, который был сделан из огромного количества серебра, золота, драгоценных камней, изумрудов и древних тканей. Говорили, что все это вместе стоит больше миллиона, но его поделили между испанцами и индейцами-союзниками, и даже два священника, которые были в составе экспедиции, получили свою долю». Мартин де Муруа с неодобрением отнесся к такому разграблению немногих последних сокровищ, остававшихся у инков.

Другая экспедиция под командованием капитана Антонио Перейры двигалась в направлении деревушки Панкис. Ни Муруа, ни Саласар не упомянули, что в составе этого отряда был Мартин Гарсия де Лойола, но сам этот честолюбивый молодой человек в своих петициях к королю в 1572-м и 1576 годах нарисовал другую картину: «Я со своим отрядом продолжал погоню, пока мы не достигли городка Панкиса, что было весьма затруднительно из-за густых джунглей. Там я взял в плен двух братьев Тупака Амару, одну из его дочерей, четырех племянников и военачальника Кури Паукара, главного зачинщика этой войны, а также большое количество индейцев и их командиров». Вместе со всеми были захвачены в плен два важных орехона — Колья Топа и Паукар Инка, но самым главным уловом был воинственный главарь инков Кури Паукар, «предатель, самый жестокий из всех инкских военачальников, человек, который всегда настаивал на том, чтобы вести войну и не сдаваться… и он был главным виновником смерти Атилано де Анайя». По дороге назад в Вилькабамбу одного из маленьких сыновей Кури Паукара укусила змея, и мальчик умер за несколько часов. Таким образом, испанцы, действуя по наводке жителей Вилькабамбы, легко окружили почти всех инкских военачальников. Они даже захватили две реликвии, к которым инки относились с большим почтением: мумифицированные тела Инки Манко и Титу Куси Юпанки.

Но самой важной фигуры все еще недоставало. Сам Инка Тупак Амару находился еще на свободе вместе со своим главнокомандующим и губернатором Уальпой Юпанки. Отважный Мартин Гарсия де Лойола добровольно вызвался повести отряд в глубину северных джунглей в погоне за Инкой. Он взял 40 отборных солдат, включая тех, которые имели опыт похода в условиях джунглей, и они спустились вниз «по реке Масауай, протекающей по территории индейцев-манарис, принадлежащих к племени чунчо». Они спустились вниз по этой реке «на 40 лиг [170 миль] от Вилькабамбы» до места, которое Лойола назвал пристанью Гуамбос. «Когда они стояли там лагерем, в джунглях из мангровых деревьев, он и его солдаты в полдень заметили в воде пятерых индейцев-чунчо… Капитан Гарсия де Лойола стал обдумывать способ, каким можно было бы поймать кого-нибудь из них, чтобы получить сведения об Инке, ведь больше никто не мог знать о его местонахождении». Большинство солдат (включая капитана Лойолу) слишком боялись пытаться напасть на этих лесных индейцев. Но друзья Муруа, Габриэль де Лоарте, Педро де Оруэ, Хуан Вальса и трое других, наконец, вызвались переправиться через реку попарно на плотах. На дальнем берегу реки в лесу показался дымок в том месте, где индейцы готовили себе пищу в длинной хижине с 20 дверными проемами. Поколебавшись немного, самые храбрые испанцы внезапно ринулись в эту хижину. Они сумели поймать пятерых из семи индейцев-чунчо, находившихся внутри, но двое скрылись, даже не помедлив, чтобы выхватить свои луки со стрелами. Удачливые испанцы обнаружили, что эта хижина используется в качестве склада инков и набита 30 тюками самых лучших тканей инкской и испанской выработки, одеждой, перьями и «прежде всего золотыми и серебряными сосудами и столовой утварью инков». Потрепанные и уставшие испанцы «мирно поели, чрезвычайно довольные своей добычей».