Но вице-король не довольствовался кровью этих индейских полководцев. Он решил казнить самого Инку. В течение трех дней, когда тюремщики Тупака Амару знакомили его с основами христианского вероучения, а затем крестили, шел также и суд, на котором решался вопрос его жизни и смерти. В общем, его обвинили в том, что он правил государством, из которого совершались набеги на оккупированное испанцами Перу и в котором были дозволены языческие обряды. Более конкретно, его обвинили во всех убийствах, которые произошли на территории Вилькабамбы и вокруг нее за последние полтора года. Сам Толедо подвел итог обвинениям, выдвинутым против Инки: «После смерти Титу Куси его сын Киспе Титу и его брат Тупак Амару совершили много преступлений, которые привели к смерти и похищению индейцев и испанцев. В частности, Титу Куси убил иноземца Ромеро [горняка-старателя]; а также вышеназванные Тупак Амару и Киспе Титу убили монаха ордена Святого Августина [Диего Ортиса], который проповедовал там в соответствии с договором, подписанным в Акобамбе, и Мартина Пандо. Они хватали и убивали индейцев с дружескими посланиями к ним. И наконец, они схватили и убили Атилано де Анайя, с которым я отправил письма и мирные предложения, а они взяли и убили многих из тех, кто сопровождал его, и поставили под ружье всех жителей этой провинции».

Суд над Инкой был поспешным и явно несправедливым. На Тупака Амару нельзя было возлагать ответственность за набеги, которые прекратились уже несколько лет назад. Его недолгое царствование увидело возрождение языческой религии, но едва ли это было преступлением, караемым смертной казнью. Его брат допустил в Вилькабамбу христианских миссионеров, и не обязательно именно Тупак Амару был виновен в том, что их деятельность не была успешной. На суде над Инкой говорилось о различных убийствах, но хотя вся ответственность за них была возложена на него, не было сделано серьезных попыток признать его лично виновным хотя бы в одном убийстве. Более поздние расследования показали, что сразу после смерти Титу Куси метиса Мартина Пандо линчевала толпа в Пукьюре. Эти же самые расследования связали Тупака Амару со смертью Диего Ортиса, но единственно в том, что тот отказался повидаться с ним в Марканае и тем самым попустительствовал его мученической смерти. Не было ничего, что могло бы доказать, что Тупак Амару действительно приказал умертвить несчастного миссионера. Горняк-старатель Ромеро был убит по приказу предыдущего Инки Титу Куси. А убийство посла Атилано де Анайя — безусловно, самое серьезное преступление в глазах Толедо — было делом рук вооруженного отряда, который охранял мост Чукичака. Оно произошло на следующий день после того, как Анайя перешел по мосту на другую сторону реки: слишком быстро, чтобы успеть получить соответствующие указания от Тупака Амару. Антонио де Вера, близкий друг духовника Тупака Амару Алонсо де Барсана, писал, что посланцы «были убиты гарнизоном индейцев, который охранял тот проход в горах. Убийцы пришли в Вилькабамбу и сказали Инке, что они нашли каких-то христиан, спрятавшихся возле моста Чукичака и наблюдавших за переправой, чтобы войти в Вилькабамбу и убить его, поэтому они отняли у них жизнь. Инка был поражен происшедшим и сожалел, что они сначала не поставили его об этом в известность».

Но вице-король и его ставленник д-р Лоарте на самом деле не очень заботились о том, чтобы доказать вину Инки. Толедо принял решение убрать Тупака Амару и знал, что действовать нужно быстро, пока волна сочувствия не спасла пленного правителя. Таким образом, после мнимого судебного разбирательства, которое длилось всего лишь три дня, д-р Лоарте приговорил Инку Тупака Амару к смерти. Он избавил его от унижения быть повешенным на виселице и вынес решение обезглавить его.

Смертный приговор немедленно произвел фурор в Куско. Все были рады победе над Вилькабамбой, но и потрясены угрозой Толедо казнить побежденного Инку после поспешного, поверхностного судебного разбирательства. В цивилизованной атмосфере семидесятых годов XVI века казалось невозможным еще раз сделать то, что сделал Писарро с Атауальпой почти сорок лет назад в совершенно других обстоятельствах. «Находившиеся в городе испанцы, служители церкви и миряне, „…“ не могли себе представить, что приговор будет приведен в исполнение». И тем не менее группа служителей церкви поспешила организовать петицию с целью отложить казнь или добиться полного прощения. По словам иезуита Антонио де Вера, «пастор Луис Лопес и отец Алонсо де Барсана были уверены и убеждены в невиновности Инки Тупака Амару. Они сделали все возможное, чтобы предотвратить его казнь. Они сообщили вице-королю правду, представили ему свидетельства абсолютной невиновности Инки и много раз со слезами умоляли его на коленях. Видя, что ничего не могут добиться, они уговорили прелатов различных церковных орденов и других выдающихся служителей церкви сделать то же самое». Бальтасар де Окампо и Рехинальдо де Лисаррага составили список этих религиозных деятелей: «Отец Гонсало де Мендоса, архиепископ ордена Милосердной Девы Марии; отец Франсиско Коррол, настоятель августинского монастыря этого города; отец Габриэль де Овьедо, настоятель храма Санто-Доминго; отец Франсиско Велес, настоятель францисканского монастыря; отец Херонимо де Вилья Каррильо, францисканский архиепископ; отец Гонсало Бальястеро, заместитель архиепископа ордена Милосердия, и приходской священник отец Луис Лопес — все пошли к вице-королю. Они пали на колени и молили проявить милосердие и пощадить жизнь Инки».

Было очень важно, что ходатайство о помиловании пришло от отца Агустина де ла Корунья, епископа Попаянского из Южной Колумбии, одного из самых уважаемых служителей церкви того времени. Корунья был одним из 12 монахов-августинцев, которые первыми прибыли в Мексику; он вел последовательную борьбу за то, чтобы с коренными жителями Америки хорошо обращались. Он совершил путешествие на юг и стал духовным советником Толедо во время его поездки по стране. Антонио де Вера отзывался о нем как о «безупречном человеке, которого все считают праведником». Епископ Корунья и другие служители церкви «умоляли вице-короля на коленях с большим чувством, пылом и слезами» пощадить Инку, «ибо он был невиновен и не должен умереть той смертью, которая ему уготована. Его следует отправить в Испанию к его величеству. Но вице-король решительно отказался и положил конец ходатайствам и просьбам по этому делу».

Тупака Амару вывели из его тюрьмы, которой был дворец в Колькампате, и повезли вниз по склону горы к главной площади Куско, где был сооружен эшафот. Его руки были связаны, а к шее привязана веревка. Он ехал верхом «на муле, покрытом черной бархатной попоной, а сам он был одет в траурные одежды. Присутствовать при смерти своего Короля и Владыки собралось так много индейцев, что, по словам очевидцев, через улицы и площади можно было протолкаться лишь с величайшим трудом. Так как на земле места уже больше не осталось, индейцы залезали на стены и крыши домов; даже на больших холмах, которые видны из города, было полно народа. Его сопровождали многие знатные господа и большая толпа служителей церкви». Габриэль де Овьедо и Бальтасар де Окампо также вспоминали огромную толпу: «Все открытые места, крыши и окна Карменки и Сан-Кристобаля были настолько заполнены зрителями, что брошенный апельсин не смог бы достичь поверхности земли — так плотно стояли люди». По дороге к эшафоту осужденного охраняли 400 индейцев-каньяри с копьями в руках, и он был «окружен стражей и алебардщиками вице-короля». «Хуан де Сото, главный судебный пристав, отправился верхом с шестом в руках, чтобы расчистить себе дорогу; в бешеной скачке он сбивал с ног и давил людей».