Вдобавок ко всем сокровищам пленники оказались весьма ценными информаторами. Они были «индейцами-манари, союзниками Инки, которых он послал найти своего генерала Уальпу Юпанки и остальных воинов, находившихся вместе с ним». Они рассказали Гарсии де Лойоле, что Тупак Амару «пребывает на территории их племени в местечке под названием Момори в полной уверенности, что испанцы не станут преследовать его так далеко, потому что джунгли здесь очень густые, а спускаться по реке очень трудно из-за водопадов, быстрого течения и порогов». Но Лойола не колебался. «Я построил пять плотов, и с большой опасностью для наших жизней мы — несколько моих солдат и я — поплыли вниз по течению реки. Несколько раз случалось, что мы спасались вплавь». Они углублялись в ливневые леса Амазонии, кишащие насекомыми, где на земле, деревьях и ползучих растениях во множестве живут муравьи и термиты и где путешественников изводят укусы клещей, чигу[4], и они становятся объектами пристального внимания надоедливых мух, липнущих к потному телу. Теперь уже испанцы плыли вниз по реке, которая им была известна как Симапонте. Преследователи переносили все неудобства и опасности спуска по бурной реке. «Наконец, мы достигли Момори, где я узнал, что Инка, прослышав о моей экспедиции, ушел дальше в глубь лесов».

Гарсия де Лойола продолжил преследование, направившись дальше в джунгли. «Когда мы плыли по бурной реке, один местный вождь со многими индейцами вышел сразиться с нами. Используя все свое умение и хитрость, я подружился с ними и склонил их на службу Вашему Величеству». Гарсия де Лойола уговорил своих пленных индейцев-чунчо привести к нему вождя племени манари по имени Испака и сумел расположить к себе этого настороженного индейца при помощи льстивых речей и завуалированных угроз. Лойола «произнес перед ним речь, убеждая его сказать, где находится Тупак Амару. Чтобы еще больше убедить его, он предложил ему какую-то одежду самого Инки и кастильские перья… Но Испака не принял их, сказав, что это будет верхом предательства по отношению к его владыке». Но вождь все-таки выдал кое-что о передвижениях Инки: «Пять дней назад он покинул это место, сел на каноэ и отправился к индейцам-пилькосуни, обитающим в другой провинции в глубинке. Но жена Тупака Амару была испугана и находилась в подавленном состоянии, потому что она вот-вот должна была родить. Оттого, что он так сильно ее любил, он помогал ей нести свое бремя и поджидал ее, делая короткие переходы».

Гарсия де Лойола не колебался ни минуты. Он оставил пятерых солдат охранять добычу и организовывать отправку продовольствия из запасов инков. «Он взял с собой касика Испаку и немедленно отправился в дорогу той же ночью в поисках Тупака Амару… Он вступил в джунгли с 36 солдатами и двинулся по тропе, по которой прошел Инка. За ними двигался их обоз с продовольствием: 10 грузов кукурузы, 5 — арахиса, 3 — сладкого картофеля и 8 — маниоки». В пользу Лойолы было то, что он передвигался очень быстро. «В тот же день между Тупаком Амару и его женой произошел большой спор: он упрашивал ее сесть в каноэ, чтобы они могли путешествовать по воде. Но она очень боялась довериться воде [и отказалась]. Если бы они сели в каноэ и поплыли по реке, их невозможно было бы схватить, ибо они взяли с собой пищу и другие припасы для того, чтобы переправиться на другой берег».

Вождь манари Испака также сказал Лойоле, где он может взять в плен главнокомандующего Инки Уальпу Юпанки. «Его обнаружили в таких густых и непроходимых джунглях, что без подсказки этого сделать было бы невозможно. Лойола захватил его в плен благодаря тому, что он и его солдаты шли через густые заросли ночью с факелами. Пленение этого последнего военачальника было важной победой, так как он, очевидно, пытался присоединиться к своему владыке. Но сам Инка находился все еще на свободе. Индейцы-манари снова помогли европейцам, показав им тропинку, по которой прошел Тупак Амару. Гарсия де Лойола писал: „Я узнал, что Инка Тупак Амару удаляется в ту часть территории племени манари, где джунгли самые непроходимые. Мы шли по ним пешком и босиком с очень небольшим запасом пищи или припасов, так как мы потеряли их на реке“.

К этому времени колонна испанцев прошла почти 50 миль по темным лесным тропам в погоне за своей добычей. «Однажды в девять часов вечера два шедших впереди солдата-метиса, которых звали Франсиско де Чавес и Франсиско де ла Пенья, увидели на некотором расстоянии пылающий костер. Они стали осторожно приближаться к нему, пока не дошли до места, где обогревались Инка Тупак Амару и его жена. Испанцы вышли к ним, но, чтобы не волновать их, проявили учтивость, сказав им, что их племянник Киспе Титу находится в безопасности в Вилькабамбе и с ним хорошо обращаются; что их не подвергнут оскорблениям или дурному обращению; что их двоюродные братья Хуан Вальса и Педро Бустинса находятся здесь с отрядом [испанцев]. Из-за того, что Франсиско де Чавес первым подошел к Инке, а также потому, что он взял несколько дорогих сосудов Инки, он стал известен как „Чавес Амару“. Пока все это происходило, прибыл капитан Гарсия де Лойола с Габриэлем де Лоарте и остальными солдатами, и они арестовали Инку. Всю ночь они были настороже и отправились в Вилькабамбу утром». По утверждению Каланчи, «Тупак Амару предпочел довериться тем, кто разыскивал его, нежели прятаться в джунглях, в которые они загоняли его. Поэтому он сдался испанцам».

Ликование Гарсии де Лойолы было вполне оправданно: «Я захватил в плен Инку вместе со всеми индейцами, которых он вел с собой, вместе с его главнокомандующим и другими военачальниками, женами и детьми». Говоря словами его друга Антонио Баутисты де Саласара, он «был чрезвычайно доволен успешным исходом своей экспедиции и ее добычей». Испанцы в Вилькабамбе также были очень обрадованы и отправили вестового в Куско, чтобы обо всем сообщить вице-королю. Толедо беспокоился, что Инка, возможно, ускользнет от его людей, как это сделал Манко. Так что, когда однажды ночью прискакал всадник с депешами вице-королю, Толедо распорядился провести религиозные обряды, и в течение нескольких дней проходило празднование «успешного конца этого завоевательного похода». Пленный Инка никоим образом не был ни слабоумным, ни беспомощным. По словам Муруа, Тупак Амару был «любезным, благожелательным и рассудительным человеком, а также красноречивым и разумным».

Независимое индейское государство Вилькабамба, которое в течение тридцати пяти лет внушало испанцам благоговейный страх, оказалось пустячным пугалом. Несколько сотен его защитников не позаботились обрубить мост Чукичака и в бессилии наблюдали, как хорошо вооруженная колонна испанцев проходила по нему. Когда дело доходило до сражений, индейцы проявляли достаточно храбрости, но их методы ведения боя не развивались со времени восстания Манко. Они по-прежнему полагались на рукопашный бой, но им не удалось довести до конца ни одно нападение на испанцев после Койяо-чаки. Они мало использовали стрелы своих лесных союзников, а их такая явная западня в Уайна-Пукара была легко обойдена с фланга захватчиками. Самым последним приемом их обороны был побег в джунгли, как это когда-то сделал Манко. Но всякий раз, когда вооруженные отряды испанцев гнались за ними пешком по лесам, они сдавались им без малейшего сопротивления. Это был печальный конец последнего независимого островка великой империи инков.