Экспедиция в Вилькабамбу, завершившаяся победой, прошла через перевал Пантикалья в начале сентября 1572 года, ведя с собой главных вождей Инков. Главнокомандующий Уальпа Юпанки, дядя Тупака Амару, не увидел конца этого путешествия. Во время своего пребывания в джунглях он заразился какой-то болезнью, и у него началось желудочное кровотечение. «Болезнь охватила его, и он умер, не дойдя одной лиги до Куско. И он не стал свидетелем трагедии и горя, которые были уготованы его племяннику Тупаку Амару».

Другие Инки вошли в Куско вместе с колонной испанцев в день Святого Матфея 21 сентября. У ворот Карменки колонна остановилась, чтобы построиться в маршевый порядок. Хуан Альварес Мальдонадо «одной цепью сковал Тупака Амару и его военачальников. Инка был одет в плащ и тунику из малинового бархата, а на ногах у него была обувь из разноцветной шерсти местной выделки. На голове у него была корона или головное украшение под названием маскапайча, с которой на его лоб свисала бахрома. Это был знак королевского отличия Инки». «В день триумфального вступления в город испанцев и их пленников городской совет [Куско] устроил парад всех войск, которые находились в городе… Это было великолепно, но солдаты-завоеватели выглядели лучше в своих боевых доспехах, в которых они воевали в джунглях… Каждый вел какого-нибудь пленника из числа известных Инков… Последним шел капитан Лойола с Инкой Тупаком Амару, которого он вел на золотой цепи, надетой ему на шею», в то время как Киспе Титу был посажен на серебряную цепь.

Вице-король Франсиско де Толедо жил в самом лучшем доме города Куско, который принадлежал одному из богатейших горожан Диего де Сильве-и-Гусману. Вице-король «наблюдал за всем, за чем только он пожелает, из окна, оставаясь незамеченным», но Лойола прекрасно понимал, что он находится там. Он приказал всем пленникам снять с головы головные уборы, а Тупаку Амару — его маскапайчу, когда они будут проходить мимо этого окна. Они отказались выполнить этот приказ, но вместо этого дотронулись до своих льяуту и поклонились невидимому наблюдателю. Два хрониста отметили, что Лойола выпустил из рук золотую цепь и ударил своего венценосного пленника за неповиновение. После того как Толедо «вкусил сладость завоевания», он приказал, чтобы пленников заточили в «великолепные роскошные здания» дворца Карменка. Не так давно дворец был конфискован у сына Паулью Инки Карлоса, чтобы Толедо мог превратить его в крепость. Когда там в заключении находился Тупак Амару, его использовали в качестве казарм для городской стражи, а дядя вице-короля Луис де Толедо был его смотрителем.

Покорители Вилькабамбы принесли с собой мумифицированные тела двух Инков, которые до этого умерли в этой провинции, Манко и Титу Куси. А также они доставили знаменитое изображение Солнца Пунчао, которое являлось олицетворением происхождения королевского дома Инков от самого Солнца. Теперь испанцы желали завершить унижение религии Инков, уговорив Тупака Амару последовать примеру своих братьев, принявших христианство. Задача познакомить его с христианским вероучением была возложена на двух монахов ордена Милосердия Мельчора Фернандеса и Габриэля Альвареса де ла Карреру. Оба были известны своим великолепным владением языком кечуа, «на котором они говорили так хорошо, что превосходили даже самих инков», и как учителя они «так хорошо знали свое дело, что кормили Инку с ложечки». Им в помощь были приданы такие известные служители церкви, как иезуиты во главе с Алонсо де Барсана, который «не отходил от него [Инки] ни днем ни ночью», и Кристобаль де Молина, который возглавлял больницу Богородицы Исцелительницы и являлся знатоком туземной религии. Настоятель доминиканского монастыря Габриэль де Овьедо также утверждал, что лично он вместе с двумя монахами его ордена приложил руку к ознакомлению Инки и его ближайшего окружения с основами христианского вероучения.

Эта внушительная армия духовников, стремящихся обратить Инку в новую веру, достигла быстрого успеха. «Было поразительно обнаружить, что язычники — и особенно это касается Тупака Амару, — которых никогда не обучали нашей святой католической вере, проявят такой ум в ее понимании. Через три дня они знали все, что им было необходимо для того, чтобы принять крещение. Они не только достигли таких хороших результатов, но и настаивали на том, чтобы каждый день мы обучали их еще и еще». Обучение в виде ответов на вопросы религиозного характера происходило в тюрьме. Инка принял крещение и получил христианское имя Педро.

Нетерпеливое желание Инки стать христианином, возможно, возникло из ощущения, что силу этой религии подтверждают успехи испанцев. Но он, вероятно, надеялся, что, приняв христианство, смягчит суровость своих тюремщиков в отношении себя. Иезуит Антонио де Вера писал, что Инка «не покидал [монахов] ни на минуту, ибо, по его словам, его утешение и спасение пребывало с ними». А другие пленные инки сказали Габриэлю де Овьедо, что, «хоть им и суждено быть убитыми, они хотят стать христианами и умереть христианами». Ведь Тупак Амару и его товарищи по несчастью вскоре поняли, что их жизни грозит опасность. В отчаянии они хватались за все, что только могло спасти их: христианская вера обещала вечное спасение, а при нынешних обстоятельствах она, возможно, даст им и немедленное физическое спасение.

Вице-король Толедо с большой настойчивостью торопил начать суд над пленниками. Он пришел к четкому убеждению, что последние крупицы империи инков должны быть уничтожены. Его расспросы старых индейцев, а также написанная по заказу «История» Сармьенто де Гамбоа укрепила его во мнении, что инки сами в недавнем прошлом были завоевателями и у них не больше прав на властвование в Перу, чем сейчас у испанцев. У него не было времени сентиментально восхищаться образом жизни инков или испытывать чувство вины за его крушение. Он был озабочен скорейшей интеграцией коренного населения в колониальное общество и установлением полуфеодальных отношений между креолами и местным населением, которые в значительной степени сохранились до середины XX века. Во всем этом не было места для автономных анклавов инков; да и ни к чему было сохранять коренному населению формальных лидеров, которые могли бы как-то влиять на него. Поэтому за несколько дней Толедо принял решение, на которое у Елизаветы Английской ушло девятнадцать лет: два монарха различного вероисповедания не могут существовать в одной и той же стране.

Придя к такому заключению, Толедо понял, что его удар должен быть быстр и безжалостен. Жители Куско были рады, что их избавили от внушающей страх Вилькабамбы, и в честь победы были устроены широкие празднования. От городского совета вице-королю пришло восхищенное послание: «Этот последний завоевательный поход, который ваше превосходительство провел в монтанье Вилькабамбы, „…“ был направлен на устранение самой большой помехи, какую только можно себе представить. Местность, покрытая густыми джунглями, была настолько труднодоступна, что… [ее завоевание] начало казаться невозможным всем вице-королям и губернаторам, которые обсуждали или изучали этот вопрос, особенно принимая во внимание неудачи испанцев в тех двух-трех предыдущих случаях, когда они предпринимали нападения на нее».

Никто в Куско не испытывал сочувствия к воинственным инкским полководцам, которые попытались возглавить оборону Вилькабамбы. Мартин Гарсия де Лойола отзывался о Кури Паукаре как о «главном агрессоре в той войне». Кури Паукар и его соратники узнали, что на них лежит «вина за войну», и было проведено суммарное судопроизводство, во время которого, похоже, ничего не было сказано в их защиту. Обвинитель д-р Габриэль де Лоарте очень быстро приговорил военачальников к повешению. «Приговор был приведен в исполнение. Военачальников вели на казнь по улицам, а городской глашатай перечислял их преступления. Трое из них умерли обычной смертью, а двое на виселице. [Трое пленников] заразились в тюрьме болезнью и были на последнем издыхании. Несмотря на их болезненное состояние, их в одеялах вывели, чтобы исполнить букву закона, так как они были убийцами. Но двое других, Кури Паукар и индеец-уанка, заплатили за все, будучи повешенными на виселице».