Куропаткин полностью потерял последнюю возможность разбить Ойяму до подхода подкреплений. Русские потери составили около 12 000 чел., из которых 7 000 пришлось на I Сибирский корпус, японские — около 9 000 чел.{1916}. 2-я армия растянулась в линию без резервов за ней. Командование своими конфликтами и перестановками подарило 10 дней противнику и вместо удара по тылам противника наступление встретило хорошо организованную оборону{1917}. При отсутствии налаженной штабной системы управления войсками вмешательство Главнкомандующего в управление ими через голову их непосредственных начальников приводило к путанице, беспорядку и поражениям. Прав оказался командующий Сибирским Военным округом ген.-л. Н. Н. Сухотин, когда после назначения командующих 1-й, 2-й и 3-й Манчжурскими армиями Каульбарса с назначением командиром роты, а на его удивление объяснил, что в Манчжурии будет три ротных командира — Каульбарс, Линевич и Гриппенберг, с батальонного уровня начинается командование Куропаткина{1918}. Эта система управления привела в полное расстройство и штаб Главнокомандующего и управление некоторыми армиями{1919}. Надежная система управления русскими армиями в Манчжурии так и не была налажена, что вскоре привевело их к тяжелому поражению.

К началу февраля 1905 г. в Манчжурских армиях числилось 377,5 батальонов(276 тыс. штыков), 144 эскадрона и сотни(15 727 шашек и сабель), 11,75 батальонов инженерных войск(2 144 чел.), 1089 полевых орудий, 178 осадных и поршневых орудий, 78 мортир и 56 пулеметов{1920}. С подходом армии Ноги японская группировка под Мукденом стала насчитывать 270 000 чел. при 1000 орудиях и 254 пулеметах. Главнокомандующий опасался за сохранность железной дороги в тылу. Перед самым началом сражения два японских эскадрона по 100 отборных кавалеристов в каждом совершили из района Ляояна рейд в глубокий тыл русской армии. Один из них 12 февраля взорвал настил железнодорожного моста недалеко от станции Фанцзянтунь (отремонтирован через 17 часов), приблизительно в 120 километрах севернее Сыпингая, другой 18 февраля совершил набег на станцию Яомынь, в 270 километрах от Сыпингая. Заметить или разбить эти мизерные силы войска, охранявшие тыловые коммуникации, не смогли. Японцам удалось уйти от довольно энергичного преследования.

В штаб Главнокомандующего немедленно поступили панические сообщения — один из японских эскадронов был оценен как отряд в 4 эскадрона, 4 роты пехоты, посаженные на коней, 3000 хунхузов. Хунхузы действительно постоянно нападали на русские железные дороги, иногда их небольшие, как правило, отряды, действительно собирались в значительные по численности банды. Однако они никогда не выдерживали столкновения с частями русской армии, пусть и уступавшими им по количеству. Всего за время боевых действий было отражено 110 нападений на КВЖД. Но после набегов двух эскадронов противника общая угроза коммуникациям в русском штабе была оценена в 30 000 человек. В результате к охранявшему железную дорогу Заамурскому корпусу пограничной стражи Куропаткиным были прибавлены еще 25 000 при 36 орудиях. Вообще перед Мукденом Транссиб охранялся вплоть до мостов через Волгу. В Манчжурии на версту железной дороги приходилось по 28 человек охраны, эта численность постепенно сокращалась по направлению на запад, доходя до 2–3 человек у Волги{1921}. Японская кавалерия отвлекла значительные силы с фронта ценой нескольких раненых, она имела все основания гордиться таким результатом{1922}. После этого набега сообщения о формировании японо-хунхузских отрядов для нападения на железную дорогу в тылу стали восприниматься весьма серьезно. Оценка численности таких отрядов колебалась от 500 до 10 тыс. чел.{1923}.

Почти на каждую угрозу — реальную и воображаемую Главнокомандующий реагировал по привычке — суетливо и сумбурно. До подхода армии Ноги из-под Порт-Артура японцами был распущен слух о ее возможном движении к Владивостоку. Немедленно последовало решение Куропаткина — создать сводную бригаду, сняв по роте из каждого полка 1-й армии. Новая импровизированная часть была направлена во Владивосток для создания там новых частей{1924}. Значительная часть армии, таким образом, была фактически выведена из строя импровизирующим Главнокомандующим. В ближайший тыл была выведена 4-я Донская казачья дивизия и 2-я бригада 41-й пехотной дивизии XVI Армейского корпуса — всего 12 батальонов, 8 эскадронов, 34,5 сотни (окло 10 тыс. чел.), 24 пеших и 12 конных орудий.{1925} «Таким образом, — справедливо отмечал исследователь японской кавалерии, — 300 всадников отвлекли в решительную минуту от решительного пункта по крайней мере 8000 бойцов, а, чего доброго, и 20 000. Японская конница имела полное право гордиться таким блестящим результатом»{1926}. К этому можно добавить — как и японское командование, которое управляло своими войсками по другому…

По свидетельству ген.-л. Танаки, бывшего во время войны адъютантом маршала Ивао Ойямы, во время битвы под Мукденом, в японском штабе не было никакого возбуждения. К началу сражения штабная работа в основном была закончена и большую часть битвы маршал и начальник его штаба Кодама Гентаро играли в крокет, отрываясь на несколько минут для небольших изменений. Также спокоен был и Куроки во время Ляоянского сражения. Разговаривая после Мукдена британским журналистом, попавшим в японский плен вместе с русскими, он высоко отозвался только о качестве русского солдата. Ни один из генералов армии противника не вызвал его интереса: «Они все на одном уровне»{1927}.