В 1913–1917 гг. произошло ослабление департамента полиции и укрепление Отдельного корпуса жандармов, который получил большую свободу действий. Отчасти это было результатом реформ В. Ф. Джунковского, а отчасти того, что в эти годы на посту начальника штаба корпуса находился один и тот же человек – Владимир Павлович Никольский, в то время как в руководстве департамента полиции сменилось шесть директоров. Набор задач, поставленных перед жандармерией, был столь велик и многообразен, а численность личного состава столь незначительна, что корпус по определению не мог выполнить одинаково качественно весь возложенный на него спектр обязанностей. Жандармерия являлась одновременно и политическим сыском, и контрразведкой, и военной полицией, и полицией нравов, железнодорожной полицией, в определенных случаях должна была выполнять функции внутренних войск.

Законодательно запутанная система подчиненности территориальных органов политического сыска осложнялась нежеланием многих жандармских офицеров подчиняться каким-либо другим инстанциям, кроме штаба корпуса и департамента полиции. На практике охранные отделения подчинялись лишь ДП МВД и губернаторам, ГЖУ – департаменту полиции, штабу ОКЖ, а также местному воинскому начальству на театре военных действий; жандармские офицеры, служившие в контрразведывательных отделениях и крепостных жандармских командах – военному начальству. Сам штаб корпуса, будучи мобилизованным в начале войны, был вынужден лавировать между, с одной стороны руководством МВД, а с другой – военным начальством в лице ГУГШ, Военного министерства и Ставки. Отсутствие четкой системы соподчинения было напрямую связано с неопределенностью статуса жандармской службы, а также с отсутствием у императора единообразного понимания направления и характера работы политического сыска.

Негативное влияние на работу политического сыска оказывала практически полная безучастность императора Николая II к органам безопасности. Яркий пример этого – как с разницей в шесть лет сначала в беседе с П. Г. Курловым он воспретил вводить внутреннюю агентуру в войсках, а потом, в конце 1916 г., по докладу А. Д. Протопопова одобрил ее введение. Если до 1913 г. имелось некое единство во мнениях руководства МВД и политического сыска, что проявилось в создании межведомственного проекта реформы полиции, то преобразования 1913–1914 гг. разрушили это единство. На практике после П. А. Столыпина и А. А. Макарова большинство министров внутренних дел или мало интересовались работой политического сыска, или просто ничего в ней не понимали (Н. А. Маклаков, Б. В. Штюрмер, А. Д. Протопопов). В этих условиях всё зависело от товарища министра внутренних дел, заведующего полицией, а не от непосредственного руководства сыска. Органы политической полиции не имели возможности регулярного прямого доклада императору.

Политический сыск к началу Первой мировой войны не сформировался как отдельная отрасль государственной службы, не имел единообразия в своей внутренней организации. Вся система органов безопасности нуждалась в срочной и коренной реформе, которая должна была унифицировать и слить воедино разрозненные территориальные подразделения, окончательно определить круг обязанностей чинов розыска, снять с них не свойственные политической полиции функции (борьба с мелкой уголовной преступностью, подавление массовых беспорядков и т. п.), придать большую самостоятельность, повысить статус в бюрократической системе империи.

Приход к власти Маклакова и Джунковского лишь усугубил ситуацию. Не разбираясь в вопросах розыска, министр доверил все своему заместителю, который был также совершенно некомпетентен в работе политического сыска. Проведенные Джунковским реформы нанесли тяжелый удар по безопасности политического режима. Были ликвидированы доказавшие свою эффективность органы сыска, в разы сокращено финансирование политической полиции, ослаблены аналитические структуры, разгромлено сильнейшее Петербургское охранное отделение и связанные с ним структуры, уволены талантливые руководители полиции (С. П. Белецкий, С. Е. Виссарионов, М.Ф. фон Котен). Было произведено численное сокращение агентуры – как филёров, так и секретных сотрудников. Заморожена работа на наиболее новых и перспективных направлениях сыска: контроль над армией, введение превентивных методов борьбы, выработка мер по предотвращению революции. Наконец, в рамках обсуждения в комиссии Государственной думы реформы полиции Джунковский поддержал идею снятия с жандармерии права дознания по государственным преступлениям и передачу функций политического сыска общей полиции или юристам. Реализация этой меры могла привести к полной ликвидации системы органов государственной безопасности, превращению их остатков в фарс. Преобразования в сыске были приостановлены в связи с провалом проекта реформы полиции в Думе.

Джунковский на посту товарища министра внутренних дел и командира корпуса жандармов руководствовался, прежде всего, принципом бюрократического лавирования, идя на беспрецедентные уступки различным силам – губернаторам, парламентской оппозиции и военным. Джунковский сломал сложившуюся в 1902–1912 гг. систему политического розыска, но не создал (или не успел создать) ничего ей на замену. Основной целью его было ослабление департамента полиции и вообще сыскных структур. Несмотря на то что отдельные его преобразования логично вписывались в общую направленность работы сыска предыдущих лет, большинство из них ломали только формирующиеся и набирающие силу структуры.

Крупнейшей ошибкой с точки зрения безопасности политического режима была ликвидация секретной агентуры из нижних армейских чинов. В 1910‐е гг. изменилась тактика революционеров в армии. Если ранее целью организаций было проведение выступлений в воинских частях, то теперь эсеры и социал-демократы полагали необходимым создавать постоянные мощные ячейки, которые должны были концентрировать силы, но не проводить единичных акций, а ориентироваться на всеобщее восстание в стране. Расчет состоял в том, чтобы начать мятеж в тот самый момент, когда войска понадобятся властям для подавления народных выступлений. Система военной агентуры к 1913 г. была еще слаба и мало развита за исключением отдельных управлений, она только создавалась, и ее запрет ослабил обороноспособность режима перед угрозой надвигавшейся революции. Реформа была проведена вопреки воле военного руководства и департамента полиции. Несмотря на то что летом 1916 г. агентура была возрождена, это было результатом вынужденной уступки со стороны командования армии. Восстановление произошло только в тыловых районах, в то время как Петроградский гарнизон формально относился к театру военных действий и политический сыск был не в состоянии полноценно его контролировать, даже не был подробно осведомлен о настроениях в нем.

В 1912–1913 гг. накануне назначения Джунковского руководство полиции и жандармерии пришло к двум важным выводам: революция в виде массового вооруженного восстания неизбежна и состоится в ближайшие годы; она может произойти при активном участии и поддержке войск – не только нижних чинов, но и офицерского состава, по типу революций в Турции (1909 г.) и Португалии (1910 г.). В связи с последним наибольшее опасение вызывала так называемая «младотурецкая» группа генералов, находящаяся в тесном контакте с Государственной думой и лично А. И. Гучковым. Опереться на общество становилось сложно в силу оппозиционности самодержавному режиму значительной части образованного населения империи.