Зимой 413/12 г. Спарта вела приготовления к кампании, которая, по мнению большинства людей, должна была завершить войну. Агис, действуя из Декелеи, собирал деньги с союзных и нейтральных государств центральной Греции, спартанское правительство приказало построить союзный флот из 100 трирем. Эвбея, Лесбос, Хиос и Эритры готовились к восстанию, а два сатрапа в прибрежных районах Малой Азии – Фарнабаз на севере и Тиссаферн на юге – обещали содействие. Спартанцы решили поддержать Хиос, который обладал флотом из 60 кораблей, и вступить в переговоры с Тиссаферном; но они и их союзники действовали так медленно, что афиняне узнали об их планах и заблокировали первую пелопоннесскую эскадру из 21 триремы, которая не осмелилась отойти от побережья Эпидавра. Тем временем Алкивиад, непрестанно понукавший спартанских эфоров, и спартанский полководец Халкидей с пятью кораблями пересекли море и подняли на восстание Хиос, Эритры, Клазомены, а потом и Милет. После этого Халкидей от имени Спартанского союза заключил договор с Дарием, по которому Спарта признавала «наследственные владения царя царей», и обе стороны обязались сообща вести войну с Афинами. Затем восстание распространилось на Лесбос, а до Хиоса добрались еще четыре триремы с Пелопоннеса. Эти триремы входили в эскадру, которая прорвалась через афинскую блокаду у побережья Эпидавра. С ними прибыл еще один спартанец – Астиох. Он взял в свои руки верховное командование и сообщил, что скоро прибудет основной пелопоннесский флот.

Пока пелопоннесцы неторопливо пытались захватить инициативу, афиняне лихорадочно вели приготовления: строили корабли, сокращали расходы на управление государством и укрепляли Сунион, чтобы обеспечить защиту кораблям снабжения. На период кризиса десять престарелых политиков, включая Гагнона и поэта Софокла, были назначены советниками (probuloi). Весной 412 г. у Афин имелось 27 трирем в Навпакте и 21 трирема в родных водах, в том числе 7 с Хиоса. Основной целью Афин было предотвратить соединение вражеских эскадр; одна из них была успешно заблокирована у побережья Эпидавра, но вторая прорвалась из Сицилии в Коринф. Когда восстал Хиос, Афины воспользовались резервным фондом в тысячу талантов; команды для кораблей они набирали, едва те сходили со стапелей.

В восточной части Эгейского моря наибольшее стратегическое значение имел остров Самос. Он располагался на кратчайшем пути из Греции в Ионию, на линии коммуникаций между Спартой и Хиосом, а после восстания в Милете – между двумя основными районами восстания. Остров охраняла первая афинская эскадра, насчитывавшая всего 8 кораблей. Когда их количество возросло до 30, часть экипажей поддержала кровавую революцию на Самосе, в ходе которой была свергнута власть высших классов и установлена демократия. Афины обещали Самосу полную автономию, надеясь таким образом обеспечить лояльность демократов в других подчиненных государствах. Затем афиняне блокировали Милет, восстановили свою власть в Митилене и Клазоменах и разорили остров Хиос. В конце лета 48 кораблей, включая транспорты, и гоплитское войско из тысячи афинян, 1500 аргивян и тысячи союзников отбыли из Афин и высадились под Милетом. Отряд милетян и пелопоннесцев сделал вылазку, чтобы соединиться с персидским войском из наемной пехоты и туземной конницы под командованием Тиссаферна, но был разбит афинянами, которые приготовились к осаде города.

В этот момент прибыл главный пелопоннесский флот, насчитывавший 33 корабля из Пелопоннеса и 22 из Сиракуз и Селинунта. Афинский командующий Фриних благоразумно отступил от Милета на Самос, где афинские эскадры могли переждать наступающую зиму 412/ 11 г. Аргосское войско, понесшее под Милетом большие потери, недовольное вернулось домой, и Аргос больше не принимал активного участия в войне. За зиму оба флота получили подкрепления. Пелопоннесцы получили от персов деньги на жалованье экипажам и пополнили свои фонды, разграбив Ясус и продав его жителей Тиссаферну. Почувствовав себя несколько сильнее, они заключили с Персией второй договор, в котором персидские требования были отражены более расплывчато и содержалось обязательство Персии оплатить все расходы. Однако этот договор был отвергнут Лихасом, представителем одиннадцати спартанских уполномоченных, который прибыл к Астиоху как советник. В итоге последовал открытый разрыв с Тиссаферном, спартанцы захватили важный остров Родос и перерезали торговый путь из Египта в Афины. Афиняне тем временем прилагали все усилия, чтобы подавить восстание на Хиосе, но безуспешно. Одновременно они прикрывали Геллеспонт, через который шла подавляющая часть афинского импорта продовольствия с Черного моря. Баланс морской силы практически сравнялся, и пелопоннесцы могли улучшить свое положение, лишь снова заключив союз с Персией.

Алкивиад, игравший столь активную роль при начале операций в восточной части Эгейского моря, столкнулся с недоверием спартанцев и ненавистью Агиса, чью жену он соблазнил в Спарте. Поэтому он переметнулся к персам. На встрече с царем царей и Тиссаферном он настаивал на том, что следует дать грекам измотать друг друга войной; пелопоннесский флот нужно финансировать очень экономно, чтобы Спарта не могла к своему военному превосходству добавить еще и морское превосходство. Продемонстрировав свое влияние при персидском дворе, Алкивиад создал у обеих сторон впечатление, что он может управлять их судьбами, так как и афиняне, и Спарта поняли, что войну выиграет тот, кто будет распоряжаться персидскими деньгами и финикийским флотом. Поэтому когда Алкивиад дал знать афинским триерархам и самосским лидерам, что, если в Афинах будет установлена олигархия, он готов вернуться и обратить свою дружбу с Тиссаферном к их пользе, они с готовностью приняли его предложение и отправили к нему представителей, чтобы обсудить с ним планы. После их возвращения возникла группа заговорщиков; с предложением Алкивиада ознакомили моряков, и те не возражали, искушенные перспективой персидских субсидий. Но на секретном совещании полководец Фриних выразил подозрение к Алкивиаду и неверие в его обещания. Однако остальные не отказались от своих планов и отправили в Афины Писандра и еще нескольких человек для подготовки к установлению олигархии и возвращению Алкивиада. В Афинах Писандр столкнулся с сильной оппозицией, но утихомирил ее, заявив, что выживание страны – вопрос более важный, чем ее государственное устройство, и что для победы необходим союз с Персией. Тогда его и еще десятерых послали вести переговоры о союзе с Алкивиадом и Тиссаферном. Народное собрание неохотно приняло их условия: установить в Афинах олигархию и отменить смертный приговор Алкивиаду. Кроме того, Писандр убедил народное собрание сместить Фриниха, чья враждебность к Алкивиаду могла расстроить грядущие переговоры.

Затем Писандр и остальные послы отправились к двору Тиссаферна. Но там их ждало жестокое разочарование. Алкивиад, выступавший как представитель Тиссаферна, подозревал, что Тиссаферн не собирается изменять Спарте ради Афин. Поэтому он выдвинул такие непомерные условия, что афинские послы прервали переговоры. После этого Тиссаферн в апреле 411 г. заключил третий, окончательный пакт со Спартанским союзом. Две державы обязались совместно вести военные действия и мирные переговоры с Афинами. Тиссаферн должен был обеспечивать финансирование пелопоннесского флота до тех пор, пока в действие не вступит финикийский флот; все средства, которые Тиссаферн предоставил бы после этого, подлежали возврату по окончании войны. «Все земли царя в Азии принадлежат царю, и он поступает со своими землями так, как ему заблагорассудится». Пакт оставался в силе до конца войны. Поскольку он основывался исключительно на соображениях выгоды, ни одна из сторон не намеревалась соблюдать его в той мере, в какой это не диктовалось соображениями выгоды. Хоть Спарта и обещала продать свободу греческих государств в Азии (а афинские послы за персидскую помощь готовы были обещать еще больше), но эта продажа была чисто номинальной, лишь до окончания войны, и пелопоннесцы немедленно начали получать от Персии субсидии.