В декабре 1573 года эти петиции попали к королю, который приказал немедленно провести полное расследование действий Лоарте. Постоянно проживающий в Лиме судья Санчес Паредес составил список вопросов, для ответов на которые было вызвано более 50 свидетелей. Роберто Левильер обнаружил протокол этого процесса в архиве Индий: текст состоит из более чем 3 тысяч рукописных страниц. Большинство свидетелей согласились с тем, что были моменты, когда перевод искажался, и были моменты, когда свидетелей запугивали. Д-р Лоарте стал энергично защищаться. Он признал, что, когда Дон Гарсия Ингиль Топа упорствовал в нежелании раскрыть связь между Инкой в Куско и Инкой в Вилькабамбе, о которой он обязан был знать, «возникла необходимость пригрозить пыткой… в результате которой он сказал правду… Закон допускает это в таких серьезных делах или когда речь идет об измене». Но аргументы д-ра Лоарте не имели успеха. Когда магистрат, проводивший опросы, отослал все страстные обвинения и контробвинения в Испанию, на Лоарте был наложен ряд крупных штрафов. Он судил, основываясь на зыбких доказательствах, использовал сомнительные методы ведения дел и вынес приговор с чрезмерной суровостью.

В начале 1574 года король отменил приговоры, вынесенные знатным Инкам. Толедо был в ярости. Он принял твердое решение избавить Куско от Инков и был убежден, что их возвращение к власти будет представлять собой постоянную угрозу правлению испанцев. Он написал одному из своих друзей, что «это королевское послание относительно приговора, который я вынес Дону Карлосу, Дону Фелипе и другим мятежным Инкам из Вилькабамбы, может причинить больше вреда и ущерба в этой стране, чем что-либо другое». Толедо также получил мягкий упрек от короля Филиппа, который написал, что, хотя он и доволен результатами похода на Вилькабамбу, «некоторые подробности, касающиеся казни, уж лучше бы опустили».

Человеком, который выиграл больше всего от снисходительности короля, был Инка Карлос. Он возвратился в Куско, чтобы вновь стать самым состоятельным представителем индейской знати. Никто не боялся, что Карлос когда-нибудь нанесет «вред и ущерб» чему-нибудь испанскому. Вся его энергия была направлена на заботу о своих поместьях, на которых фактически в качестве чернорабочих трудились многие из его незаконнорожденных братьев. Они — в отместку — ухватились за ссылку Карлоса, чтобы ходатайствовать о предоставлении им доли в собственности их отца, доказывая, что королевским указом все сыновья Паулью были признаны законными. Но суд выяснил, что согласно завещанию Паулью оставил свои богатства только Карлосу и Фелипе, сыновьям от жены, брак с которой был скреплен христианским обрядом. Таким образом, Карлос продолжал господствовать над своими незаконнорожденными братьями. Ему даже удалось приобрести участок земли рядом с Колькампатой, который был завещан его законному брату Фелипе. После своего возвращения он прожил восемь лет, с жадностью скупая поля, террасы и пастбища вокруг Куско. В феврале 1582 года Карлос написал завещание. В нем он жаловался на то, что Толедо отнял у него несколько акров земли и ничем так и не возместил убытки. Карлос оставил кое-что своей старой матери, вдове Паулью Донье Каталине. Но он ни словом не упомянул в завещании ни о своем королевском происхождении, ни вообще о своих перуанских корнях: завещание Карлоса ничем не отличалось от завещания любого испанского собственника.

Другие высокопоставленные изгнанники: Дон Алонсо Титу Атаучи, Дон Диего Кайо и Дон Агустин Конде Майта, очевидно, вернулись в Куско одновременно с Инкой Карлосом и его братом Фелипе. Кайо и Конде Майта так и не покинули высокогорье, потому что Толедо выслал их в Кахамарку и Уамачуко, расположенные в северной сьерре. Мартин де Муруа писал, что Титу Атаучи умер от лихорадки вскоре после своего возвращения в Куско из Лимы, где он провел два года. Его сын Алонсо Титу Атаучи, последний обладатель титула главного алькальда четырех суйю, умер в Потоси в 1610 году.

Гарсиласо де ла Вега внес путаницу, драматизируя историю ссыльных Инков. Он написал, что 36 человек были сосланы в Лиму и от перемены климата «спустя чуть более двух лет 35 из них умерли, включая двоих детей». Это было чепухой, вымыслом с намерением показать, что сын Инки Карлоса Мельчор Карлос был единственным, кто уцелел из королевской семьи Инков. На самом деле, насколько это сейчас известно, никто из изгнанников не умер в течение двух лет после отъезда из Куско, в Лиме о них заботились многочисленные враги Толедо, вставшие на их защиту.

Не удовлетворившись этим преувеличением, Гарсиласо перепутал нападки Толедо на королевскую семью Инков с тем имевшим место несколько ранее наказанием, которому Кастро подверг в 1567 году метисов-заговорщиков. Гарсиласо встретился с двумя из метисов-мятежников, когда они оказались в Испании. Это были Хуан Ариас Мальдонадо и Педро дель Барко. Их рассказ превратился в его воображении в массовую высылку «всех метисов, которые только были в Куско, в возрасте от двадцати лет, способных носить оружие». Он обвинил Толедо в том, что тот навлек на них «долгую и мучительную смерть, которой для них было изгнание в различные части Нового Света». Сэр Клементе Маркхэм истолковал это замечание в том смысле, что тысячи метисов, «эти подающие надежды счастливые парни», были отправлены «умирать в болота Дарьенского залива или в студеные пустыни южной части Чили». Четыре метиса, которые инспирировали это преувеличение, на самом деле жили с достаточным комфортом в Испании. Вицекороль Толедо даже написал председателю Совета по делам Индий, взывая о снисхождении по отношению к другу Гарсиласо Хуану Ариасу Мальдонадо. В результате Хуан Ариас получил разрешение вернуться в Перу и вступить во владение огромным наследством, оставшимся ему от отца. Перед своим отъездом он жил у Гарсиласо и уговорил историка расстаться со всем имевшимся у того белым полотном, разноцветной тафтой и конем. За все это тот должен был получить щедрую компенсацию, как только Мальдонадо достигнет Перу. Но Гарсиласо де ла Вега так и не получил ничего: через три дня после высадки на северном побережье Перу Хуан Ариас Мальдонадо умер «просто от радости, что очутился снова на своей родной земле». Его двоюродный брат Кристобаль Мальдонадо также ходатайствовал, чтобы ему разрешили вернуться в Перу. В конце концов, такое разрешение он получил, и его повторное появление вызвало большое замешательство у девушки, которую он изнасиловал несколькими годами раньше: у Беатрис Клары Койи.

Тайна, окружавшая Инков, укоренилась слишком глубоко, чтобы ее мог одним махом уничтожить один решительный вицекороль. Но хотя оставшиеся Инки получили назад свою собственность и сентиментальные воспоминания об имперском прошлом продолжали процветать, королевский дом Инков потерял свою власть навсегда.

Хотя с независимостью Инков было покончено раз и навсегда, потомки различных ветвей королевской фамилии продолжали жить в XVII и XVIII веках. Нельзя не восхищаться, отслеживая различные по величине состояния, которых удалось добиться наследникам детей Уайна-Капака — Атауальпы, Манко, Паулью и Инес Уайльяс. Многие из их наследников искали богатства или положения в обществе, но именно потомки Сайри-Тупака и Тупака Амару, законных сыновей Манко, в конечном счете добились наибольших успехов.