Попытка вице-короля искоренить религию инков не ограничилась уничтожением самого Инки и священных реликвий. За те недели, когда был провозглашен поход на Вилькабамбу, Толедо сообщил королю свои предложения: «Теперь, когда с теми, кто находился в Вилькабамбе, покончено, следует истребить семя самих Инков в этом королевстве». И он объяснил, как он сделает это. «Будет достаточно наказать всех Инков за то, что они были вовлечены в заговор с целью поднять восстание. Наберется, наверное, около 300 человек, имеющих родственные связи с семьей Инков, которые хранят память о них». Для Толедо, пребывающего в то время в агрессивном расположении духа, хороши были любые средства. Искоренение семьи Инков было логическим продолжением того подрыва их божественных прав, который был начат посредством показаний. Толедо совершенно верно увидел, что на грядущие века миф об Инках станет воодушевлять индейцев на восстания, — на самом деле так оно и было. Но очень тревожно наблюдать, как человек, который является таким приверженцем законности, заявляет о своем намерении, а затем изыскивает юридические средства его исполнения.

Первой жертвой кампании по искоренению рода Инков стал потрясенный Инка Карлос. В мае 1572 года он и его брат Фелипе были внезапно арестованы и предстали перед судом. Это был жестокий удар для Карлоса, человека, который гордился своими испанскими манерами и женой-испанкой, который относился к Толедо как к своему куму, крестному отцу своего сына Мельчора, и который написал королю Филиппу: «В течение многих лет я страстно желаю явиться к Вашему королевскому двору, чтобы поцеловать королевские руки и ступни Вашего Величества». Прошло всего несколько недель с тех пор, как вице-король с такой похвалой отозвался о лояльности Карлоса, когда были представлены панно. Теперь Карлоса лишили всех его богатств и владений, включая дворец Колькампату, и бесцеремонно заключили в тюрьму. Со своей стороны Толедо был рад заполучить этот дворец. С воодушевлением он написал королю, что «дворец занимает самое большое и лучшее место, какое только можно себе вообразить, чтобы из него держать под артиллерийским обстрелом этот город и каждый дом в нем». Вскоре он стал превращать Колькампату в крепость в испанском стиле с амбразурами, артиллерией и гарнизоном. Он лично продиктовал подробные директивы относительно охраны, содержания и обслуживания крепости. Он хотел, чтобы она была похожа на те крепости, при помощи которых Испания властвовала в своих фламандских и африканских владениях. Он даже устроил так, чтобы настроенные против Инков племена каньяри и чачапояс перебрались на жительство в Куско, в приход Сан-Кристобаль в районе Колькампаты.

Вместе с Карлосом были арестованы трое видных Инков королевской крови: Дон Алонсо Титу Атаучи, Дон Диего Кайо и Дон Агустин Конде Майта; а также двое касиков: Педро Гуамботонго и Франсиско Туйру-Уальпа. Это были важные фигуры, по происхождению уступавшие лишь Инке Карлосу, которые так же, как и он, с готовностью сотрудничали с испанцами и перенимали их образ жизни. Алонсо Титу Атаучи был человеком, которого Каньете удостоил передаваемым по наследству титулом главного алькальда четырех суйю и который пользовался королевскими привилегиями. В равной степени внушительной была фигура семидесятилетнего Дона Диего Кайо, который в течение тридцати лет пользовался большим уважением в обществе Куско и чей отец «был вторым человеком Уайна-Капака» и наперсником Уаскара. Оба эти человека являлись главными свидетелями Толедо и «Истории» Сармьенто де Гамбоа. Вероятно, они были так же потрясены и разгневаны внезапными и неоправданными действиями Толедо, как и Инка Карлос.

Обвинения, выдвинутые против этих людей, были очень нечеткими. Они «вступили в союз с теми, кто прятался в Вилькабамбе, и чинили препятствия их мирному выходу [на территорию Перу]». В дальнейшем их обвинили в проведении тайных встреч, подготовке оружия и поддержании связи с Инкой, находившимся в Вилькабамбе. Судьей на их процессе был агрессивный д-р Лоарте, действовавший непосредственно по указанию вице-короля, который принял на себя полномочия главнокомандующего на период военного времени. Одним из свидетелей против Карлоса была дочь Манко Мария Куси Уаркай. Она не могла не воспользоваться такой возможностью отомстить сыну Паулью, который во многом стал похож на испанца. Она обвинила его в поддержании связей с Вилькабамбой, хотя было в высшей степени маловероятно, чтобы какой-нибудь Инка оттуда стал бы иметь дело с этим коллаборационистом. Вероятно, именно сама Мария поддерживала контакт со своими братьями в их уединении. Шансы обвиняемых не возросли от того, что переводчиком на процессе был метис Гонсало Гомес Хименес. Несколькими годами ранее этот молодой человек был обвинен в гомосексуализме и фигурировал в деле вместе с некоторыми из слуг Толедо. Позднее он признал, что иногда искажал перевод показаний, пытаясь угодить своему хозяину. Процесс над знатными инками на короткое время был прерван, чтобы суд мог выдвинуть обвинение против более крупной жертвы, Тупака Амару, но когда он возобновился, Карлос и его товарищи по несчастью были признаны виновными, и их собственность была конфискована. Толедо был рад получить их богатства, но также он твердо решил избавиться от самих Инков. Когда 12 ноября он подписывал их приговор, он добавил положение, согласно которому наиболее влиятельные из обвиняемых изгонялись из Перу. Их должны были отправить в ссылку в Мексику вместе с рекомендацией тамошнему вице-королю обеспечить им средства к существованию. С ними были высланы и двое мелких князьков из Вилькабамбы: трехлетний сын Тупака Амару по имени Мартин и пятнадцатилетний сын Титу Куси Фелипе Киспе Титу, а также разные знатные дамы и другие родственники. Пленники, сопровождаемые Алонсо де Карбахалом, покинули Куско в начале 1573 года и достигли Лимы 18 марта.

Толедо и Лоарте зашли слишком далеко в этом фальсифицированном судебном процессе, вынеся суровые приговоры. Вскоре им пришлось столкнуться с мощной оппозицией, которая была гораздо эффективнее оппозиции служителей церкви, пытавшихся в течение одиннадцати часов спасти Тупака Амару. Еще в декабре 1572 года три оидора Аудиенсии Лимы упрекнули Лоарте в том, что он не позволил обвиненным Инкам обжаловать приговор. Карлос и другие знатные Инки вскоре стали предметом правовой и политической борьбы между Аудиенсией Лимы и вице-королем, который продолжал свою инспекционную поездку по провинции Чаркас. Толедо пришел в ярость, когда услышал про эту оппозицию. Он продиктовал одно постановление 31 января 1573 года, находясь в Потоси, другое было датировано 2 июня в Ла-Плате, а третье вышло в Килакиле в ноябре. Во всех трех документах он подчеркивал, что он действовал против Инков в качестве главнокомандующего военного времени, поэтому дело не входит в юрисдикцию Аудиенсии Лимы, так что подсудимые должны быть отправлены из Лимы к месту их вечной ссылки. Власти в Лиме проявили открытое неповиновение. Один адвокат привел на важную церковную службу маленького принца, очевидно, юного сына Тупака Амару по имени Мартин, и громко сказал с сарказмом самому старшему оидору, чтобы все слышали, что именно этот Инка угрожает поднять за собой всю страну. Целью всего этого спектакля, по словам секретаря Толедо Диего Лопеса де Эррера, было «сделать посмешище из постановления вицекороля».

В конце апреля королю Филиппу было отправлено несколько прошений, в том числе и от самих лишенных наследства Инков, в которых они обвиняли Лоарте в нарушении процессуальных норм и присвоении конфискованных у них владений. Они ссылались на свою невиновность и умоляли позволить им предстать перед самим королем. Они резонно доказывали, что они никогда не стали бы поддерживать связь с Инкой в Вилькабамбе из-за вражды, которая существовала между их отцами. А также они жаловались на то, что в Лиме они голодают.