Подавив крупные крестьянские выступления против коллективизации в Борисоглебском уезде, Таловском и Бобровском районах, Алексеев в течение двух лет своей работы ещё не раз занимался высылкой крестьян. В ходе второго вала раскулачивания, начавшегося весной 1931 г., уже к апрелю из 33 районов области было выслано — на сей раз в Восточную Сибирь — почти 21 тыс. человек, а 29 мая 1931 г. Алексеев получил от Ягоды указание выселить в Казахстан 10.556 «кулацких семейств». В течение 1931 г. в области было зафиксировано 1.836 протестных крестьянских выступлений.

Также деятельность полпреда оказалась отмечена массовыми арестами инакомыслящих и фабрикацией ряда крупных дел против «бывших». В июле-августе 1930 г. «органы» изъяли большое количество бывших антоновцев, белых, социалистов, монархистов и прочих «контрреволюционеров». Чекисты отмечали большой успех проведённой операции, отразившейся на масштабах антисоветских действий: если за март 1930 г. в области произошло 625 крестьянских выступлений, то с августа по ноябрь — только 53. Было ликвидировано более 50 повстанческих отрядов, изъяты 271 винтовка, 852 обреза и 821 револьвер.

Алексеев уверял руководство ОГПУ, что по области отмечается усиленная работа партии эсеров, представители которой руководят повстанческими организациями. Чекисты одну такую организацию, построенную якобы «по принципу дореволюционных эсеровских кружков», ещё в начале 1930 г. нашли в Белгородском округе, заявив, что её возглавлял бывший офицер и член Союза освобождения Украины. Пять «эсеровских повстанческих организаций» ликвидировали в Тамбовском округе, в сентябре 1930 г. крупная эсеровская организация была разгромлена в Корочанском районе. Согласно версии ОГПУ, повстанческая организация «Таловская» имела свои ячейки в большинстве сёл Таловского района и насчитывала 275 чел[30].

Центрально-Чернозёмная область была вторым по значению (после Ленинградской области) районом распространения иосифлянского движения в русской православной церкви, враждебно относившегося к любым уступкам со стороны церковного руководства по отношению к безбожной власти. Именуя себя истинно-православными, сторонники епископа Козловского Алексия (Буя) в конце 1920-х гг. отвергли власть митрополита Сергия и взяли под контроль более 80 приходов епархии. Репрессии против истинно-православных начались сразу, а в 1930–1932 гг. приобрели особенно массовый характер.

Весной 1930 г. чекисты раскрыли огромную «повстанческую организацию» «Истинно-православные христиане», состоявшую из 492 участников, в том числе 81 священнослужителя и 75 монахов. Организация имела свой руководящий центр в Воронеже и в 1929-м провозгласила открытую борьбу с властью. Полпредство ОГПУ уверяло, что «истинно-православные» создали свои опорные пункты в Тамбове, Козлове, Боброве и многих районах, располагая как руководителями, так пропагандистами и связниками. Опорные пункты, в свою очередь, опирались на ячейки в сёлах, которые создавались так называемым церковным активом. Именно этой организации чекисты приписали организацию многочисленных восстаний в нескольких округах области в январе и феврале. К повстанческой деятельности иосифляне вряд ли имели прямое отношение, но антиколхозную агитацию вели активно. К 1 апреля 1930 г. по делу «истинно-православных христиан» было арестовано 286 чел.

В мае 1930 г. была проведена ещё одна серия массовых арестов, повторившаяся год спустя. Однако скрывшиеся от репрессий священнослужители к январю 1932 г. смогли возобновить свою нелегальную деятельность, объединив 27 групп — в Воронеже, Козлове и 25 сёлах. Но вскоре чекистам удалось завербовать священника В. Кравцова и с его помощью раскрыть катакомбников. Новые аресты активных иосифлян были проведены позднее, осенью 1932 г[31].

В конце 1930 г. была раскрыта «организация» бывших дворян, чиновников и духовенства. Это дело, названное чекистами «Краеведы», стало фактически филиалом громкого «Академического дела» на группу виднейших русских историков. В сентябре 1930 г. академик С. Ф. Платонов под давлением чекистов среди заговорщиков назвал своего ученика С. Н. Введенского, доцента Воронежского университета, историка и краеведа, которого взяли 5 ноября. Затем последовали аресты других, связанных с ним краеведов, не только воронежских, но и из Курска, Орла, Липецка, Тамбова, Ельца, Задонска и т. д. Всего по делу этой «монархической организации» прошло 92 человека. Пятерых приговорили к расстрелу, остальных — к 3-10 годам лагерей. Среди осуждённых были сотрудник Курского музея и нумизмат Т. А. Горохов; П. С. Ткачевский — краевед из Орла; П. Н. Черменский, много писавший о прошлом Тамбовщины… И только в 1978 г. приговор был отменён. Дожили до этого двое из 92 краеведов[32].

Затем пришёл черёд «кулацко-эсеровских повстанцев», собранных в группы, получившие названия «Зелёная армия» и «Правая Оппортунизма». Летом 1931 г. была разгромлена «организация» демобилизованного члена ВКП (б) Н. М. Чешенко, бывшего начальника пограничной заставы. Он в приграничных с Украиной Чернянском и Ново-Оскольском районах якобы пытался создать единую организацию из скрывавшихся в лесах мелких повстанческих групп. Чекисты арестовали 23 активиста «организации», получив от Чешенко признания в том, что он планировал захватить Новый Оскол и освободить арестованных «кулаков» (в 1989 г. Чешенко был реабилитирован).

В сентябре 1931 г. чекисты разрабатывали «повстанческую организацию», состоявшую из строительных рабочих областного центра. Они под руководством бывшего офицера Свиридова планировали захватить оружейные склады и поднять совместное восстание городской и сельской контрреволюции, а особая боевая группа готовила террористические акты. Также воронежские чекисты разоблачили попытки создания «контрреволюционных ячеек» в стрелковом полку и авиационном парке.

С конца января по начало апреля 1931 г. чекисты провели две массовые операции по репрессированию антисоветских элементов. По завершению первой операции подчинённые Алексеева отчитались о разгроме 210 «группировок» и аресте 4.260 чел., после второй — об осуждении 2.418 чел. и выселении за пределы области 3.859 «кулацких» семей. Всего в 1930–1931 гг. из области было выселено 128,4 тыс. крестьян. С февраля 1930-го по апрель 1931 г. особая тройка полпредства ОГПУ под руководством Алексеева осудила 19.238 чел. Из них 15.233 были привлечены за контрреволюционную агитацию и участие в группировках и организациях, 3.023 — за активное участие в повстанческом движении, 973 — за совершение террористических актов. Наибольшее количество репрессированных пришлось на 1930 г. — осуждено тройкой 13.120 чел., в том числе к расстрелу — 1.280. В 1931 г. тройкой оказалось осуждено 9.025 чел[33].