Не меньше вопросов возникает в связи с расстрелом комиссара Нахимсона. Тут приходится полагаться только лишь на советские версии, которые не допускают разночтений. «По рассказам товарищей, бывших очевидцами гнусного убийства военно-окружного комиссара Нахимсона, товарищ Нахимсон был захвачен белогвардейцами в номере гостиницы „Бристоль“, где он жил, и препровожден совместно с другими арестованными в 1-й участок милиции, в каземат. Сюда спустя некоторое время явился здоровый курчавый парень в белой рубахе, с открытым воротом и засученными рукавами (по показанию некоторых товарищей, сыщик Греков) и спросил Закгейма и Нахимсона, не зная, очевидно, что первый уже убит. Товарищ Нахимсон назвал себя. „Ступай за мной!“ – крикнул этот тип и повел товарища Нахимсона во двор 1-го участка. Здесь уже ожидали несколько вооруженных белогвардейцев, один из которых, толстый офицер, крикнул: „Сбрось пиджак“. Товарищ Нахимсон скинул пиджак и швырнул его в сторону командовавшего белогвардейца. „Пли!“ – скомандовал последний, и товарищ Нахимсон упал, пронзенный разрывными пулями. Толстый офицер подошел к умирающему товарищу и выпустил в него из браунинга еще две пули. Затем убитого положили на извозчика и возили по Ильинской площади и прилегающим улицам для обозрения и удовольствия всей белогвардейской своры». Данную версию можно было бы не подвергать критическому анализу, если бы не одно обстоятельство – суд «белых мятежников» приговорил Грекова к расстрелу, так как тот являлся «шпионом» (шпионаж в пользу большевиков? в пользу немцев?). Собственноручная ликвидация военного комиссара большевистским агентом выглядит весьма и весьма странно. Хотя в данном случае нельзя исключать регионально-конспирологические версии – Греков мог быть агентом Доброхотова и под шумок избавляться от «питерских конкурентов» своего шефа, хотя это не более чем версия. Если исходить с нейтрально выдержанных позиций, то заслуживающими внимания являются показания П.Ф. Путкова. Он заявил, что утром 6 июля в камеру милицейского участка, где находился арестованный Нахимсон и другие ярославские коммунисты, пришел подпоручик К.К. Никитин и с криком «Выходи, еврейская морда» вывел Нахимсона во двор участка. После этого минут через пять раздалось несколько выстрелов. Другие свидетели, окна камеры которых выходили во двор, рассказывали, что «из каземата вывели во двор одного человека, поставили его против дверей каземата и трое, одетых в гимнастерки, разрозненными выстрелами расстреляли, а затем труп его оттащили в расположенный рядом садик и здесь оставили».

О том, что это был отнюдь не единственный самосуд, свидетельствовал позже полковник Б. Веверн. Годы спустя, уже находясь в эмиграции, он обрисовал картину расправ: «Попавших в руки восставших комиссаров, разного рода советских дельцов и их пособников стали свозить во двор Ярославского отделения государственного банка. Здесь творилась кровавая месть…, расстреливали без всякой жалости». Эта цитата широко использовалась в советской историографии, но обычно со ссылкой на эмигрантскую газету «Возрождение» (Париж, номер от 3 июля 1933 г.). О массовых расправах над большевиками и красноармейцами говорил руководитель военно-революционного комитета Северных железных дорог И.Н. Миронов: «После ликвидации восстания обнаружено в одной могиле полуживыми зарывали белыми бандами истерзанных, насколько помню, 126 трупов товарищей, имена многих не установлены, и, кроме того, ночью и утром в первый день восстания, а затем и в последующем было арестовано большое количество (не менее 350) большевиков и сочувствующих, в большинстве рабочих, и посажено в тюрьму». Кроме того, о расстрелах, происходивших на волжской набережной, близ здания, где сейчас располагается Управление Северной железной дороги, вспоминал фельдшер военного госпиталя С.В. Никитин: «Рядом с ним, на одной из пристаней расстреливали красных пленных и всех подозрительных, расстреливали пачками, десятками. Мертвых бросали в Волгу. Убитые потом всплывали. Их вылавливали из воды окрестные крестьяне и хоронили. Но сельских жителей больше интересовала одежда убитых – гимнастерки, брюки, поясные ремни».

Впрочем, не надо полагать, что в этом кровавом противостоянии какая-то из сторон была «белой и пушистой». Еще до того, как была официально объявлена политика «красного террора», газета «Правда» опубликовала такой призыв: «В Ярославле убиты восставшими белогвардейцами Доброхотов[2]… Закгейм… Нахимсон… Убиты самые стойкие, испытанные борцы пролетарской армии… Товарищи ярославцы! мы ждем от вас ответа: сколько сотен гадов и паразитов истребили вы за эти три драгоценные жизни наших друзей? Поп, офицер, банкир, фабрикант, монах, купеческий сынок – все равно. Ни ряса, ни мундир, ни диплом не могут им быть защитой. Никакой пощады белогвардейцам!» Когда появились первые пленные белые текст телеграмм, шедших из Москвы, был предельно откровенным: «Не присылайте пленных в Москву, так как это загромождает путь, расстреливайте всех на месте, не разбирая, кто они. В плен берите только для того, чтобы узнать об их силах и организациях».

Однако суды и казни отнюдь не были самым важным делом первого дня восстания. В штабе Северной Добровольческой армии вызывал большие опасения 1-й Советский полк, расположившийся в закоторсольной части города в казармах бывшего кадетского корпуса. Генерал Гоппер, в тот момент со своей группой уже влившийся в состав побеждавших повстанцев, так описывал сложившуюся ситуацию: «Перхуровым было отдано распоряжение вступить с ним в переговоры о добровольной сдаче и временно занять оборонительное положение против них в сторону реки Которосль, отделяющей пригород, в котором находится кадетский корпус, от города. Переговоры сначала давали было надежду на добровольную сдачу полка, но когда полковник. Перхуров потребовал их разоружения, тогда они ответили нежеланием, пока они не выяснят, станут ли на нашу сторону рабочие». Сам Перхуров описывает переговоры немного по-другому: «Часов около десяти утра ко мне явилась депутация от 1-го Советского полка. Прибыл какой-то молодой человек южного типа и еще несколько человек. Выслушав мои объяснения о цели восстания, депутация заявила, что полк будет держать нейтралитет, если мы их не будем разоружать. Но у меня не было в это время и сил, чтобы разоружить полк». В любом случае казалось, что угроза со стороны 1-го Советского полка нейтрализована. Это время было использовано для того, чтобы задействовать имеющиеся вооруженные группы, дабы те небольшими «заставами» перекрыли все улицы и переулки, ведущие к центру Ярославля. Казалось, что удача на стороне белогвардейцев. Гоппер так оценивал итоги первых часов Ярославского восстания: «1) жители ликовали, с самого утра целые толпы осаждали наш штаб с целью записаться в организующиеся отряды, и можно было надеяться составить из них довольно солидную силу; 2) в течение дня мы ожидали прибытия 700–800 рабочих; 3) можно было рассчитывать на помощь из Рыбинска; 4) большевикам неоткуда было ждать скорой помощи, так как дорогу на Петроград заграждал Рыбинск; дорогу на Москву взялись испортить железнодорожники, взорвав мост в районе Ростова; из Костромы они ничего не могли взять, т. к. могли ожидать восстания и там».