Однако ближе к вечеру стали поступать новости, которые сразу же убавили оптимизм в штабе добровольцев. Во-первых, они утратили контроль над артиллерийскими складами, которые вновь были захвачены красноармейцами. Во-вторых, активные действия начал новгородский отряд Полякова, та самая сила, которая фактически не была учтена при планировании восстания в Ярославле. В-третьих, 1-й Советский полк отказался от нейтралитета и занял позиции по берегу реки Которосль. Его солдаты преградили путь дружине железнодорожных рабочих, которые направлялись в центр Ярославля, чтобы вступить в ряды Северной Добровольческой армии.

Воспоминания большей части деятелей советской власти, видных и не очень большевиков, красноармейцев о начале белогвардейского вооруженного выступления в Ярославле во многом одинаковы. «Ночь была короткая и светлая. Меня в час или два дежурный по батальону разбудил, говоря, что только что была стрельба единичная ружейная и пулеметная, но затихла в бараках военнопленных, что сзади ст. Всполье, где в последнее время были военные склады. Учитывая, что в 1918 году часто бывали случаи, что красноармейцы, выйдя в поле, начинали производить бесцельную стрельбу, я принял и эту стрельбу как факт бесцельной стрельбы и опять лег», – вспоминал начальник новгородского отряда Поляков. «Утром с 5-го на 6-е июля меня разбудила жена, ввиду болезни и предстоявших ее родов. Это было часа в 4 нового времени. Говорит: „Какая-то стрельба в городе“. – „Иди, – говорю, – узнай“. Хотя ей и тяжело было, но она ушла. Скоро вернулась и говорит, что это, говорят, чехословаки приехали и прибыли какие-то англичане, так ей передали. В момент оделся и побежал на станцию Всполье, зная, что там стоит Новгородский отряд кавалерии [и] пехоты. Главная задача – узнать, в чем дело. Раньше, хотя и болтали, что вам скоро крышка, адреса ваши собраны, и много говорили по адресу большевиков. Прибежав на станцию Всполье, встретил знакомого унтер-офицера Новгородского полка, познакомившись с ним, благодаря службе моей жены на станции Всполье за буфетом. Спрашиваю: „В чем дело?“ Говорит: „Правда, я и сам не знаю… Послали в город разведку узнать, но, что донесет разведка, не знаю…“» – вспоминал о первом утре ярославского мятежа уездный военный комиссар Громов. Ему вторил продовольственный комиссар Охапкин: «Я лично, проживая на квартире за Которослью, ничего не подразумевая, в этот же день, как и раньше, пошел на занятие в город, в то время я был продовольственным комиссаром города Ярославля. Прошел всю Федоровскую, теперь Пролетарскую улицу и Московское шоссе, вплоть до самого Американского моста, ни о чем не думая и ничего не подозревая, что произошло в городе, т. к. в это время слышна была очень редкая ружейная перестрелка и таковая в то время являлась обычным явлением, т. к. в то время ежедневно можно было это слышать по направлению к городу, в особенности в ночное время, эту стрельбу устраивали красноармейцы в погоне за бандитами, а иногда и просто ни с того, ни с чего. Когда я подошел к самому мосту, у которого стоит товарищ Коротин, который мне и заявил, что в городе что-то неладно». Аналогичное можно услышать и от большевика Васильева: «Утро, 6-го июля. Суббота. Встаю и иду в мастерские Урочь. Жил я за Волгой. Не успел дойти до железнодорожной линии, как окружили меня два офицера и два ученика одного из цехов наших мастерских».

Серьезность сложившейся ситуации оценил только член революционного трибунала К. Терентьев, который позже так описал начало белогвардейского восстания: «После совещания в Доме Народа, кончившегося довольно поздно, в 1 час или позднее ночи, спокойно уснул в квартире рядом с Домом Народа, № 23 на набережной и часов в 5 утра услышал трескотню пулемета, прямо с постели в нательном белье я бросился на улицу, и у самого крыльца стоял автомобиль с 2-мя пулеметами и обстреливал Дом Народа. На мой вопрос, почему стреляют, мне ответили, а тебе что хочется знать – наведите на него пулемет, и я быстро вбежал в квартиру, где уже все семейство – жена и 4 детей плакали, одевшись в пальто. Наскоро надел верхнее белье, предложил жене с детьми отправиться через Волгу в деревню к родственникам. Вся семья покинула квартиру, отправилась на пароход, а я полетел к Дому Народа. Автомобиль обстрелял и уехал. Навстречу из Дома Народа выходит т. Тихонов, который был зав. Домом, после он был в Губутопе, и к нам двоим присоединился продкомиссар Уваров, левый эсер. Мы с т. Тихоновым были в недоразумении и говорили Уварову, что левоэсеровщина выдумала попугать коммунистов. Уваров отрицал и предупредил, что он ставил в Губпродкоме пулемет в окна и к дверям, затем пытались звонить по телефону, но они не работали. Тогда только поняли, что дело серьезное. Надо быть готовым, я побежал за револьвером, т. Тихонов тоже, и Уваров побежал готовиться к принятию сражения».

Растерянность, которая охватила представителей советской власти, была вполне объяснима – на тот момент многие местные руководящие партийные и советские работники находились в Москве на V Всероссийском съезде Советов. Среди них был главный комиссар охраны Северных железных дорог Руцкой. Он, уже находясь в Москве, получил утром 6 июля по телеграфу тревожные новости из Ярославля. В отчете он сообщал: «Нами получена запись по аппарату от Комиссара охраны Ярославского района Лагодюка о нападении на станцию белогвардейцев якобы чехословаков, где и разоружили охрану, но подоспели красноармейцы, и станция была очищена. Тут же было сообщено, что арестована Советская власть, но кем точно – неизвестно». Несколько позже приходят сведения, что выступление в городе было организовано правыми эсерами. Подобная версия долгое время сохранялась в советской историографии, а само белогвардейское восстание в Ярославле нередко ошибочно именовалось «эсеровским мятежом». Впрочем, в тот день очень многие выдвигали самые разные версии, в том числе рядовые горожане. Например, переживший события июля 1918 года в Ярославле некто А. Божевиков так описывал общее настроение: «6-го июля я проснулся от пулеметной трескотни, подумал, что идет практическая стрельба, и не стал беспокоиться и опять заснул; проснувшись часов в 8 утра, стрельбы не было, одевшись, поспешил в очередь к продлавке за хлебом. В то время как мы стояли в очереди, провезли несколько орудий по направлению к Загородному саду, уже были слухи, что белыми взят город, но что-то не верилось, потому что все было спокойно, также ходили слухи, что белыми взяты Кострома, Рыбинск и даже Москва и что большевики везде сдаются без сопротивления, т. к. на подмогу белым идут Англо-Французские войска. С 10 ч. утра послышались все более и более ожесточенные ружейные выстрелы и трескотня из пулемета, пошли слухи, что убито белыми несколько большевиков, и где-то организован Белогвардейский штаб, куда вся буржуазная и несознательная молодежь спешила, чтоб взяться за винтовку и свергнуть еще не вполне окрепшую Советскую власть».

В Москве многие в тот день еще не понимали серьезности того, что происходило в Ярославле. Например, начальник охраны железных дорог Руцкой лишь сделал «выговор за допущение к разоружению железнодорожной охраны и приказал добыть оружие и вооружить вновь Охрану и всеми силами отстаивать вокзал и не допускать захвата железнодорожной территории». Одновременно с этим Руцкой, впрочем, пытался попасть к Троцкому и донести до него все противоречивые новости. Он вспоминал: «Я целый день проходил и к т. Троцкому попасть я не мог, вернее, не допустили. Мне говорили, что Троцкого можно будет увидеть на вечернем заседании Съезда Советов, происходившем в Большом Театре». Вечером Руцкому решил помочь командующий войсками Московского военного округа Н. Муралов. Руцкой так описывал эту встречу: «К этому времени у меня были новые сведения из Ярославля, где просили прислать помощь, как солдатами, так и орудиями, так как восставшие стреляют из орудий. Когда я вошел в Театр, заседание еще не начиналось, но на трибуне людей было [много]. Тов. Троцкий сидел за столом Президиума, что-то писал, сзади него стояло много товарищей, ждавших, очевидно, так же как и я, разговора с ним. Тут же открылось заседание, начали выступать ораторы. Многие отошли от Троцкого. Осталось стоять около него несколько человек, в том числе и я. Выбрав удобную минуту для меня, произнес: „Товарищ Троцкий, позвольте доложить о Ярославском восстании“. Эти слова я повторял несколько раз, но ответа не получал». Все это прекрасно слышали находившиеся поблизости Подвойский, Кедров и Берзин (все трое в той или иной степени связаны с Ярославлем). Руцкой в очередной раз попытался исправить ситуацию: «Я подошел к ним, показал телеграмму и разговор с Ярославлем, они прочли, и т. Кедров заявил: „Я вчера только из Ярославля – все спокойно – это не верно“. Я продолжал доказывать, что это так, и просил их о помощи, кто-то из них сказал „все же нужно переговорить с Троцким“ и, поднявшись со стула, подошел к т. Троцкому, которого оторвал от писания, сунув ему пачку материала, который был дан мною. Я стоял тут же за плечом Троцкого. Через несколько-секундной паузы т. Троцкий изрек „провокация“. Докладывавший заметил, что тут стоит товарищ, который лично разговаривал по аппарату, добавил Комиссар жел. дороги. Троцкий вновь повторил „провокация, Кедров сегодня только мне докладывал, что он приехал из Ярославля и там все спокойно“». Троцкий в буквальном смысле отшвырнул все документы и сообщения, которые ему протягивал Руцкой, и в тот же момент приказал: «Распространяющих провокационные слухи расстреливать». Руцкой решил не искушать судьбу, тем более в присутствии Михаила Кедрова, который уже тогда считался едва ли не главным «большевистским мясником».