Большую роль в реорганизации армии сыграли выходцы из небогатых самурайских семей Ямагита Аритомо, Окубо Тисимити, Киди Коина и Сайго Такамори. Молодые люди выехали за границу для изучения военного дела. Они побывали во Франции, Англии, Бельгии, Голландии, Пруссии и России. Сильное впечатление произвели на них встречи с Бисмарком и особенно слова «железного канцлера» о том, что между Германией и Японией много общего и что им суждено стать мировыми державами.

В конце XIX в. Япония имела сильный военно-морской флот, большинство кораблей которого было построено на английских верфях. Вся флотская система была организована по английскому образцу, а армия — по французскому, хотя более проницательный Ямагита Аритомо настаивал на германском образце. После модернизации армии и флота Япония вступила в активную борьбу за передел мира. В 1881 г. идеолог японского империализма Фукудзава Юкити в своем очерке «Критика времен» обосновал необходимость войны с Китаем с целью аннексии Кореи.

«Поиск знаний» в военной области значительно активизировался и в конечном итоге привел к созданию мощной и весьма эффективной разведывательной службы. При подборе кадров профессиональных разведчиков во главу угла было положено чувство японского патриотизма, основой и высшим показателем которого считалось беспрекословное подчинение императорскому начальству и полная готовность отдать собственную жизнь ради обожествленного в стране микадо. В начале XX в. японская разведка считалась одной из лучших в мире. Ее основу наряду с государственными органами Японии — военным и морским ведомством, министерством иностранных дел — составляли также тайные общества. К началу XX в. они тесно переплелись между собой и составляли единое целое.

В 1881 г. в Японии была образована Кэмпэйтай — национальная тайная полиция. Она возникла как служба военной безопасности, однако вскоре превратилась в общенациональную, оставаясь в подчинении военного министерства. Ее сотрудники были выходцами из уважаемых, заслуженных семей и перед зачислением на службу проходили жесткий физический и психологический отбор. В каждой японской армии имелось специальное подразделение тайной полиции численностью около тысячи человек. Эти люди занимались решением контрразведывательных задач в вооруженных силах, допросами и решением участи военнопленных. Они действовали как в военной форме, так и в штатском. Кэмнэйтай производила аресты и имела полномочия на вынесения приговора без суда и следствия, при этом ее власть распространялась не только на граждан Японии, но и на иностранцев.

В этом же году появилась первая разведывательная служба Общества «Черный океан», «Геньеса». Оно возникло как тайное религиозно-политическое общество, основанное на догмах синтоизма, главной из которых было «поместить под единый кров святую особу своего императора и все народы на земле». Это тайное общество создавалось в целях расширения японского влияния в Азии и ведения разведки против Китая, Кореи и России.

При обществе были созданы школа подготовки агентов на острове Хоккайдо, центр подготовки в Ханькоу в Китае и школа по обучению японской борьбе во Владивостоке. Срок обучения был рассчитан на два года. Курсанты изучали иностранные языки, японскую борьбу джиу-джитсу, искусство гримирования, умение отвечать на допросах и тысячи всяких шпионских хитростей, в частности как нравиться женщинам и сохранять их привязанность.

Основателем этого общества был выходец из знатной и состоятельной самурайской семьи, проживающей на острове Кюсю, Котаро Хираока. Однако наиболее авторитетным руководителем общества «Геньеса» стал японец низкого происхождения, уроженец острова Кюсю Митсуру Тояма. Опоясанный двумя самурайскими мечами, он стал высшим авторитетом клана «странствующих самураев» ронинов, которых в Японии называют «стражами общества». Негласно действуя от имени правительства, они снабжали информацией японскую армию. Тояма лично создавал японскую агентуру в Китае со штаб-квартирой в Ханькоу. Его агенты селились под видом незаметных «маленьких людей» — мелких торговцев, парикмахеров, ремесленников, домашней прислуги — в Северо-Восточном Китае, Корее и Маньчжурии. В Инкоу и Цжиньчжоу были созданы специальные школы для подготовки агентуры из китайцев. Особенно много японской агентуры оказалось в районах дислокации войск царской России — в военно-морской крепости Порт-Артуре, городе Дайрене, в городах и селениях, где были расквартированы армейские подразделения и части Заамурской пограничной стражи, строились фортификационные сооружения, железнодорожные мосты и туннели.

Резидентами разведки были, как правило, кадровые офицеры японского Генерального штаба, которые выступали в роли содержателей публичных домов-, опиекурилен, фотографов, лавочников, приказчиков, поваров, кочегаров и официантов на пассажирских пароходах. Они обычно руководили небольшими шпионскими группами, рядовыми участниками которых являлись китайцы или корейцы, завербованные, как правило, из местных жителей, принадлежащих к беднейшим слоям населения. Резиденты обслуживались тремя или четырьмя связниками, через которых регулярно посылали собранные сведения своему командованию. Связники были бродячими торговцами или носильщиками-кули, которых было практически невозможно выделить в многочисленных толпах носильщиков, мелких розничных торговцев, погонщиков скота, нищих и бродяг, коими были заполнены города и дороги всего Китая. Как правило, это были совершенно неграмотные люди, не понимающие того, что они делают.

Доставка разведывательных донесений отличалась большой изобретательностью и осуществлялась с множеством уловок и различных ухищрений. Донесения помещались в подошвы обуви, складки одежды, вплетались в традиционные китайские косички, вставлялись в золотые коронки зубов, прятались в телегах, перевозивших домашнюю утварь, товары, продовольствие. Нередко курьеры проглатывали контейнер с донесением или применяли внутриполостное вложение. Именно эта агентура во многом сумела обеспечить победу Японии в японо-китайской войне в 1894 г.

Одним из лучших воспитанников тайного общества «Геньеса», «Черный океан» был Фуццо Хаттори. Он происходил из небогатой многодетной семьи. Его отец работал на военном складе в порту Иокосука. Мальчик обладал незаурядными способностями, и у него была феноменальная память. Он проявил такое прилежание к учебе, что им заинтересовался сам Митсуру Тояма. Хаттори принял идеи общества и принес присягу на верность «Черному океану». Она заканчивалась следующими словами: «Если я предам организацию, то пусть будут прокляты мои предки и меня ждет в аду геенна огненная!» Ему было 17 лет, когда он был принят в специальную разведывательную школу в Саппоро, в Южной Японии.

После ее окончания Хаттори в роли коммивояжера стал ездить в Шанхай и Монголию. Это был период Японо-китайской войны. Он выучил местные диалекты, часто посещал селения кочевников и заодно изучал расположение военных укреплений, состояние дорог, записывал мнения местных вождей по поводу политики и особенно то, что говорили в народе. Он многое запомнил и, вернувшись в Ханькоу, представил подробный отчет руководству спецслужбы.

В 1898 г. Хаттори поехал во Владивосток с целью организовать сеть японской разведывательной службы на территории российского Дальнего Востока. В это время начиналось активное строительство Транссибирской железнодорожной магистрали, и много японских разведчиков, прошедших подготовку в спецшколе в Саппоро, прибыли в этот регион России. Во Владивостоке существовала школа японской борьбы, которую весьма охотно посещали русские офицеры. Хаттори организовал для них интимный отдых, а гейши, ублажая офицеров, собирали у них нужную информацию. Несколько публичных домов с той же целью было создано им в Порт-Артуре.