Крупным русским административным и военным центром на Дальнем Востоке был Хабаровск. Здесь Хаттори также организовал глубоко законспирированную разведывательную сеть, агенты которой работали в штабе военного округа и высших органах гражданского управления российского Дальнего Востока. С этого времени Маньчжурия и Дальний Восток стали для японского Генерального штаба открытой книгой. Успехи Хаттори были настолько очевидны, что шеф «Черного океана» Тояма отозвал его в Японию и назначил своим помощником и секретарем. Он стал примером для подражания, национальным героем нескольких поколений японских разведчиков. Многие из них предпочитали самоубийство нарушению данной ими клятвы, которая звучала так: «Клянусь выполнять приказы моих командиров и, если того потребуют обстоятельства, скорее убью себя, чем выдам секреты организации».

Экономические и политические интересы Японии традиционно были тесно увязаны между собой и составляли основу государственной политики Японии. Это особенно проявилось в японской экспансии на юг (острова Рюкю и Тайвань), а также на север (Корея и Маньчжурия). В Маньчжурии и Корее они столкнулись с возрастающим российским влиянием. Экспансионистские замыслы японских представителей «наназиатизма» распространялись и на российскую территорию. Словами дипломата Оиси Масами они провозгласили идею оттеснения империи Романовых за Урал и превращения Сибири и русского Дальнего Востока в колонию для всех развитых наций. Как серьезная угроза интересам Японии рассматривалось строительство Транссибирской железной дороги, а также военное присутствие России в Китае и Корее. Премьер-министр Японии Ямагата Аритомо писал в 1893 г.: «Во всяком случае через десять лет, когда Транссиб будет завершен, Россия несомненно захватит Монголию и протянет руки к Китаю».

1 августа 1894 г. началась Японо-китайская война. Крупные японские формирования высадились на континенте и довольно быстро оккупировали Сеул и важнейшие порты Кореи. Ямагата исполнял обязанности командующего первой армии, однако заболел и вынужден был вернуться в Токио. Он не был выдающимся полководцем, но зато являлся великолепным дипломатом и политиком. Ямагата лучше работников Генерального штаба понимал, что Япония еще недостаточно мощная в военно-экономическом отношении страна и в скором времени подвергнется давлению великих держав. Поэтому неожиданно, в разгар победоносных военных действий в начале 1895 г., он заявил, что всякую победоносную войну надо уметь вовремя завершить.

Япония получила от побежденного Китая крупную контрибуцию, Формозу (Тайвань), Ляодунский полуостров и Пескадорские острова, а также признание независимости Кореи от Китая. Однако Россия при поддержке Германии и Франции заставила Японию пересмотреть итоги Японо-китайской войны и отказаться от притязаний на Маньчжурию. В ноте японскому правительству содержался «совет» не занимать Ляодунский полуостров. В Японии это вызвало бурю негодования у националистов. Доля военных расходов в бюджете возросла с 10 до 30%.

5 ноября 1896 г. Ямагата сформировал новый правительственный кабинет, целью которого стала подготовка к новой войне. Будущий противник не вызывал сомнений. На сей раз это была мощная Российская империя. В 1898 г. Россия взяла в аренду сроком на 25 лет Ляодунский полуостров с военно-морской крепостью Порт-Артур. Эти обстоятельства во многом инициировали разведывательную деятельность Японии против России.

Еще в январе 1892 г. в Японии открылись специальные школы по изучению России и русского языка. На подготовку тайной японской агентуры перед Русско-японской войной по некоторым данным было затрачено 12 млн. золотых руб. Величина этой суммы бросается в глаза, если учесть, что японцы имели громадное число почти даровых агентов, выполнявших различные разведывательные задачи из патриотических побуждений. Для пополнения своей агентуры японское правительство приняло следующие меры: все японцы, подлежащие призыву на воинскую службу, освобождались от нее, если они проживали в Сибири или Европейской части России. Они были обязаны Представить своему консулу лишь удостоверение о месте своего проживания. Таким образом, японское правительство получало возможность иметь внутри России кадры своих людей, хорошо осведомленных о том, что делается в России, знающих русский язык, фактически не неся для этого каких-то существенных затрат.

Японский шпионаж против России не ограничивался пределами Дальнего Востока. Его активно вели в европейской части страны. В первую очередь японскую разведку интересовало состояние Российского императорского флота. Известно, что кадровый морской офицер Ясуносуки Ямомото долгое время служил поваром в Одессе, собирая сведения о русской эскадре Черноморского флота. Активно велся японский шпионаж на Балтике. Военно-морским атташе посольства Японии в России до 1901 г. был опытный разведчик Хиросо. Он свободно владел русским языком и был высокопрофессиональным специалистом своего дела. Под его руководством в Петербурге действовала хорошо законспирированная организация японской военно-морской разведки. В конце 1901 г. Хиросо был отозван вице-адмиралом Хейкатиро Того обратно на японский военный флот и активно участвовал в его подготовке к войне.

Российское Морское министерство «посодействовало» японским шпионам в раскрытии военных секретов. Чтобы ошеломить японцев ускоренными темпами создания мощного флота на кораблестроительных верфях Санкт-Петербурга, руководство Адмиралтейства напустило на них японских дипломатов. Профессиональные морские разведчики моментально выяснили, в какой стадии находится строительство новейших русских броненосцев типа «Бородино». Они смогли даже точно рассчитать время приведения броненосцев в полную боевую готовность.

В японских вооруженных силах — армии и флоте — было много людей, хорошо знавших Россию. Начальник разведывательного отдела I императорской армии полковник Хагино прожил в России семь лет. Начальник главного штаба японских войск во время войны генерал Кадама долгое время жил в Амурской области. Он считался автором плана войны Японии с Россией. Коллеги по службе прозвали его «генерал-топор» за его высказывание о том, что в политике, как и в битве, острый топор лучше тупого кинжала.

Для массовой засылки японской агентуры на территорию Российской империи использовали всевозможные каналы. Особенно активно в конце XIX — начале XX в. использовалась трудовая миграция. Так, российским контрразведчикам было хорошо известно, что в 1891 г. японский министр иностранных дел официально обратился в российскую дипломатическую миссию с запросом о возможности найма японских артелей на предстоящие строительные работы в Сибири.

Японские шпионы собирали самую различную информацию о политическом и военном положении страны. Так, японскому Генеральному штабу были известны даже такие сведения, как, например, сколько солдат и продовольствия может поставить каждая российская губерния в случае войны, пропускная способность Транссибирской железнодорожной магистрали и КВЖД.

В марте 1904 г. начальник Енисейского ГЖУ полковник Глоба обратился к директору Департамента полиции Лопухину за указаниями о возможности привлечения к дознанию корейского подданного Акима. К этому времени негласным наблюдением было установлено, что владелец прачечной в г. Красноярске корейский подданный Кун-Чан-Сун, получивший при крещении имя Иоаким (на вывеске заведения значилось Аким), «постоянно посещает Красноярский вокзал Сибирской железной дороги и во время прибытия воинских поездов подходил к воинскому и продовольственному пункту, получал много писем из Харбина, Мукдена и других пунктов. Письма эти после прочтения сжигал в печке…».