Вице-королевство Новая Испания имело еще одно существенное отличие от других американских колоний Испании: огромное влияние церкви, которое порой превосходило светскую власть. Свою политику церковь проводила через монастырские обители, которые были расположены в бедных районах страны и которые считали себя продолжателями дела ордена нищенствующих монахов XVII века (в том числе такого знаменитого реформатора, как Бартоломе де Лас Касас) и белого духовенства. Это влияние позже сыграет существенную роль в борьбе Мексики за независимость.

При всех этих особенностях было общее, что объединяло Новую Испанию с другими испанскими американскими колониями. Выходцы из континентальной Испании, носившие среди местных презрительную кличку гачупины, занимали основные административные посты, и креолы часто возмущались их пренебрежительным отношением. Вызывали острое недовольство испанские налоги на кошениль, индиго, сахар, какао, хлопок, табак и ваниль. То же можно было сказать о бессовестно завышенных ценах на ткани, одежду, обувь, вино, свечи, бумагу и сталь, привозимые из метрополии. Здравые реформы раннего правления Бурбонов несколько сократили эту диспропорцию, но тем сильнее было негодование потом, при поздних коррумпированных Бурбонах. Креольская аристократия все больше обретала независимое самосознание. Гумбольдт в своем «Политическом эссе о королевстве Новой Испании» писал: «Местные жители (имелись в виду креолы) предпочитают, чтобы их именовали американцами, а не креолами. После заключения Версальского договора (1783) и особенно после 1789 года можно нередко услышать гордое: „Я — не испанец, я — американец!“ — слова, которые выдают чувство долго скрываемой обиды».

И именно «гачупин» — вице-король Хосе де Итурригарай первым начал заигрывать с креольским населением. Он видел, как события во Франции сокрушили монархию в Испании, и лелеял амбициозные планы привести Новую Испанию к независимости, став ее первым королем. Это так встревожило испанцев, что в 1808 году его арестовали и заточили в тюрьму в Испании. Но настоящее движение за независимость зародилось не среди аристократии, а в самых народных глубинах и было сформулировано сельскими священниками.

В 1753 году, всего на три года позже Миранды, в провинции Гуанахуато, что к северо-западу от Мехико, в состоятельной семье среднего класса родился Мигель Идальго-и-Костилья. Он учился в колледже Сан-Николас в Вальядолиде, затем поступил в Королевский и Папский университет Мехико в 1773 году. Он был умен, и ему прочили блестящую карьеру. После преподавания в Вальядолиде он принял в 1778 году священнический сан и стал ректором колледжа в 1790 году. Но скоро Идальго впал в немилость. Его обвинили в попытке изменить учебный курс и ввести в него либеральные идеи, а также в нецелевом расходовании средств колледжа — стандартное обвинение в адрес людей с подозрительными взглядами. Обвинений было достаточно для увольнения, и его дальнейшая карьера, похоже, подходила к концу. Когда его перевели в бедный приход за городом, он повел себя там еще более вольно. Он заявлял, что ада нет вообще, что совокупление вне брака не есть грех. У него у самого была по крайней мере одна любовница, которая родила ему нескольких дочерей. Ходили слухи, что у него еще несколько любовниц. Про него также говорили, что он выступает за отделение от Испании и за революцию. В 1800 году Идальго был допрошен инквизицией. Он все отрицал, отрекся и был переведен в сонный городок Долорес в провинции Гуанахуато. Там он вел себя столь же скандально: не только не прекратил порочных контактов с женщинами, но и играл, охотился, участвовал в вечеринках, читал запрещенные книси, пристраивал местных жителей на производство меда и шелка. Он также подговаривал их выращивать масличные деревья и виноград, что было запрещено, дабы сохранялась испанская монополия на производство оливкового масла и вина. Его дом получил известность под именем «Маленькая Франция», что было связано с либеральными собраниями, проводившимися там. В 1808 году его опять вызвали на допрос в инквизицию. Однако не предъявили никаких обвинений — напротив, разрешили продолжать службу приходского священника в Долоресе.

Идальго подружился с Игнасио Альенде, командующим в маленьком близлежащем городке Керетаро, и с его коллегой Хуаном Альдамой, с местным промышленником Мигелем Домингесом и его пылкой женой, позже известной как Ла Коррехидора. Все они были тайными революционерами. Ла Коррехидора была связана с ним в начале 1807 года по организации «Ла Сосьедад де лос Гуадалупес», объединявшей креолов среднего класса, и по сети «хунт безопасности», созданных якобы для предотвращения усиления влияния Франции на Мексику, а на самом деле занимавшихся тайной вербовкой людей, настроенных против правительства. Альенде пытался в письме Идальго объяснить:

Группа приступила к подготовке восстания, которое должно было начаться в декабре 1810 года. Цели восстания — независимость от Испании и улучшение жизни бедных. Состоятельные креолы, поддерживавшие отца Идальго, как и сам мятежный священник, думали, что они выступают лишь за давно назревшие политические и социальные реформы. Однако просочилось слово «заговор», и в сентябре несколько членов организации были арестованы. Идальго, Альенде и Альдама бежали из Керетаро и 16 сентября собрались в церкви священника в Долоресе. Опасаясь расстрела в случае их поимки, Идальго начал звонить в церковные колокола, созывая крестьян с полей. Собрались сотни людей. Идальго, священник бедного прихода, человек, которому уже было далеко за пятьдесят, обратился к ним со страстной речью, которая известна как «Клич Долореса». Не существует дословной записи этой речи, но он призывал к свободе, говорил о перераспределении земли и о поддержке Девы Гуадалупе, покровительницы всех индейцев. «Да здравствует свобода!» — провозгласил он. «Да здравствует Дева Гуадалупе!», «Смерть гачупинам!» — кричала толпа в ответ. Он спровоцировал народное восстание, масштабов которого сам не ожидал и которое не мог контролировать. Этот день — 16 сентября — считается первым днем мексиканской независимости, хотя ничего подобного на самом деле не было.

Неся знамя Девы Гуадалупе, Идальго вел фермерских рабочих и заговорщиков из среднего класса на город Сан-Мигель. Сотни людей с ближних шахт и ферм присоединялись к ним. Под влиянием Альенде гарнизон города Сан-Мигель присоединился к восставшим. Но как только толпа, уже разросшаяся до нескольких тысяч, вошла в город, она начала громить и грабить лавки и дома, принадлежавшие белым. То же самое произошло в городе Селайя и самом Керетаро. Загородные дома также подвергались грабежам, а урожаи уничтожались. Альенде призывал Идальго встать во главе революционеров и ввести дисциплину, но тот отказался, и бесчинства продолжались. Десятки белых жителей были убиты.

К 28 сентября толпа добралась до столицы провинции — города Гуанахуато. Командующий местным гарнизоном собрал все белое население в зернохранилище города, добротном складском помещении, и приказал милиции открыть огонь по повстанцам. Около двух тысяч человек были расстреляны, что привело людей в исступление. Разъяренная толпа снесла двери, ворвалась внутрь и буквально растерзала пятьсот человек. Лукас Аламан, первый историограф Мексики, который в восемнадцать лет пережил это побоище, так описывает его: «Когда повстанцы взяли Алондигу, зернохранилище, они дали волю ярости. Напрасно люди на коленях молили о пощаде… Здание являло собой ужасное зрелище: везде были разбросаны хранившиеся там продукты питания, обнаженные тела убитых были наполовину погребены где под зернами кукурузы, где под деньгами, все вокруг было залито кровью».