В мае 1811 года, когда восстание Идальго пришло к печальному концу, Морелосу удалось взять город Чильпансинго к северу от Акапулько. Затем он совершил впечатляющий бросок на север, захватив город Куаутла, всего в тридцати милях к югу от Мехико. Кальеха, оправившись от поражения, нанесенного ему Идальго, решил уничтожить этот последний очаг сопротивления и с десятью тысячами солдат направился к Куаутле. Город расположен в низине к югу от Мехико. И климат, и высота были привычны людям Морелоса, а солдатам правительственных войск, которые привыкли к горным плато, было трудно. Эта осада стала легендарной. Люди Морелоса нуждались в воде и хлебе, многие из них умерли от голода, но они устраивали праздники и танцы за стенами города, демонстрируя уверенность. Маленький пузатый Морелос, у которого были малярия и сильные головные боли, специально расхаживал по городским стенам. Его было легко узнать по белому, смоченному в уксусе шарфу, которым он обматывал голову.

Кальеха с изумлением смотрел, как люди, только что похоронившие своих товарищей, криками радости приветствовали Морелоса. Было организовано несколько покушений на его жизнь, причем одно из них совершил «толстопузый человек». Когда его спрашивали об этом, Морелос отвечал: «Хотя моя болезнь и измучила меня, единственным толстопузым на всю округу остаюсь я».

Осада продолжалась с 19 февраля до конца апреля. После того как вылазка Матамороса с небольшим отрядом за провиантом не удалась, Морелос принял решение оставить город. На предложение Кальехи прекратить сопротивление без последующих санкций к осажденным он коротко ответил: «Я предлагаю те же условия самому Кальехе и его войскам».

В ночь на 2 мая люди Морелоса тихо выскользнули из города. Когда на них случайно натолкнулся патруль правительственных войск, пришлось принять бой. Хотя Кальеха понимал, что происходит, и спешил атаковать, повстанцы растворились в близлежащих холмах, а затем вновь собрались вместе за много сот миль к югу. Несмотря на то что повстанцы потерпели поражение, они все же удерживали в течение семидесяти двух дней весь южный пригород Мехико, выстояли против всемогущего вице-королевства, а значит, одержали несомненную моральную победу. Кальеха обрушил жестокие репрессии на мирное население Куаутлы и тем самым обеспечил приток в армию Морелоса новых добровольцев — крестьян, жаждавших мести. Он изменил направление и двинулся на юго-восток, занял Оахаку, затем пошел в западном направлении — на Акапулько — и взял его после долгой осады.

Правительство поручило Кальехе подавить восстание, но Морелос опять двинулся в направлении Мехико и вновь захватил Чилпансинго. Здесь он созвал конгресс, который провозгласил независимость Мексики и принял стройную политическую программу. На этом конгрессе председательствовал Матаморос, а Морелоса объявили верховным правителем, или «слугой нации». Как утверждает один из присутствовавших там руководителей повстанцев, это было ошибкой: «Пелена закрыла глаза Морелосу. Из-за недостаточного знания мира он стал жертвой заговора определенных людей, которые лестью заставили его служить их личным нуждам. Они смогли так его запутать, что порой он утверждал проекты, которые недавно сам же отклонил».

В своей инаугурационной речи Морелос провозгласил, что основой новой республики «является уравнивание богатства и нищеты, для чего будет увеличена заработная плата бедным, повышен уровень их жизни, они будут вырваны из трясины невежества, грабежей и воровства». В ноябре 1814 года была торжественно провозглашена Декларация независимости страны, которая определялась как «Доиспанское королевство Анауак». Конституция была на удивление хорошо разработана и имела наилучшие намерения. Утверждая приверженность католицизму, она устанавливала систему, основанную на разделении властей — законодательной, исполнительной и судебной, предусматривала создание выборного законодательного органа, запрещала рабовладение, устанавливала равенство всех рас перед законом. Более запутанным был вопрос о руководителе республики. Его обязанности должен был исполнять комитет из трех человек, каждый из них являлся бы президентом в течение четырех месяцев. Вероятно, такая схема была продиктована желанием удовлетворить амбиции трех основных партизанских вождей.

Это было первое стройное изложение целей мексиканских патриотов и попытка примирить интересы неимущих слоев населения с интересами белого среднего класса в отличие от движения Идальго, в котором было представлено исключительно народное большинство. Конгресс Морелоса был всего лишь собранием партизанских командиров, а теперь они оказались в положении обороняющихся. Превосходящие роялистские силы вынудили их оставить Чилпансинго, а затем и Апатсинган. Они двинулись на северо-восток, по направлению к Вальядолиду — месту, где родился Морелос и где состоялся как революционер Идальго.

Там в ноябре 1814 года молодой офицер Агустин де Итурбиде атаковал Морелоса и наголову разбил двадцатитысячное повстанческое войско, взяв в плен Матамороса. Морелос всячески добивался обмена военнопленными, страстно желая освободить своего товарища, воина-священника, но Матаморос был казнен в Вальядолиде в начале 1815 года. Колонны Морелоса двинулись на юг, где в нескольких сотнях миль изнурительного марша находился город Пуэбла. Они стремились избежать ловушки, но 5 ноября натолкнулись на шестьсот солдат роялистских войск.

Морелос повел арьергардный бой, так что основная часть его людей смогла уйти, но он сам был схвачен и в цепях доставлен в Мехико. Его пытала инквизиция, и было объявлено, что он дал информацию о своих товарищах, но в отличие от Идальго он не отрекся. И очень достойно вел себя на военном суде. Морелос отказался от предложения тюремного надзирателя организовать его бегство. Он объяснил это тем, что, если попытка не удастся, могут казнить тюремщика. 22 декабря он попросил распятие и возгласил: «Боже, если я сделал что-то хорошее, на то была воля Твоя, в беде предаю себя Твоему безмерному милосердию». Он был убит двумя выстрелами в спину.

Почти во всех отношениях маленький метис Морелос был более сильным лидером и имеет гораздо больше оснований именоваться архитектором мексиканской независимости, чем представительный Идальго. Скромный и умный, он изложил четкую политическую программу, выпустил официальную Декларацию независимости, одержал значительные победы, имея слабую и необученную армию, и в его действиях не было бессмысленной жестокости. Ему даже удалось привлечь под свои знамена некоторых представителей белого среднего класса. Более того, его борьба за независимость Мексики длилась значительно дольше, чем движение Идальго.

С Гуадалупе Викторией ушло две тысячи человек, которые остановились в городе Пуэбла, где, как считалось, они не представляли угрозы для столицы. Около тысячи повстанцев под командованием Висенте Герреро было в городе Оахака. Пламя борьбы за независимость перекинулось и на отдаленные провинции, но в 1816 году казалось, что восстание подошло к концу. В ходе борьбы погибли от двухсот до пятисот тысяч человек при населении в шесть миллионов. Это самая большая цена, которую пришлось заплатить за независимость, не считая бойни в Венесуэле. На следующий год испанский офицер Франсиско Мина, желая превзойти Боливара, высадился на пустынный участок берега Мексиканского залива, к северу от Тампико, с отрядом англичан, североамериканцев и европейцев. Он победил в нескольких небольших стычках, но никто из креолов или местных повстанцев не присоединился к нему. Он был схвачен и в ноябре 1817 года казнен. Воистину почва Новой Испании была слишком каменистой для укоренения независимости!