В бытность Малиновского министром обороны была введена единая организация мотострелковой, танковой и воздушно- десантной дивизий.

Формальный паритет с США по числу носителей и ядерных боеголовок был все же достигнут не в то время, когда он был министром обороны, а немного позже, в 70-е годы. Но именно при Малиновском советские стратегические ядерные силы обрели такой потенциал, с которым можно гарантированно нанести неприемлемый ущерб любому возможному противнику.

При Малиновском в должности министра обороны США начали широкомасштабную военную интервенцию во Вьетнаме. Советский Союз поддержал вооружением, боевой техникой и советниками коммунистический Северный Вьетнам, который, в свою очередь, оказывал помощь партизанам Южного Вьетнама. Генерал Г.И. Обатуров 22 января 1966 года зафиксировал в дневнике выступление Малиновского на Главном военном совете, ставшее для маршала последним: «Вчера был первый день заседания Гл. ВС. На заседании были Брежнев, Косыгин, Подгорный, Устинов, Малиновский, все руководство МО и с мест: я, Дмитриев, Якубовский, Головнин.

Малиновский сделал доклад о состоянии боеготовности, оперативной и боевой подготовки. За три года после последнего заседания ВС Вьетнам стал полигоном для испытания различных видов оружия, в т. ч. химического. Нет гарантии, что там не применят тактическое ядерное оружие. Мы полагаем, что это будет Северный Вьетнам. Европа — главный очаг опасности. Здесь основную роль играют США вкупе с ФРГ. Блок имеет 50 дивизий, 1100 установок и орудий атомных, 3500 самолетов, в т. ч. 1100 носителей. В составе НАТО 12 дивизий ФРГ. Она претендует на особую роль в НАТО в реваншистских целях. США большое внимание уделяет наращиванию стратегических ядерных сил для всеобщей ядерной войны: стоят 850 стратегических ракетных установок, кроме того “Полярис” 350 на ПА, вводятся новые стратегические бомбардировщики. Готовят внезапный удар. Высочайшая степень готовности ракет. Увеличивается готовность и численный состав обычных сил. Так, СВ увеличились в 1965 на 235 тыс. человек, особенно армейская авиация и аэромобильные соединения. Это позволяет развязать войну без существенных мобилизационных мероприятий и в то же время вести ограниченные войны. Отсюда делать выводы и [увеличивать] боевую готовность ВС к войне независимо от того, как она начнется: с применением ядерного оружия или нет. Затем он дал анализ состояния боевой готовности. За последние годы главные усилия сосредоточились на развитии решающего вида — РВ стратегического назначения. Одновременно продолжалось развитие и других видов. Выправляются ошибки, устанавливаются тесные отношения и боевое сотрудничество с армиями стран Варшавского договора. Указал на недостаточность секретности, проявляется беспечность в сохранении тайн. Недостаточно военно- патриотическое воспитание. Много приходит плохо воспитанными морально и физически. И т. д.».

Затем Геннадий Иванович кратко передал, о чем говорилось во второй день заседания Главного Военного совета: «Сегодня — второй день. Говорили по вопросам внешней политики, об отношениях с соцстранами. Отношения даже с Румынией улучшились. То же с Кореей. С Китаем не продвинулись, наоборот идем назад. Нужно добиться изоляции китайского руководства. Помощь Вьетнаму очень дорогая, но необходимая. Чем кончится — трудно сказать, но США не добьется успехов. Что не пошли на переговоры южновьетнамские товарищи — это ошибка. А уйти США трудно — ведь кто потом в них будет верить?»

Из этой записи видно, что с Китаем, в отличие от Румынии и даже Северной Кореи, советское руководство в лице Брежнева сближаться не хотело, а ставило лишь цель изоляции китайского руководства на международной арене, и прежде всего — среди коммунистических партий.

Во Вьетнаме Малиновскому и его подчиненным пригодились труды Мао Цзэдуна по партизанской войне. Южный Вьетнам, покрытый джунглями, представлял почти идеальную территорию для действий партизан. А советские зенитные ракетные комплексы заставляли американскую авиацию нести тяжелые потери при налетах на Северный Вьетнам. К сожалению, северовьетнамские войска и их южновьетнамские союзники не всегда придерживались чисто партизанской тактики. Слишком часто они, беря пример с Красной армии периода Великой Отечественной войны, пытались захватить американские базы с помощью больших масс пехоты, используя свое подавляющее превосходство в живой силе. Но американцы имели столь же подавляющее превосходство в вооружениях и боевой технике, и в большинстве случаев такие атаки кончались для вьетнамских коммунистов катастрофически.

Одна из наиболее массированных атак такого рода состоялась 21 марта 1967 года, за несколько дней до кончины Родиона Яковлевича. Северовьетнамские войска попытались захватить базу огневой поддержки «Голд» в южновьетнамской провинции Тайнинь, но были уничтожены или обращены в бегство американской артиллерией, авиацией и танками. На поле боя американцы подобрали 647 вьетнамских трупов. Еще 10 северовьетнамских солдат попали в плен, и двое из них позднее умерли от ран. Американцы же потеряли только 33 человека убитыми, причем один из них стал жертвой «дружеского огня». Это дает соотношение потерь убитыми 20:1 в пользу американской армии. Примерно таким же было соотношение безвозвратных потерь на Советско-германском фронте в 1941–1943 годах. Если бы вьетнамские коммунисты придерживались только партизанской тактики, соотношение потерь для них было бы значительно более благоприятным. Но при этом, очевидно, уменьшилась бы и абсолютная величина американских потерь в людях и технике, а главной целью вьетнамских коммунистов было, не считаясь с собственными жертвами, нанести американцам максимальные потери в людях и технике, что вызвало бы негативную реакцию в США.

23 ноября 1958 года в связи с 60-летием со дня рождения Малиновскому за заслуги перед Отечеством было присвоено звание дважды Героя Советского Союза, и на его родине в Одессе был возведен его бюст.

Г.И. Обатуров в дневниковой записи от 22 марта 1966 года приводит разговор со своим другом А.П. Дмитриевым, только что ставшим членом Военного совета Северо-Кавказского военного округа: «Он сказал: “А Малиновский, все-таки, очень упрямый человек”. А я и так хорошо знаю. У него почти никто ничего не может добиться, если это не совпадает с его мнением».

Бывший генерал для особых поручений при министре обороны генерал-майор Михаил Иванович Петров вспоминал: «О резолюциях Родиона Яковлевича до сих пор рассказывают легенды. Писал он коротко, ясно — “так, чтобы понял даже тот, кто понимать не хочет”. Часто, на редкость к месту, цитировал свое любимое “Горе от ума”, а в некоторых его резолюциях по чувству юмора угадывалась рука одессита.

Один полковник прислал министру письмо, в котором сетовал на то, что летом старших офицеров “затруднительно отличить от младших, зимой же их отличает папаха, и эту недоработку в обмундировании хотелось бы устранить”. Родион Яковлевич наложил следующую резолюцию: “Товарищу Баграмяну И. X. В порядке исключения можно разрешить этому полковнику носить папаху летом”».

В своей записной книжке, уже в бытность министром обороны, Малиновский писал в 1958 году: «Как воздух необходима нам сейчас военная интеллигенция. Не просто высокообразованные офицеры, но люди, усвоившие высокую культуру ума и сердца, гуманистическое мировоззрение. Современное оружие огромной истребительной силы нельзя доверить человеку, у которого всего лишь умелые, твердые руки. Нужна трезвая, способная предвидеть последствия голова и способное чувствовать сердце — то есть могучий нравственный инстинкт. Вот необходимые и, хотелось бы думать, достаточные условия».