Остальной Балтийский флот предназначался для крейсерства в Балтийском море до Зунда и Бельтов, чтобы французская эскадра не могла незаметно пройти в Балтийское море.

Кронштадтская эскадра (10 линейных кораблей, 4 фрегата и 3 катера) под флагом адмирала А.И. фон Круза 2 июня вышла в море. Зайдя по пути в Ревель, эскадра 18 июня стала на якорь у острова Борнгольм. На следующий день от нее отделился отряд контр-адмирала П.И. Шишкина (5 линейных кораблей и фрегат) и направился к Любеку. Корабли заняли посты для наблюдения за проливом Б. Бельт.

Ревельская эскадра (7 линейных кораблей, фрегат, люгер) под флагом вице-адмирала Н. С. Скуратова с 12 июня лавировала в устье Финского залива. В конце августа обе эскадры вернулись в свои базы.

Эскадра вице-адмирала М. К. Макарова 13 мая 1789 г. вышла на кронштадтский рейд: 74 пушечный корабль «Мстислав» (командир капитан 1 го ранга Р. В. Кроун), 66 пушечные корабли «Ретвизан» (капитан 2 го ранга А. С. Грейг, флаг вице-адмирала М. К. Макарова), «Болеслав» (капитан 1 го ранга А. А. Сарычев) и фрегат «Нарва» (капитан-лейтенант А.В. Моллер).

Павел I всячески торопил отправление эскадры, однако противные ветры не позволили ей выйти в море. Только 26 мая эскадра пришла на Ревельский рейд, где к ней присоединились корабли: 74 пушечный «Елизавета» (капитан 1 го ранга Н.И. Шешуков), 66 пушечный «Европа» (капитан 1 го ранга Л.И. Качалов) и катер «Диспач» (капитан-лейтенант Л. В. Спафарьев). М. К. Макаров перенес флаг на «Елизавету». Спустя три дня эскадра вышла в море и 9 июня прибыла на копенгагенский рейд, а 19 июня – направилась в Каттегат, конвоируя торговые суда.

Отправляя М. К. Макарова в Англию, Павел I дал ему указ: «Вы со вверенной в команду вашу эскадрою должны быть в зависимости от английского правительства, согласно данным вам от Нас наставлениям и остаться дотоле, пока оное будет иметь в эскадре надобность или доколе получите от Нас повеление».

3 июля у острова Тексель русские суда соединились с английской эскадрой вице-адмирала Р. Онслоу и далее крейсировали вместе. До начала сентября эскадра вице-адмирала Макарова совместно с эскадрой Онслоу (а с 3 августа под общим командованием адмирала А. Дункана) блокировала Тексель и голландское побережье. Периодически отдельные корабли ходили в Ярмут, чтобы доставить туда больных с судов эскадры и запастись пресной водой.

8 августа в Англию пришла русская Архангелогородская эскадра. Она имела в своем составе: 74 пушечные корабли «Всеволод» (капитан 1 го ранга К.И. фон Гревенс, флаг вице-адмирала Е.Е. Тета), «Исидор» (капитан 2 го ранга М. А. Шепинг), «Северный Орел» (капитан 1 го ранга Р.Ф. Свитин), 66 пушечные «Азия» (капитан 2 го ранга А. Н. Нелединский), «Победа» (капитан 2 го ранга К.Г. Михайловский»), 44 пушечные фрегаты «Счастливый» (капитан 2 го ранга А. И. Элиот), «Поспешный» (капитан-лейтенант Р. Эльфинстон). 3 июля эта эскадра вышла из Архангельска, 13 го миновала Норд-Кап и, благополучно пройдя Атлантический океан, 30 июля вошла в Северное море, а 8 августа прибыла на Норский рейд и позже перешла в Ярмут.

20 сентября эскадра Е.Е. Тета совместно с английской эскадрой Р. Онслоу направились в море к Текселю. Корабли М.К. Макарова вернулись в Ярмут. Во время осенних штормов были повреждены корабль «Исидор» и «Всеволод». 3/14 ноября обе эскадры направились от Текселя в Ярмут.

В конце лета до англичан дошли слухи о готовящемся втайне франко-голландском десанте на Британские острова. Слухи были непроверенные, возможно провокационные, но совпавшие с французскими «покушениями» на Ирландию. Королевский кабинет инструктировал своего посла в С.-Петербурге Витворта: «Просите у императора еще и еще помощи на Северном море!» Павел после неоднократных настойчивых просьб неохотно распорядился 24 июля добавить в эскадру М. К. Макарова 5 кораблей и фрегат под командованием контр-адмирала П. К. Карцова.

Состав эскадры П. К. Карцова: линейные корабли «Св. Петр» (капитан 1 го ранга Р.Р. Галл), «Алексей» (капитан 1 го ранга М.И. Борисов), «Принц Густав» (капитан 2 го ранга И. Л. Трескин), «Изяслав» (капитан 2 го ранга А. Ф. Клокачев), «София Магдалина» (капитан 1 го ранга И.Ф. фон Штейнгель), фрегат «Рига» (капитан-лейтенант Ф.Т. Быченский 1 й). П. К. Карцов поднял свой флаг на «Принце Густаве».

Эскадра 20 августа вышла из Ревеля и 31 го пришла в Копенгаген. 12 сентября она перешла на Гельсинорский рейд, а спустя пять дней направилась в море. Переход по осеннему морю оказался очень трудным. 19 сентября у мыса Скаген эскадра попала в сильный шторм, на судах открылась течь, были повреждения рангоута. На следующий день с эскадрой разлучились «Св. Петр» и «Алексей». На «Алексее» были повреждены фок-мачта и бушприт. Корабль спустился к Аронделю (Норвегия). 25 го он направился в Англию, в море получил новые повреждения, но 10 октября прибыл в Лит. 8 ноября «Алексей» перешел в Ярмут.

«Изяслав» 21 сентября из-за повреждений корпуса и рангоута повернул в Гельсинор, куда прибыл на следующий день. 29 сентября корабль продолжил плавание, но в Северном море на Доггер-банке получил такую сильную течь, что вынужден был зайти в Христианзанд. Спустя почти месяц «Изяслав» вновь вышел в море.

«Принц Густав», «София Магдалина» и «Рига» из-за сильного шторма не могли держаться в море и 24 сентября зашли в залив Мандаль (Норвегия), где стоял, исправляясь, «Св. Петр». Простояв в заливе более месяца, корабли попытались выйти в море, но вынуждены были зайти в залив Эквог. На следующий день корабли вновь вышли в море, но в тумане разлучились и самостоятельно направились к берегам Англии. В начале ноября «Св. Петр» и «Рига» пришли в Ярмут, а «София Магдалина» – в Гулл.

На «Принце Густаве» 30 октября открылась сильная течь, так как в носу разошлись доски обшивки. Для спасения корабля решили спуститься к мысу Флангербет (Норвегия). 1 ноября встретили «Изяслав», шедший от Христианзанда. Положение «Принца Густава» ухудшалось, вода в трюме прибывала, а экипаж не успевал ее откачивать. 4 ноября на совете командиров было решено оставить корабль. Экипаж и адмирал П. К. Карцов были перевезены на «Изяслав». Тонущий «Принц Густав» скрылся в темноте. 9 ноября «Изяслав» пришел в Ярмут.

По поводу качества русских кораблей посол в Англии граф С. Р. Воронцов написал Г. Г. Кушелеву 24 сентября/5 октября 1799 г.: «…И если мы желаем, чтобы наши корабли что-нибудь значили, то кроме употребления на строение хорошего сухого лесу, необходимо нужно, чтобы они были обшиты медью и чтобы их гораздо чаще вводили в доки для починок, для перекраски и осмотру дна, а не так как бывало прежде, когда и самые прекрасно строенные корабли, я разумею те, что взяли от шведов[1], от запущения и нерадения все перегнили, что чуть было не отправило норвежским рыбам на пищу бедного адмирала Карцова со всем его экипажем».

В итоге к концу 1798 г. состав российских морских сил, помогавших защищать Англию, включал 14 линейных кораблей, 4 фрегата, 1 катер, несших 1180 пушек. Численный список экипажей состоял из 10 556 человек. Это уже была грозная сила, способная не только к блокированию неприятельского берега, но и к активным боевым действиям против его военных флотов. В конце декабря все русские корабли встали на зимовку на Блекстекском, Норском и Ярмутском рейдах. Находившиеся в море почти два месяца корабли требовали ремонта и в течение зимы доковались.