Павел I 26 марта 1799 г. подписал указание контр-адмиралу П. К. Карцову: следовать в Средиземное море «для скорейшего усиления эскадры вице-адмирала Ушакова, которому повелено от нас для безопасности Сицилии и Сардинии следовать к оным островам и прикрывая их от покушения французов». Тогда же П. К. Карцов был произведен в вице-адмиралы.

29 апреля корабли «Исидор», «Азия», «Победа» и фрегат «Поспешный» под флагом вице-адмирала П. К. Карцова снялись с якоря и 5 мая прибыли в Портсмут.

2 июня эскадра покинула Портсмут вместе с тремя английскими фрегатами и транспортными судами, идущими в Португалию и Гибралтар. 3 августа она прибыла в Палермо, куда 22 августа вошла эскадра Ф. Ф. Ушакова, и далее они действовали совместно.

Остальные русские суда, оставшиеся в Англии, начиная с мая выходили в крейсерства совместно с английскими эскадрами. М.К. Макаров с А. Дунканом у Текселя, Е. Е. Тет – у Гелевутслейса (в устьях реки Мааса).

В июле 1799 г. в Россию, в Ревель ушли суда, наиболее пострадавшие в прошлом году от штормов – корабли «Алексей», «Изяслав» и фрегат «Нарва» под командованием контр-адмирала М.И. Борисова.

Граф С. Р. Воронцов писал, что его посетил английский адмирал Митчелл, побывавший на эскадре М. К. Макарова. Между прочим, он уверял, «что в северной эскадре кроме корабля самого Дункана, да и во всем английском флоте едва 10 кораблей сыщится, которые бы смогли сравняться чистотою и порядком с кораблем “Елисавета”, на коем он Макаров; также особенно хвалил корабли под командою капитанов Грейга (“Ретвизан”) и Моллера (“Мстислав”), и вообще отзывался, что российские офицеры вежливостью своею, искусством, порядком и усердием к службе заслужили превеликое у всех почтение».

В 1799 г. союзники начали военные действия в Батавской республике с целью изгнать из нее французов, восстановить правление штатгальтера и захватить или уничтожить голландский флот. Россия обязалась предоставить для этих действий войска.

11 июня 1799 г. в С.-Петербурге была заключена русско-английская союзная конвенция о проведении совместной десантной экспедиции для освобождения Голландии (Батавской республики) от французов. Россия представляла для этой цели корпус войск в составе двух дивизий (17 500 человек) под начальством генерала А.Н. Германа. Одна дивизия перевозилась на русской эскадре, другая на английской, присланной в Балтийское море. Англия обязывалась оплатить расходы по снаряжению десантного корпуса и эскадры во все время экспедиции до их возвращения в Россию. Со своей стороны англичане направляли 13 000 человек.

В конвенции говорилось, что «…король великобританский обязывается дать ниже сего означенные субсидии: 44 тысячи фунтов уплачиваются при посадке экспедиционного корпуса на суда в Ревеле, следующие 44 тысячи фунтов – через три месяца, и такая же сумма – каждый следующий месяц».

Назначенные для экспедиции в Голландию наши войска были отправлены из Ревеля в два приема: на эскадре контр-адмирала П. В. Чичагова[2] (пять кораблей, четыре фрегата и два транспорта) и позднее на специально присланной английской эскадре капитана 1 го ранга Фериса (девять кораблей, семь фрегатов, четыре транспорта и люгер). Доставка русских войск к берегам Голландии получила название «секретная экспедиция».

К 5 июля на Ревельском рейде собрались суда, предназначенные для доставки десанта в Голландию (секретная экспедиция): линейные корабли 74 пушечный «Александр Невский» (капитан С.Г. Скотт), 66 пушечные «Пантелеймон» (капитан 1 го ранга М.Д. Волховской), «Иона» (капитан 1 го ранга А.В. Певцов), «Иануарий» (капитан 1 го ранга Д.А. Игнатьев), «Эмгейтен» (капитан 2 го ранга И. А. Игнатьев), «Михаил» (капитан 2 го ранга Н.Ф. Пасынков), 44 пушечные фрегаты «Венус» (капитан 2 го ранга О.Е. фон Гаствер), «Рафаил» (капитан 2 го ранга П. А. Бойль), «Ревель» (капитан-лейтенант В.П. Малыгин), 38 пушечные фрегаты «Св. Николай» (капитан-лейтенант В.Р. Розе), «Константин» (капитан-лейтенант И. А. Казанцев), транспорты «Минерва» (капитан-лейтенант А. А. Огильви), «Нептун» капитан-лейтенант Я.П. Дон).

Для размещения войск с кораблей были выгружены все орудия с нижних деков, часть орудий с верхних деков и шканцев, матросов оставлено столько, сколько необходимо для управления парусами, а канониров – для обслуживания орудий верхнего дека. В нижних деках сооружены двойные нары для перевозимых войск.

7 июля контр-адмирал П. В. Чичагов поднял флаг на корабле «Александр Невский», а младший флагман контр-адмирал К.Е. фон Брейер – на «Иануарии». Началась посадка войск на суда эскадры, которая закончилась 15 июля, было принято 6791 человек.

На эскадру П. В. Чичагова прибыл английский уполномоченный капитан Попгам. Он старался ускорить отправление русских войск. П. В. Чичагов докладывал Павлу I: «…капитан Попгам предлагает от имени английского правительства флагманам и капитанам в эскадре на вспоможение небольшое награждение, повелено ли будет оное принять?» Высочайшая резолюция: «Принять». Из докладной П. В. Чичагова Г. Г. Кушелеву: «Признать бы должно Ваше Сиятельство, что средства, каковые представлены Попгаму в способствовании успеху сей экспедиции, суть самые полные и нисколько не соразмерны тем, какие я имею».

Для обеспечения прохода кораблей с войсками через Зунд, который могла закрыть Дания, 5 июля из Ревеля в Балтийское море вышла эскадра адмирала П. И. Ханыкова (7 линейных кораблей: «12 Апостолов», «Петр», «Глеб», «Борис», «Филипп», «Принц Карл», «Не тронь – меня», катер «Меркурий», люгер «Снапоп»). С 12 июля она находилась у берегов Померании и Готланда, осматривая все встречные суда. П.И. Ханыкову был дан Высочайший указ: «Коль скоро назначенные в секретную экспедицию корабли пройдут Зунд, то вы из Кеге-бухты вышед, учредите крейсерство между мыса Фальстербоу и гданского рейда, где и дожидайтесь повеления о возвращении к своим портам». 25 июля мимо прошла эскадра П. В. Чичагова. Суда П.И. Ханыкова пострадали от того же шторма, в который попали корабли «секретной экспедиции». В конце августа эскадра Ханыкова вернулась в Ревель.