Чтобы его власть, всё более поощряющая доносы и как следствие нарастающе репрессивная, сломалась, достаточно было экономического потрясения.

1601–1603 гг. были неурожайными. В стране разразился страшный голод. В одной Москве за два года и четыре месяца было погребено 127 тыс. человек. Тем не менее народ стремился в столицу и крупные города, где царь Борис пытался удержать цены на хлеб, раздавал из казны зерно и деньги, развернул крупное строительство, чтобы дать работу беднякам. Но на деле царь не имел сил помочь народу. Свив гнездо в Кремле, Годунов не очень-то властвовал вне его стен. Он не смог заставить землевладельцев поделиться запасами хлеба. Чиновники, обязанные раздавать деньги и хлеб, воровали и спекулировали. Помещики порабощали голодающих за гроши, покупали их жён и дочерей, будто не видя, как нарастает в народе гнев. Другие господа, желая сберечь запасы, выбрасывали холопов за ворота на голодную смерть, не давая им даже отпускных грамот, с которыми можно было искать нового хозяина.

Годунов временно восстановил для мелких служилых людей вывоз крестьян в Юрьев день. Народ воспринял объявление государевых указов как свободу от господ. Землевладельцы же схватились между собой в борьбе за крепостных. На подавление восстаний в 1601 г. войска посылались к Туле, на следующие годы — уже в города вокруг Москвы. Царю пришлось объявить указ об отпуске на волю бездомных холопов — войско холопов и казаков под предводительством атамана Хлопка шло к столице. В жестокой сече под Москвой в сентябре 1603 г. нал царский воевода, но восставших удалось одолеть. На радостях знать заставила Годунова отменить указы о крестьянском выходе и холопской воле. Господа отказывались понимать, что большинство повстанцев бежало на южные окраины не для того, чтобы сложить оружие. Гражданская война в России уже началась, а правительство тешило себя мыслью, будто сохраняет власть над подданными.

В 1604 г. всеобщее недовольство было налицо. Не хватало только знамени, за которым все желающие перемен могли пойти против царя Бориса. Таким знаменем стал появившийся на юго-западном рубеже самозванец, как говорила о нём официальная пропаганда, беглый монах Григорий Отрепьев, выдавший себя в Польше за царевича Дмитрия Ивановича, чудом спасшегося от годуновских убийц. Легенда самозванца была шита белыми нитками, но люди хотели верить, что самовластию Годунова противостоит законный наследник престола, который все переменит к лучшему.

Выступившие на стороне самозванца стрельцы, пушкари и горожане с южных рубежей, холопы и крепостные, казаки и мелкие дворяне, знать и духовенства представляли лучшую жизнь по-разному. Польские магнаты и шляхта, король Сигизмунд III и католическая церковь — все видели в самозванце средство для достижения своих собственных целей. Фигура Лжедмитрия была не важна — события показали, что гражданская война может вестись под знаменами других самозванцев и даже обойтись одним именем, без самого человека. Просто получив возможность выбора между самодержцем и „законным“ претендентом на престол, россияне и соседи смогли выразить свое отношение к Московскому крепостническому государству.

Дмитрий Самозванец. Художник Н.В. Неврев

Лжедмитрий имел лишь тысячу поляков. Зато с ним шли две тысячи казаков, а встречные города распахивали ворота, истребляя чиновников Годунова. Дело решило поражение, нанесенное самозванцу войсками Годунова в январе 1605 г. под Добрыничами. Испугавшись гибели надежд на противостояние московскому правительству, враз признали Дмитрия все те, кто ещё колебался.

В свете этих бурных событий Филарет не забыл в послании брату уязвить и самозванца Лжедмитрия I, полки которого шли по Руси, восторженно приветствуемые народом. Бороться с этим было невозможно, но несколько умерить восторги толпы — полезно для будущего. Посему Филарет приписал к посланию жалобу на крамолу и кровопролитие в стране от русских, скверно»! литвы, богоненавистных поляков и проклятых лютеран.

Когда распространялось это письмо, стороживший Филарета пристав пребывал в глубоком изумлении перед полной переменой в поведении узника. В ночь на 3 февраля 1605 г. смиренный богомольный старец как с цепи сорвался: жившего с ним в одной келье монаха Иринарха (ведомого шпиона) лаял, с посохом к нему прискакивал, из кельи выгнал вон и впредь приближаться к себе запретил. В церковь ходить Филарет и думать забыл, не то что на клиросе петь! Даже в Великий пост не исповедовался, в храме не бывал, игумена и братию всю запугал. Что не по нём — сейчас за палку! Выбранит, хорошо, если не побьёт, и приговаривает: «Увидите, каков я впредь буду!»

Бедные старцы, добросовестно шпионившие за Филаретом, бежали искать защиты у пристава Воейкова. Но ни он, ни сам игумен Иона ничего не могли сделать. Властный Филарет мигом подавлял всякую мысль о сопротивлении его воле. Даже сторожа перестали докладывать приставу о посещавших узника людях. При желании, констатировал Воейков, Филарет может просто уйти из монастыря.

Дрожащей рукой пристав кропал отчет царю об этих невероятных событиях. Прочтя его, Годунов 22 марта 1605 г. написал грамоту, но уже не вконец деморализованному приставу Воейкову, а самому игумену Ионе, требуя укрепить ограду монастыря и законопатить двери между кельями. Сам царь ничего не мог поделать с тем, что «живёт старец Филарет не по монастырскому чину, всегда смеётся неведомо чему и говорит про мирское житье, про птиц ловчих и про собак, как он в мире жил, и к старцам жесток». Для этого у него просто не было исполнителей. Вся страна ждала, когда же наконец узурпатора сметут с трона. Сколько-нибудь верных людей, которым можно было бы приказать убить Филарета, не было под рукой — все они были брошены на борьбу против Лжедмитрия. И почти все не подтвердили свою верность царю Борису…

Даже смиренный игумен Иона больше на слушал царского пристава. Филарет, действительно, при желании мог из монастыря просто уйти. В грамоте игумену царь возмущался, что «около-де монастыря ограды у вас нет, и меж келий от всякой кельи и с монастыря к озеру и с дровяников двери, и крепости никоторые около монастыря нет, а ограду монастырскую велели вы свезти на гумно». Игумен даже запретил сторожу у монастырских ворот извещать пристава о людях, приходящих в монастырь и лично к Филарету.

Не в силах злодействовать, Годунов прикинулся добряком. Игумену он приказал поселить Филарета у себя в келье, уговаривать посещать церковные службы и во всём ему потакать, «от дурного его унимать» разговорами, «а бесчестья ему никоторого не делать». Царь уговаривал игумена жить в мире и с его приставом Воейковым. «А будет ограда около монастыря худа, и ты б ограду велел поделать, без ограды монастырю быть непригоже, и меж келий двери заделать; а которые люди учнут к тебе приходить, и ты бы им велел приходить в переднюю келью, а старец бы в ту пору был в комнате или в чулане; а незнаемых бы людей к себе не пущал, и нигде б старец Филарет с прихожими людьми ни с кем не сходился; а о всем бы о бережении старца Филарета… советовал с Богданом Воейковым, чтобы старец Филарет в смуту не пришел, и из монастыря б не убежал, и жил бы во всем смирно, по монастырскому чину. А Богдану бы Воейкову велел очистить келью подле себя».