29 мая 2012 года Следственный комитет России (СКР) сообщил о возбуждении против Бориса Березовского двух уголовных дел по признакам состава преступления, предусмотренного пунктом 3 статьи 212 УК РФ (призывы к активному неподчинению законным требованиям представителей власти и к массовым беспорядкам). Первое уголовное дело было возбуждено по факту размещения Березовским в апреле 2012 года в сети интернет обращения, в котором следователи СКР увидели призывы к массовым беспорядкам, сопровождающимся насилием, адресованные гражданам России: «К совершению в общественных местах в городе Москве массовых активных противоправных действий в целях насильственного воспрепятствования инаугурации законно избранного президента РФ и его допуску в Кремль 7 мая, обещая денежное вознаграждение за его задержание и ограничение свободы передвижения». Второе уголовное дело было возбуждено по факту публикации 1 февраля 2012 на сайте радиостанции «Эхо Москвы» «Открытого письма рожденным не в СССР». В нем усмотрели призывы к массовым беспорядкам, а именно к совершению активных противоправных действий по силовому противостоянию представителям власти в целях насильственного воспрепятствования проведению президентских выборов. Оба дела, объединенных в одно, были закрыты после смерти Березовского.

Поводом к возбуждению данных уголовных дел послужил ряд обращений Березовского с призывами к уходу Путина от власти. 15 января 2012 года Березовский писал патриарху Кириллу:

«Ваше Святейшество!

Не надежда, а Вера умирает последней. Можно сколько угодно говорить о воскрешении Веры, о возрождении православия, реставрировать старые и строить тысячи новых храмов, но никакой ритуал не подменит Веры. Именно дефицит Веры есть главная беда России.

Россия теряет веру в правду, веру в справедливость, веру в себя. Народ утратил веру во власть и может потерять веру в церковь. Власть не доверяет собственным гражданам. Неужели и церковь способна утратить веру в своих прихожан?

Ваше Святейшество!

За Вами тысяча лет православия, а впереди тяжелейшие испытания. В этом году Вам придется войти в историю.

Вы можете войти в историю как мирно восседающий на своем троне Предстоятель всех православных России.

Мирно восседающий, в то время как нежелание власти услышать волю народа переросло в разрыв отношений между народом и властью. Мирно восседающий, в то время как шумные митинги протеста перерастут в грохот выстрелов, когда потоки взаимных обвинений превратятся в кровь невинных.

Если прольется кровь, Путину отвечать за это перед народом, перед собственной совестью и перед историей.

А Вам перед Богом.

Вы можете войти в историю как глава Русской православной церкви, взяв на себя историческую миссию спасения России от смуты, подобно своим великим предшественникам.

В Ваших силах сегодня обеспечить бескровную смену власти в России. Какие бы прозрачные и честные выборы власть ни провела и кто бы на них ни победил, общество не примет их результатов.

Вы в уникальном положении — Вы не претендуете на светскую власть.

Ваше Святейшество!

От пастыря ждут сегодня не слово, но дело.

Помогите Путину опомниться. Донесите до него глас народа. А когда Путин услышит Вас, возьмите власть из его рук и мирно, мудро, по-христиански передайте ее народу».

17 января 2012 года Березовский обратился с открытым письмом уже к самому Путину:

«Володя, пока еще в твоих силах избежать кровавой революции, не допустить разрушения Российского государства, когда народ и власть окончательно потеряют связь друг с другом.

Интеллектуальной частью общества — Площадью — артикулировано озвучены два главных тезиса:

— Путин должен уйти;

— не хотим крови революции.

Выполнение этих двух несовместимых требований практически невозможно.

Ты, как типичный диктатор, не готов отдать власть через выборы. Но история знает исключения.

Пойми, даже если начнут те, кто сегодня на Площади, отвечать все равно тебе.

Авторитарная власть всегда пугает кровью революции, но кровь революции — ответственность власти, а не революционеров.

Сейчас ты можешь уйти на любых условиях.

Возьми с собой столько, сколько сможешь унести. Возьми себе столько славы, сколько ты принес России, возьми себе столько денег, во сколько ты оцениваешь свой труд на галерах, возьми себе столько гарантий, сколько тебе покажется достаточным.

Уже сегодня ты не можешь верить ни одному человеку: не только тем, кто на Площади, но и своим друзьям, которых ты сделал баснословно богатыми.

Ты сам загнал себя в эту ловушку.

Поверь только Ему, тому к кому ты приходишь на Рождество и на Пасху.

Только Русская православная церковь может стать гарантом мирной смены власти и твоей личной безопасности. Только церковь может спасти Россию от тебя, а тебя от России.

Сними свою кандидатуру, отмени выборы, попроси Патриарха созвать Комитет национального спасения.

Пусть в Комитете будешь ты, твои партнеры, твои противники, а главное те, для кого существенны интересы России. Вместе подготовьте свободные выборы. Выборы, на которых будет представлена вся политическая палитра современной России, от Грызлова и Шойгу до Лимонова, Навального, Немцова и Удальцова, от Жириновского и Зюганова до Ходорковского и Лебедева. Выбор, который примет общество.

Володя, ты между двух огней.

Одним — бунтовать. Другим — спасать свои шкуры. А отвечать за все тебе».

А в Прощеное воскресенье (26 февраля) 2012 года Березовский опубликовал следующий текст, почти исповедальный:

«“Обратитесь каждый от злого пути своего и исправьте пути ваши и поступки ваши”, — вещал Господь через пророка Иеремию, и поэтому именно сегодня, в Прощеное воскресенье, я говорю вам.

Годы изгнания позволили мне по-другому посмотреть на мою жизнь, на жизнь моей Родины и острее осознать, что без покаяния, без признания ошибок прошлого, без смелости строить будущее нет развития. Ни у меня лично, ни у каждого из вас, ни у страны.

Я проживаю долгую, яркую жизнь. И на своем пути совершал много поступков, и неизбежно ошибался. Неправедные поступки я совершал осознанно и еще больше — не ведая, что творю. Как говорится в покаянной молитве — “ведением и неведением, волею и не волею”. Знаю, что многие мои дела осуждаются вами, народом России, частью которого я являюсь и в судьбе которого, промыслом Господним, исполняю отведенную мне роль.

Я каюсь и прошу прощения за алчность. Я жаждал богатства, не задумываясь, что это в ущерб другим. Прикрывая свой грех “историческим моментом”, “гениальными комбинациями” и “потрясающими возможностями”, я забывал о согражданах. И то, что так делал не я один, не оправдывает меня.

Простите меня.