— Ну, ты же несерьезно про Россию, — прервал Путин. — Думаю, вот и конец.

— Скажи мне одну вещь, Володя. Отправить меня вслед за Гусем — это была твоя идея или Волошина?

— Теперь это уже без разницы, — Путин снова обрел хладнокровие. — Прощайте, Борис Абрамович.

— Прощай, Володя.

Они оба знали, что это их последняя встреча».

Как оказалось, в условиях авторитарного политического режима никакая пиар-катастрофа сама по себе ничего катастрофического для правителя не несет, а всего лишь становится стимулом для того, чтобы подчинить государству основные СМИ, чтобы они создавали «правильную» пиар-реальность.

В 2002 году было возбуждено ещё одно дело против Бориса Березовского и его компаньона Юлия Дубова по обвинению в мошенничестве с акциями «ЛогоВАЗа». В ноябре 2002 года Генеральная прокуратура России обратилась в Министерство внутренних дел Соединённого Королевства Великобритании с просьбой об экстрадиции Березовского и Дубова. Два года спустя британский суд в экстрадиции отказал.

В связи с убийством 17 апреля 2003 года депутата Государственной Думы Сергея Юшенкова, лидера партии «Либеральная Россия», созданной при непосредственном содействии Березовского, как организатор и заказчик убийства был осужден другой лидер этой партии Михаил Коданёв, мастер спорта по карате. В марте 2004 года его приговорили к 20 годам заключения. В 2012 году, находясь в лагере, Коданёв сообщил следствию, что реальными заказчиками убийства Юшенкова были Бадри Патаркацишвили и Борис Березовский. Своё девятилетнее молчание он объяснил тем, что Березовский обещал ему три миллиона долларов и денежное содержание его семьи, но практически почти ничего не заплатил. Коданёв был этапирован в Москву. Однако к моменту смерти Березовского версия о его причастности к убийству Юшенкова подтверждения не нашла. Она представляется маловероятной, поскольку неизвестно о существовании каких-либо серьезных противоречий между Юшенковым и Березовским. Материалы следствия однозначно свидетельствуют, что исполнители убийства Юшенкова были непосредственно связаны с Коданёвым, но мотивом убийства как раз могло быть стремление Коданёва убрать конкурента в борьбе за лидерство в «Либеральной России». Во всяком случае, никаких доказательств причастности Березовского к убийству Юшенкова Коданёв не представил.

С декабря 2004 года в Бразилии началось расследование по поводу сделки группы Media Sports Investment (MSI) и президента «Коринтианса» Алберто Дуалиба, к которой будто бы оказались причастны структуры Березовского. Согласно докладу Группы специального назначения по борьбе с организованной преступностью (GAECO) Прокуратуры штата Сан-Паулу, опубликованному в 2005 году, деньги в группу поступали в первую очередь со стороны Бориса Березовского, который на тот момент находился в Лондоне, и Бадри Патаркацишвили. В мае 2006 года Борис Березовский был задержан в аэропорту бразильского города Сан-Паулу и в течение нескольких часов давал показания в связи с возможной причастностью к финансовым махинациям в Бразилии. В июле 2007 года Федеральный суд Бразилии принял постановление о выдаче ордера на арест Бориса Березовского, директоров компании Media Sports Investments (MSI) Киа Джурабчиана и Нояна Бедру, а также нескольких руководителей футбольного клуба «Коринтианс» по обвинению в отмывании денег главным образом через трансферы игроков. Березовский, как и другие обвиняемые, все обвинения отверг. По мнению генеральной прокуратуры Бразилии, сделки происходили «с использованием многочисленных офшорных счетов, что свидетельствует о существовании хорошо известного намерения — дистанцировать инвестора и реальное происхождение ресурсов от конечной цели, в данном случае покупки и продажи игроков». На пресс-конференции в Лондоне в июле 2007 года Березовский заявил, что все выдвинутые против него в Бразилии обвинения — полный абсурд, поскольку он не владеет и не вкладывал деньги в футбольный клуб «Коринтианс», через который якобы шло отмывание средств, полученных преступным путем. Это обвинение, по мнению бизнесмена, было сделано под диктовку Москвы, которая исчерпала возможности добиться его экстрадиции из Британии. Он заявил, что готов предстать перед судом в «третьей стране», например в Германии, Дании или Норвегии, если то же самое сделает Андрей Луговой, обвиняемый Великобританией в убийстве бывшего агента ФСБ Александра Литвиненко: «Может быть, выдача и противоречит российской Конституции, но лично Луговой, если он хочет разрешить ситуацию, может поехать куда угодно, если он считает, что не виновен». Березовский же, по его собственным словам, «согласился, чтобы мне огласили любые обвинения, которые Россия выдвинула против меня, включая дела “Аэрофлота”, “ЛогоВАЗа”, участие в заговоре по свержению власти в России, любые обвинения».

Осенью 2005 года Березовский заявил, что в ходе президентской кампании на Украине в 2004-м он поддерживал контакты с Виктором Ющенко и его ближайшими сподвижниками, а также переводил финансовые средства на Украину для финансирования Оранжевой революции. Он представил документы, подтверждающие перевод примерно 30 млн долларов «на развитие демократии». Расследованием его заявлений занималась временная следственная комиссия Верховной рады Украины. Деньги поступали как через «Фонд гражданских свобод» под управлением Гольдфарба, так и напрямую структурам Ющенко. По сведениям друзей Березовского, он не только финансировал политическую кампанию, но и непосредственно руководил действиями Ющенко и Тимошенко. Как признался позже сам Березовский, он рассчитывал, что революция на Украине вызовет демократические изменения в России, но недооценил российское общество. Березовский заявил, что общая сумма перечисленных им денег на развитие демократических институтов в Украине составляет около 45 млн долларов.

В марте 2006 года Генпрокуратура РФ на основании материалов, подготовленных в рамках возбужденного 16 февраля уголовного дела о «насильственном захвате власти», направила обращение в Лондон с целью добиться выдачи Березовского. В июне Магистратский суд Лондона отказал в удовлетворении запроса. Отказ был мотивирован тем, что Соединенное Королевство предоставило Березовскому политическое убежище.

В начале августа 2007 года московский Басманный районный суд вновь выдал санкцию на арест Березовского в связи с обвинением в организации в 1997 году хищения путём мошенничества кредита в 13 млн долларов у банка «СБС-Агро», который был потрачен «на покупку недвижимости на средиземноморском побережье Франции». 17 февраля 2011 года по просьбе российской прокуратуры в Антибе на Лазурном берегу Франции было арестовано различное имущество, принадлежащие бизнесмену Борису Березовскому, на общую сумму в 74 млн евро.

Французские правоохранительные органы опечатали две яхты — 50-метровую «Thunder B» и 15-метровую «Lightning» оценочной стоимостью около 20 млн долларов. Они базировались в заливе Жуан, рядом с расположенной на мысе Антиб виллой Березовского — Château de la Garoupe, приобретённой в 1997 году за 13 млн евро. На виллу также был наложен арест. Помимо яхт, французскими полицейскими в присутствии следователя и прокурора из России было изъято и другое ценное имущество Березовского, в частности коллекция картин. Марсельская прокуратура с 2005 года вела расследование о возможном отмывании денег Березовским путём приобретения недвижимости во Франции.