В ответ на сообщения прессы Березовский заявил, что у него нет яхт во Франции и что ему ничего не известно об аресте какого-либо его имущества в этой стране. В ходе судебного разбирательства выяснилось, что арестованное имущество было зарегистрировано не на самого Березовского, а на созданный им в 2001 году имущественный траст — Itchen Trust, зарегистрированный на Гибралтаре, на который по французскому законодательству предъявленные Генпрокуратурой России претензии не распространялись. В результате арест с имущества был снят.

Летом 2007 года на Березовского было предотвращено покушение. Информацию о готовящемся покушении получили британские разведка и контрразведка MI-5 и MI-6. Сведения о планировавшемся покушении получили огласку спустя всего сутки после того, как Британия решила выслать четырех российских дипломатов из-за отказа Москвы выдать Андрея Лугового.

Предполагаемый киллер был задержан полицией 21 июня в отеле Hilton на Парк-лейн в Западном Лондоне, где он должен был открыто застрелить Березовского и сдаться полиции. Задержание произошло непосредственно перед тем, как киллер собирался убить Березовского. Он якобы намеревался выстрелить в голову Березовскому сзади, однако его схватили до того, как он успел открыть огонь. По данным газеты, полиция и спецслужбы вели наблюдение из номера, примыкающего к номеру, куда собирались заманить политэмигранта. Источник в полиции утверждал, что «наблюдение зафиксировало, как подозреваемый россиянин попытался приобрести огнестрельное оружие, явно для запланированного убийства».

Он был выслан в Россию с запрещением въезда в Соединённое Королевство. Неудавшимся киллером оказался чеченец, прибывший в Лондон с ребенком. Ребенок понадобился, чтобы не привлекать к себе внимания. Этой тактикой, называемой «семейный имидж», воспользовались предположительно и при убийстве Литвиненко. Как заявил один высокопоставленный британский чиновник, «мы не можем допускать ситуацию, когда российские ударные отряды бродят по улицам Лондона, пытаясь вывести из игры противников их режима». Однако 12 лет спустя история с Литвиненко повторилась в истории со Скрипалями.

Выступая на пресс-конференции, Березовский сообщил, что о готовящемся покушении его заранее предупредила британская полиция. По ее данным, некто готовился убить его в результате заговора, который, по мнению Березовского, имел «все признаки работы российских спецслужб» и был санкционирован лично президентом Путина. Как утверждал Березовский, тремя месяцами ранее его предупредили друзья, имеющие связи в ФСБ и приехавшие в Лондон, чтобы предупредить, что его попытаются в ближайшее время убить по заказу ФСБ. Причем сценарий покушения должен был быть другим, чем в случае с Александром Литвиненко. К Березовскому в Лондон должен был приехать некий знакомый и под предлогом деловых переговоров встретиться с ним. На встрече киллер должен был застрелить Бориса Абрамовича. По утверждению Березовского, предлогом для убийства должен был стать некий конфликт, связанный с бизнесом. После убийства киллер якобы должен был заявить, что убил Березовского исключительно из-за бизнес-противоречий. Согласно британским законам, в этом случае убийца получил бы порядка 20 лет тюрьмы. Через 10 лет его бы освободили досрочно, его семья в России получила бы большое материальное вознаграждение, а сам он секретным указом был бы удостоен звания Героя России, совсем как Рамон Меркадер за убийство Льва Троцкого.

Березовский не поверил этому рассказу, поскольку, по его словам, сообщения о готовящихся на него покушениях он стал получать сразу после эмиграции, но на всякий случай передал эту информацию в Скотланд-Ярд. Два месяца спустя, в июне, Березовскому позвонили из полиции и сообщили, что на него готовится покушение, и порекомендовали на время покинуть страну, что бизнесмен и сделал: «В субботу, 16 июня, в день рождения Марины Литвиненко, я покинул страну, а через неделю мне снова позвонили и сказали, что я могу вернуться обратно». Мотивы покушения Борис Абрамович усмотрел в том, что он сам остается «одним из самых важных свидетелей убийства Литвиненко» и «одним из источников финансирования оппозиции России». Он утверждал, что потратил в последнее время на поддержку антипутинской оппозиции от 300 до 400 млн долларов.

В России власти также стремились причинить Березовскому максимальные неприятности. 2 июля 2007 года Савёловский суд Москвы приступил к слушаниям дела по заочному обвинению Березовского в хищении 214 млн рублей у авиакомпании «Аэрофлот». Борис Абрамович запретил своим адвокатам участвовать в заочном процессе, который он назвал «фарсом».

29 ноября 2007 года Березовский был заочно осуждён Савёловским судом Москвы на 6 лет лишения свободы за хищение 214 млн рублей у компании «Аэрофлот». Его признали виновным в хищении денежных средств ОАО «Аэрофлот» на общую сумму 214 млн рублей путём мошенничества (ч. 3 ст. 159 УК РФ) и легализации (отмывании) денежных средств, похищенных у ОАО «Аэрофлот» на сумму более 16 млн рублей (ч. 3 ст. 174 УК РФ). Березовский назвал этот приговор незаконным. В августе 2010 года Швейцария передала «Аэрофлоту» 52 млн долларов, по версии российской Генпрокуратуры похищенных у авиакомпании более десяти лет назад. Эти деньги находились на банковских счетах компании «Andava» и были арестованы в ходе расследования дела «Аэрофлота».

26 июня 2009 года Красногорский городской суд признал Березовского и Дубова виновными в хищении 140 млн рублей «ЛогоВАЗа» и «АвтоВАЗа» и заочно приговорил бывшего председателя совета директоров ОАО «ЛогоВАЗа» Бориса Березовского к 13 годам лишения свободы с отбыванием наказания в исправительной колонии общего режима. Бывший генеральный директор ОАО «ЛогоВАЗ» Юлий Дубов был заочно приговорён к 9 годам лишения свободы с отбыванием наказания в исправительной колонии общего режима. Оба были признаны виновными в мошенничестве и легализации денежных средств, приобретённых преступным путём (ч. 3 ст. 147 УК РСФСР (в ред. ФЗ от 01.07.1994 № 10-ФЗ) и ч. 3 ст. 174 УК РФ (в ред. ФЗ от 13.06.1996 № 63-Ф3). Суд также удовлетворил исковые требования о возмещении ущерба в размере свыше 58 млн рублей.

По версии обвинения, Березовский и Дубов в 1994 году организовали заключение договора между ОАО «АвтоВАЗ» и АОЗТ «ЛогоВАЗ» по поставке 20 тысяч легковых автомобилей ВАЗ различных моделей. Вопреки условиям договора оплата за поставленные автомобили не была перечислена. Следствие установило, что Березовский и другие участники созданной им группы присвоили полученные от реализации автомашин деньги в размере 144 млрд неденоминированных рублей. Приобретённые незаконным путём средства были использованы на приобретение акций АО «Общественное российское телевидение», ЗАО «Московская независимая вещательная корпорация», АОЗТ «Издательство “Огонек”» и вложены в недвижимость.

Борис Березовский попытался вернуться на политическую сцену России, после того как после завершения президентства Дмитрия Медведева Владимир Путин решил вновь баллотироваться в президенты России. В Москве и других российских городах в конце 2011 года впервые за много лет прошли массовые демонстрации протеста против фальсификаций на думских выборах в пользу правящей «Единой России» и против намерения Путина в третий раз стать президентом, что, по мнению внесистемной оппозиции, противоречило российской Конституции.